| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-26页 |
| 1.1 生物技术作物发展概况及安全评价 | 第15-16页 |
| 1.2 常见的分子特征获取方法 | 第16-21页 |
| 1.2.1 染色体步移技术 | 第16-20页 |
| 1.2.2 Southern杂交分析 | 第20-21页 |
| 1.3 下一代测序技术简介及应用 | 第21-23页 |
| 1.3.1 下一代测序平台简介 | 第21-22页 |
| 1.3.2 下一代测序技术的应用 | 第22-23页 |
| 1.4 下一代测序技术在生物技术作物分子特征解析中的应用 | 第23-25页 |
| 1.4.1 全基因组重测序 | 第23-24页 |
| 1.4.2 简化基因组测序 | 第24-25页 |
| 1.5 研究目的和研究内容 | 第25-26页 |
| 第二章 NGS在生物技术作物分子特征解析中方法的建立 | 第26-42页 |
| 2.1 材料和方法 | 第26-27页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 2.1.2 仪器 | 第26-27页 |
| 2.1.3 试剂与溶液 | 第27页 |
| 2.1.4 操作系统及软件 | 第27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 测序原始数据介绍 | 第27-28页 |
| 2.2.2 测序原始数据质控 | 第28页 |
| 2.2.3 cleandata数据分析 | 第28-30页 |
| 2.2.4 实验验证插入位点 | 第30-31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-40页 |
| 2.3.1 原始数据质量控制结果与数据统计 | 第31-33页 |
| 2.3.2 数据分析结果 | 第33-39页 |
| 2.3.3 插入位点验证结果 | 第39-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-42页 |
| 第三章 应用NGS鉴定T1C-19及T2A-1水稻分子特征 | 第42-75页 |
| 3.1 材料和方法 | 第42-43页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第42页 |
| 3.1.2 仪器 | 第42-43页 |
| 3.1.3 试剂与溶液 | 第43页 |
| 3.1.4 操作系统及软件 | 第43页 |
| 3.2 实验方法 | 第43-50页 |
| 3.2.1 文库构建及测序 | 第43-44页 |
| 3.2.2 测序原始数据过滤与质量控制 | 第44页 |
| 3.2.3 同源性评估 | 第44页 |
| 3.2.4 插入位点鉴定 | 第44页 |
| 3.2.5 分析流程的优化 | 第44-45页 |
| 3.2.6 T-DNA拷贝数预测 | 第45页 |
| 3.2.7 外源插入片段全长序列的获得 | 第45-46页 |
| 3.2.8 IGV截图验证 | 第46-47页 |
| 3.2.9 PCR验证 | 第47-50页 |
| 3.2.10 PacBio三代测序验证T2A-1水稻分子特征 | 第50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-73页 |
| 3.3.1 文库构建及测序结果 | 第50-51页 |
| 3.3.2 测序数据质量控制结果 | 第51-53页 |
| 3.3.3 同源性评估结果 | 第53页 |
| 3.3.4 插入位点鉴定结果 | 第53-58页 |
| 3.3.5 分析流程优化结果 | 第58-63页 |
| 3.3.6 T-DNA拷贝数预测结果 | 第63-64页 |
| 3.3.7 外源插入片段全长序列获得结果 | 第64-65页 |
| 3.3.8 IGV截图验证结果 | 第65-67页 |
| 3.3.9 PCR验证结果 | 第67-70页 |
| 3.3.10 PacBio三代测序验证T2A-1水稻分子特征结果 | 第70-73页 |
| 3.4 讨论 | 第73-75页 |
| 第四章 全文结论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 附录 | 第82-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 作者简历 | 第94-95页 |
