| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1 前言 | 第14-28页 |
| 1.1 伴生豇豆病毒科简述 | 第14-21页 |
| 1.1.1 豇豆花叶病毒属成员基本信息 | 第15-16页 |
| 1.1.2 蚕豆病毒属成员基本信息 | 第16-17页 |
| 1.1.3 线虫传多面体病毒属成员基本信息 | 第17-18页 |
| 1.1.4 伴生病毒属成员基本信息 | 第18页 |
| 1.1.5 樱桃锉叶病毒属成员基本信息 | 第18-19页 |
| 1.1.6 水稻矮化病毒属成员基本信息 | 第19页 |
| 1.1.7 温州蜜柑矮缩病毒属成员基本信息 | 第19-20页 |
| 1.1.8 番茄灼烧病毒属成员基本信息 | 第20-21页 |
| 1.2 简并PCR技术及其应用 | 第21-24页 |
| 1.3 实时荧光定量PCR技术 | 第24-27页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法建立及系统发育分析 | 第28-51页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-38页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第28-30页 |
| 2.1.1.1 毒源 | 第28-29页 |
| 2.1.1.2 主要试剂 | 第29-30页 |
| 2.1.1.3 主要仪器设备 | 第30页 |
| 2.1.2 简并引物设计 | 第30-35页 |
| 2.1.3 总RNA的提取 | 第35页 |
| 2.1.4 半巢式RT-PCR扩增目的片段 | 第35-36页 |
| 2.1.5 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的通用性研究 | 第36-37页 |
| 2.1.6 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的特异性研究 | 第37页 |
| 2.1.7 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的灵敏度研究 | 第37页 |
| 2.1.8 RT-PCR产物直接测序分析 | 第37页 |
| 2.1.9 系统发育分析 | 第37-38页 |
| 2.1.10 检测应用 | 第38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-49页 |
| 2.2.1 引物的设计与筛选 | 第38-41页 |
| 2.2.2 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的通用性 | 第41-42页 |
| 2.2.3 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的特异性 | 第42-43页 |
| 2.2.4 伴生豇豆病毒科病毒半巢式RT-PCR通用检测方法的灵敏度 | 第43-44页 |
| 2.2.5 RT-PCR产物直接测序分析 | 第44-45页 |
| 2.2.6 系统发育分析 | 第45-49页 |
| 2.2.7 检测应用 | 第49页 |
| 2.3 讨论 | 第49-51页 |
| 第三章 豇豆花叶病毒属通用分子检测方法研究 | 第51-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第51-55页 |
| 3.1.1 毒源 | 第51页 |
| 3.1.2 简并引物设计 | 第51-52页 |
| 3.1.3 RT-PCR扩增 | 第52-53页 |
| 3.1.3.1 总RNA的提取 | 第52页 |
| 3.1.3.2 cDNA的合成 | 第52-53页 |
| 3.1.3.3 PCR扩增 | 第53页 |
| 3.1.4 通用性分析 | 第53页 |
| 3.1.5 特异性分析 | 第53页 |
| 3.1.6 灵敏度分析 | 第53-54页 |
| 3.1.7 加入富含AT的非互补序列对检测方法的影响 | 第54页 |
| 3.1.8 通用测序引物序列对检测方法的影响 | 第54页 |
| 3.1.9 序列测定与分析 | 第54-55页 |
| 3.2 结果与分析 | 第55-59页 |
| 3.2.1 通用性检测 | 第55-57页 |
| 3.2.2 特异性分析 | 第57页 |
| 3.2.3 灵敏度分析 | 第57-58页 |
| 3.2.4 序列测定结果与分析 | 第58-59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-61页 |
| 第四章 南芥菜花叶病毒RT-PCR检测方法评价 | 第61-69页 |
| 4.1 材料与方法 | 第61-63页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第61页 |
| 4.1.2 检测试剂 | 第61页 |
| 4.1.3 引物设计 | 第61-62页 |
| 4.1.4 总RNA的提取 | 第62页 |
| 4.1.5 RT-PCR扩增 | 第62页 |
| 4.1.6 特异性引物通用性检测比较 | 第62-63页 |
| 4.1.7 引物ArMV-2-350F/ArMV-2-350R、ArMV-364-F/ArMV-364-R灵敏度比较 | 第63页 |
| 4.1.8 引物ArMV-2-350F/ArMV-2-350R特异性实验 | 第63页 |
| 4.2 结果与分析 | 第63-67页 |
| 4.2.1 RT-PCR引物理论评价 | 第63-64页 |
| 4.2.2 RT-PCR方法检测应用评价 | 第64-66页 |
| 4.2.3 检测灵敏度比较结果 | 第66页 |
| 4.2.4 引物ArMV-2-350F/ArMV-2-350R特异性实验结果 | 第66-67页 |
| 4.3 讨论 | 第67-69页 |
| 第五章 进境南芥菜花叶病毒遗传多样性分析 | 第69-78页 |
| 5.1 材料与方法 | 第69-71页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第69页 |
| 5.1.2 检测试剂 | 第69页 |
| 5.1.3 引物设计 | 第69-70页 |
| 5.1.4 总RNA的提取 | 第70页 |
| 5.1.5 ArMV cp基因的扩增及序列测定 | 第70-71页 |
| 5.1.6 序列分析及系统发育树分析 | 第71页 |
| 5.2 结果与分析 | 第71-77页 |
| 5.2.1 ArMV cp基因的PCR扩增结果及序列测定 | 第71-73页 |
| 5.2.2 序列分析及系统发育分析 | 第73-77页 |
| 5.3 讨论 | 第77-78页 |
| 第六章 南芥菜花叶病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用 | 第78-87页 |
| 6.1 材料与方法 | 第78-79页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第78页 |
| 6.1.1.1 供试病毒 | 第78页 |
| 6.1.1.2 主要仪器和试剂 | 第78页 |
| 6.1.2 引物设计 | 第78页 |
| 6.1.3 Real-time RT-PCR反应条件的优化 | 第78-79页 |
| 6.1.4 标准曲线的建立 | 第79页 |
| 6.1.5 Real-time RT-PCR的重复性评价 | 第79页 |
| 6.1.6 Real-time RT-PCR的灵敏度评价 | 第79页 |
| 6.1.7 Real-time RT-PCR的特异性评价 | 第79页 |
| 6.1.8 Real-time RT-PCR的样品检测 | 第79页 |
| 6.2 结果与分析 | 第79-85页 |
| 6.2.1 优化的Real-time RT-PCR反应体系 | 第79-80页 |
| 6.2.2 标准曲线及溶解曲线 | 第80-81页 |
| 6.2.3 重复性评价 | 第81-82页 |
| 6.2.4 灵敏度评价 | 第82-83页 |
| 6.2.5 特异性评价 | 第83-84页 |
| 6.2.6 Real-time RT-PCR的检测应用 | 第84-85页 |
| 6.3 讨论 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-95页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
