| 目录 | 第3-6页 |
| 摘要 | 第6-13页 |
| Abstract | 第13-18页 |
| Chapter 1 Literature Review | 第20-44页 |
| 1.1 Regions of Cacao growing | 第20-23页 |
| 1.2 Economic and developing Importance for Cacao and Chocolate | 第23-25页 |
| 1.2.1 The Worldwide Market of Cacao | 第23页 |
| 1.2.2 The Worldwide Market of Chocolate Candy | 第23-25页 |
| 1.3 Genomic Resources of Cacao | 第25-34页 |
| 1.3.1 Genetics Research Community for Cacao Resource | 第26-27页 |
| 1.3.2 Molecular Markers of Cacao Germplasm | 第27-34页 |
| 1.4 Cacao populations | 第34-41页 |
| 1.4.1 Trinitario cocoa germplasm group | 第34-37页 |
| 1.4.2 Cacao Populations from Upper Amazon and Mesoamerica | 第37-39页 |
| 1.4.4 Cacao Populations in Ghana | 第39-41页 |
| 1.5 Goal of research | 第41-44页 |
| 1.5.1 Characterize genetic identities of cocoa germplasm and streamline the international field genebanks | 第41-42页 |
| 1.5.2 Assess genetic diversity in farmer varieties and develop on-farm conservation methods that can improve cacao productivity while maintaining or enhancing genetic diversity | 第42-44页 |
| Chapter2 Identification of mislabeling in a Trinitario cocoa germplasm groupusing microsatellite markers | 第44-70页 |
| 2.1 Materials and methods | 第44-56页 |
| 2.1.1 Plant material collection | 第44-47页 |
| 2.1.2 DNA extraction | 第47-49页 |
| 2.1.3 SSR analysis | 第49-56页 |
| 2.2 Data analysis | 第56-58页 |
| 2.3 Results | 第58-64页 |
| 2.3.1 Duplicate identification | 第58-60页 |
| 2.3.2 Assignment test | 第60-64页 |
| 2.3.3 Genetic variation within the ICS germplasm group | 第64页 |
| 2.4 Discussion | 第64-70页 |
| 2.4.1 Cocoa individual identification and the elimination of duplicates in the germplasm collection | 第64-65页 |
| 2.4.2 Genetic variation within the ICS germplasm group | 第65-66页 |
| 2.4.3 Identification of mislabeling | 第66-70页 |
| Chapter 3 Genetic diversity and parentage in farmer varieties of cacao(Theobroma cacao L.) From Honduras and Nicaragua as revealed by singlenucleotide polymorphism (SNP) markers | 第70-86页 |
| 3.1 Materials and Methods | 第70-73页 |
| 3.1.1 Cacao from Honduras and Nicaragua | 第70-71页 |
| 3.1.2 Plant materials and collection | 第71-72页 |
| 3.1.3 DNA extraction | 第72页 |
| 3.1.4 SNP markers and genotyping | 第72-73页 |
| 3.2 Data analysis | 第73-74页 |
| 3.3 Results | 第74-83页 |
| 3.3.1 Frequency of SNP markers and descriptive statistics | 第74-76页 |
| 3.3.2 Duplicate identification | 第76-77页 |
| 3.3.3 Genetic relationship among individual varieties | 第77-81页 |
| 3.3.4 Parentage analysis | 第81-83页 |
| 3.4 Discussion | 第83-86页 |
| 3.4.1 SNP markers for cacao genotype identification | 第83页 |
| 3.4.2 Genetic diversity in farmer varieties from Honduras and Nicaragua | 第83-84页 |
| 3.4.3 Parentage analysis for Trinitario hybrids | 第84页 |
| 3.4.4 Implication for conservation and utilization of cacao germplasm | 第84-86页 |
| Chapter 4 Verification of genetic identity and parentage of introduced CocoaGermplasm in Ghana using Single Nucleotide Polymorphism (SNP)Technology | 第86-100页 |
| 4.1 Materials and Method | 第86-89页 |
| 4.1.1 Sample collection and origin | 第86-87页 |
| 4.1.2 Sample preparation and SNP genotyping | 第87-89页 |
| 4.2 Data analysis | 第89-90页 |
| 4.3 Results | 第90-96页 |
| 4.3.1 Multi-locus matching | 第90-93页 |
| 4.3.2 Assignment test | 第93页 |
| 4.3.3 Parentage analysis | 第93-95页 |
| 4.3.4 Quality of SNP markers | 第95-96页 |
| 4.4 Diccussion | 第96-100页 |
| 4.4.1 Multi-locus matching | 第96-97页 |
| 4.4.2 Parentage verification and assignment test | 第97-100页 |
| Chapter 5 Conclusion and Innovation | 第100-102页 |
| 5.1 Conclusion | 第100页 |
| 5.2 Innovation | 第100-102页 |
| Reference | 第102-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 发表论文及参加课题一览表 | 第118页 |
