| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩写词与符号说明 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-29页 |
| 1. 天然产物研究现状 | 第15-16页 |
| 2. 聚酮类与非核糖体肽类化合物 | 第16-19页 |
| 3. 基因组挖掘新天然产物 | 第19-25页 |
| 3.1 过表达正调控基因 | 第20-23页 |
| 3.1.1 SARP调控基因过表达 | 第20-21页 |
| 3.1.2 LAL调控基因过表达 | 第21-23页 |
| 3.2 启动子工程 | 第23-24页 |
| 3.3 异源表达与合成生物学 | 第24-25页 |
| 3. 展望 | 第25-26页 |
| 参考文献 | 第26-29页 |
| 第二章 链霉菌LC6中Juanlimvcin类化合物的发现 | 第29-44页 |
| 1 引言 | 第29页 |
| 2 实验方法 | 第29-30页 |
| 3 实验结果 | 第30-41页 |
| 3.1 突变株背景 | 第30页 |
| 3.2 LC6-deRED-SARP1 95 L SFM培养基平板发酵产物的提取分离 | 第30-31页 |
| 3.3 MeOH提取物A的分离纯化 | 第31-32页 |
| 3.4 MeOH提取物B的分离纯化 | 第32-33页 |
| 3.5 MeOH提取物A和B的分离产物合并后再纯化 | 第33-38页 |
| 3.5.1 第一类化合物的分离纯化 | 第33-36页 |
| 3.5.2 第二类化合物的分离纯化 | 第36-38页 |
| 3.6 MeOH提取物C的分离纯化 | 第38-41页 |
| 3.7 化合物结构 | 第41页 |
| 4 本章小结 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-44页 |
| 第三章: 疣孢菌NS0172的次级代谢产物定向挖掘 | 第44-75页 |
| 1 引言 | 第44页 |
| 2 实验材料 | 第44-50页 |
| 2.1 菌株及质粒 | 第44-45页 |
| 2.2 培养基 | 第45-46页 |
| 2.3 主要试剂配制 | 第46-48页 |
| 2.4 仪器设备 | 第48-50页 |
| 3 实验方法 | 第50-58页 |
| 3.1 本章使用的引物 | 第50页 |
| 3.2 通用基础实验操作 | 第50页 |
| 3.3 基因簇注释与分析 | 第50页 |
| 3.4 用于调控基因组成型表达的整合质粒构建 | 第50-53页 |
| 3.4.1 调控基因片段的制备 | 第51-52页 |
| 3.4.2 载体片段的制备 | 第52-53页 |
| 3.5 用于启动子置换的自杀质粒构建 | 第53-54页 |
| 3.6 NS0172遗传操作条件优化 | 第54-56页 |
| 3.6.1 孢子萌发条件优化 | 第54-55页 |
| 3.6.2 ET12567/pUZ8002与NS0172孢子间接合转移 | 第55-56页 |
| 3.6.3 突变株0172-GC2-1常用抗生素敏感性测定 | 第56页 |
| 3.7 基因组DNA提取及突变株验证 | 第56页 |
| 3.8 突变株小量发酵培养与代谢产物提取 | 第56-57页 |
| 3.9 突变株0172-GC2-1发酵产物的分离纯化 | 第57页 |
| 3.10 突变株0172-GC2-2发酵产物的分离纯化 | 第57-58页 |
| 4 实验结果 | 第58-72页 |
| 4.1 NS0172基因组的生物信息学分析 | 第58-59页 |
| 4.2 NS0172遗传操作体系的优化 | 第59-60页 |
| 4.3 PKS-NRPS杂合基因簇GC2的激活 | 第60-67页 |
| 4.3.1 GC2生物信息学分析 | 第60-61页 |
| 4.3.2 突变株0172-GC2-1的构建 | 第61-62页 |
| 4.3.3 突变株0172-GC2-1的发酵培养和产物的分离纯化 | 第62-63页 |
| 4.3.4 化合物结构 | 第63-64页 |
| 4.3.5 orf30-31之间再置换双向强启动子构建突变株0172-GC2-2 | 第64-65页 |
| 4.3.6 突变株0172-GC2-2的发酵培养和产物的分离纯化 | 第65-67页 |
| 4.3.7 化合物结构 | 第67页 |
| 4.4 NRPS基因簇GC5的激活 | 第67-70页 |
| 4.4.1 GC5的生物信息学分析 | 第67页 |
