| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-27页 |
| 1.1 杉科的起源、演化与分布 | 第11页 |
| 1.2 水松概述 | 第11-13页 |
| 1.2.1 水松地理分布 | 第12页 |
| 1.2.2 水松的生物学特性 | 第12-13页 |
| 1.2.3 水松的濒危现状 | 第13页 |
| 1.3 水松的研究进展 | 第13-16页 |
| 1.3.1 生理生化研究 | 第14页 |
| 1.3.2 系统发育地位研究 | 第14-15页 |
| 1.3.3 地理分布研究 | 第15页 |
| 1.3.4 引种栽培研究 | 第15-16页 |
| 1.3.5 种群生态学研究 | 第16页 |
| 1.3.6 水松的遗传多样性研究 | 第16页 |
| 1.4 高通量测序技术的应用 | 第16-18页 |
| 1.4.1 高通量测序技术在全基因组测序中的应用 | 第17页 |
| 1.4.2 高通量测序技术在转录组中的应用 | 第17-18页 |
| 1.5 分子标记技术 | 第18-23页 |
| 1.5.1 SSR分子标记开发方法 | 第19-20页 |
| 1.5.2 SSR标记的检测方法 | 第20-21页 |
| 1.5.3 EST-SSR分子标记的应用 | 第21-23页 |
| 1.6 本研究的内容、目的与意义 | 第23-25页 |
| 1.6.1 水松研究存在的问题 | 第23页 |
| 1.6.2 研究目的与意义 | 第23-24页 |
| 1.6.3 研究内容 | 第24-25页 |
| 1.7 技术路线 | 第25-27页 |
| 2 基于转录组数据的水松EST-SSR标记开发及筛选 | 第27-43页 |
| 2.1 实验材料、试剂和设备 | 第27-28页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第27页 |
| 2.1.2 实验试剂及配制 | 第27页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-33页 |
| 2.2.1 转录组测序 | 第28-29页 |
| 2.2.2 水松转录组序列组装和SSR位点挖掘 | 第29-31页 |
| 2.2.3 EST-SSR引物设计 | 第31页 |
| 2.2.4 EST-SSR多态性位点检测 | 第31-32页 |
| 2.2.5 数据统计与分析 | 第32-33页 |
| 2.2.6 多态性位点的有效性评估 | 第33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-40页 |
| 2.3.1 水松转录组序列拼接结果 | 第33页 |
| 2.3.2 SSR位点的数量与特征 | 第33-36页 |
| 2.3.3 多态性位点筛选结果 | 第36页 |
| 2.3.4 多态性位点的遗传参数 | 第36-39页 |
| 2.3.5 水松多态性位点的有效性验证 | 第39-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-43页 |
| 2.4.1 水松转录组序列 | 第40-41页 |
| 2.4.2 水松SSR位点特征 | 第41-43页 |
| 3 水松群体遗传变异分析 | 第43-73页 |
| 3.1 实验材料、试剂及设备 | 第43-44页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.1.2 主要试剂及仪器 | 第44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-50页 |
| 3.2.1 DNA提取 | 第44页 |
| 3.2.2 DNA检测 | 第44页 |
| 3.2.3 PCR扩增及基因分型 | 第44-45页 |
| 3.2.4 数据统计及分析 | 第45-50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-68页 |
| 3.3.1 水松群体的Hardy-Weinberg平衡检验(HWE) | 第50-52页 |
| 3.3.2 水松群体遗传多样性 | 第52-56页 |
| 3.3.4 水松群体遗传分化分析 | 第56-60页 |
| 3.3.5 水松群体遗传结构分析 | 第60-64页 |
| 3.3.6 Mantel检验 | 第64页 |
| 3.3.7 瓶颈效应 | 第64-66页 |
| 3.3.8 群体进化历史 | 第66-68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-73页 |
| 3.4.1 水松群体遗传多样性水平 | 第69页 |
| 3.4.2 水松群体遗传结构 | 第69-71页 |
| 3.4.3 群体进化历史 | 第71-73页 |
| 4 水松群体保护策略 | 第73-77页 |
| 4.1 水松群体现状 | 第73页 |
| 4.2 水松濒危原因分析 | 第73-74页 |
| 4.2.1 种群个体数量稀少,更新困难 | 第74页 |
| 4.2.2 遗传多样性水平低,强烈遗传分化 | 第74页 |
| 4.3 水松的保护策略 | 第74-77页 |
| 4.3.1 加强残存种群的就地保护 | 第74-75页 |
| 4.3.2 适当的干扰促进种群自然更新 | 第75页 |
| 4.3.3 开展人工繁殖技术与种群回归自然研究 | 第75-77页 |
| 5 结论与创新点 | 第77-81页 |
| 5.1 结论 | 第77-79页 |
| 5.1.1 水松目前现状 | 第77页 |
| 5.1.2 EST-SSR位点开发 | 第77页 |
| 5.1.3 群体遗传变异分析 | 第77-79页 |
| 5.2 创新点 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-93页 |
| 附录A | 第93-95页 |
| 附录B | 第95-97页 |
| 附录C | 第97-99页 |
| 附录D | 第99-101页 |
| 附录E | 第101-103页 |
| 附录F | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105页 |