| 4.4.2 组成型表达LAL调控基因构建突变株0172-GC5-LAL | 第67-68页 |
| 4.4.3 突变株0172-GC5-LAL代谢物的HPLC检测 | 第68页 |
| 4.4.4 组成型表达SARP调控基因构建突变株0172-GC5-SARP | 第68-69页 |
| 4.4.5 突变株0172-GC5-SARP的发酵培养和产物的分离纯化 | 第69-70页 |
| 4.5 其它基因簇的调控基因过表达 | 第70-72页 |
| 4.5.1 GC3,GC6.GC17的生物信息学分析 | 第70-71页 |
| 4.5.2 调控基因过表达突变株构建 | 第71-72页 |
| 4.5.3 突变株的HPLC检测 | 第72页 |
| 5 本章小结 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-75页 |
| 第四章: 小单孢菌FXY A29的基因组挖掘 | 第75-96页 |
| 1 引言 | 第75-76页 |
| 2 实验材料 | 第76-77页 |
| 2.1 菌株及质粒 | 第76-77页 |
| 2.2 培养基 | 第77页 |
| 2.3 主要试剂配制 | 第77页 |
| 2.4 仪器设备 | 第77页 |
| 3 实验方法 | 第77-80页 |
| 3.1 本章使用的引物 | 第77页 |
| 3.2 通用基础实验操作 | 第77页 |
| 3.3 基因簇注释与分析 | 第77页 |
| 3.4 用于调控基因组成型表达的整合质粒构建 | 第77页 |
| 3.5 用于启动子置换的自杀质粒构建 | 第77页 |
| 3.6 A29遗传操作条件优化 | 第77-78页 |
| 3.6.1 ET12567/pUZ8002与A29孢子间接合转移 | 第77-78页 |
| 3.7 基因组DNA提取及突变株验证 | 第78页 |
| 3.8 突变株小量发酵培养与代谢产物提取 | 第78页 |
| 3.9 突变株A29-GC1发酵产物的提取分离 | 第78-79页 |
| 3.10 突变株A29-GC15-2发酵产物的提取分离 | 第79-80页 |
| 4 实验结果与讨论 | 第80-91页 |
| 4.1 FXY A29基因组的生物信息学分析 | 第80-81页 |
| 4.2 FXY A29遗传操作体系的优化 | 第81-82页 |
| 4.3 PKS-NRPS-Lantipeptide杂合基因簇GCl的激活 | 第82-85页 |
| 4.3.1 GC1的生物信息学分析 | 第82页 |
| 4.3.2 突变株A29-GC1的构建 | 第82-83页 |
| 4.3.3 突变株A29-GC1的发酵培养及产物的分离纯化 | 第83-85页 |
| 4.3.4 化合物结构 | 第85页 |
| 4.4 trans-AT PKS-NRPS杂合基因簇GC15的激活 | 第85-90页 |
| 4.4.1 GC15的生物信息学分析 | 第85-86页 |
| 4.4.2 组成型表达SARP调控基因构建突变株A29-GC15-SARP | 第86页 |
| 4.4.3 突变株A29-GC15-SARP代谢物的HPLC检测 | 第86-87页 |
| 4.4.4 突变株A29-GC15-1的构建 | 第87-88页 |
| 4.4.5 突变株A29-GC15-1代谢物的HPLC检测 | 第88页 |
| 4.4.6 突变株A29-GC15-2的构建 | 第88-89页 |
| 4.4.7 突变株A29-GC15-2的发酵培养及产物的分离纯化 | 第89-90页 |
| 4.5 过表达Ⅱ型PKS基因簇GC9中SARP家族正调控基因 | 第90-91页 |
| 4.5.1 GC9的生物信息学分析 | 第90页 |
| 4.5.2 突变株A29-GC9-LuxR的构建及小发酵产物的HPLC检测 | 第90-91页 |
| 5 本章小结 | 第91-94页 |
| 参考文献 | 第94-96页 |
| 附录一 基础实验操作 | 第96-101页 |
| 附录二 引物列表 | 第101-103页 |
| 附录三 HPLC洗脱条件 | 第103-107页 |
| 1. LC6的HPLC洗脱条件 | 第103-105页 |
| 2. NS0172的HPLC洗脱条件 | 第105-106页 |
| 3. NS0172的HPLC洗脱条件 | 第106-107页 |
| 附录四 A29与NS0172各基因簇基因功能 | 第107-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第117页 |
