| 前言 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 常用缩略词表 | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1 海底热液口分布,特征与生物群落 | 第13-14页 |
| 2 热液口十足目概述 | 第14页 |
| 3 当前热液口生物起源与演化机制的争议 | 第14-15页 |
| 4 线粒体基因组结构 | 第15-16页 |
| 5 当前分子系统进化估计主要方法 | 第16-18页 |
| 5.1 系统发育关系与分子系统发育树 | 第16页 |
| 5.2 系统发育树重建方法 | 第16-17页 |
| 5.3 氨基酸核苷酸替换模型 | 第17-18页 |
| 5.4 最大似然估计(ML) | 第18页 |
| 5.5 贝叶斯法(BA) | 第18页 |
| 6 分子钟与基于分子数据的物种演化分歧时间估算 | 第18-20页 |
| 6.1 分子钟 | 第18-19页 |
| 6.2 分子钟的标定 | 第19-20页 |
| 6.3 多化石点标定的贝叶斯算法实现 | 第20页 |
| 7 展望 | 第20-23页 |
| 第二章 海底热液口十足目线粒体基因组测序 | 第23-33页 |
| 摘要 | 第23页 |
| 1 引言 | 第23-24页 |
| 2 材料和仪器 | 第24-25页 |
| 2.1 实验材料 | 第24页 |
| 2.2 实验试剂 | 第24-25页 |
| 2.3 主要实验仪器 | 第25页 |
| 3 实验方法 | 第25-30页 |
| 3.1 热液口十足目总DNA的抽提 | 第25页 |
| 3.2 线粒体基因组DNA扩增与克隆策略 | 第25-29页 |
| 3.3 线粒体基因组注释及序列分析 | 第29-30页 |
| 4 实验结果 | 第30-32页 |
| 4.1 线粒体基因组克隆策略与测得基因顺序 | 第30页 |
| 4.2 短片段PCR结果 | 第30-31页 |
| 4.3 长片段PCR结果 | 第31页 |
| 4.4 长片段鸟枪法碎片文库的筛选 | 第31-32页 |
| 4.5 所有十足目已测序线粒体及其核苷酸组成分析 | 第32页 |
| 5 论论 | 第32-33页 |
| 第三章 基于线粒体基因组的十足目系统发育关系的重建 | 第33-45页 |
| 摘要 | 第33页 |
| 1 引言 | 第33-35页 |
| 2 工具软件 | 第35-36页 |
| 3 实验方法 | 第36-38页 |
| 3.1 核苷酸与氨基酸序列的分区 | 第36页 |
| 3.2 核苷酸的分区策略评价与选择 | 第36-37页 |
| 3.3 基于核苷酸与氨基酸序列的系统发育树的构建与评价 | 第37-38页 |
| 4 实验结果 | 第38-43页 |
| 4.1 核苷酸数据集的分区策略及其评价结果 | 第38-39页 |
| 4.2 核苷酸序列32个分区及每个分区的最佳模型 | 第39-40页 |
| 4.3 氨基酸序列13个分区及每个分区的最佳模型 | 第40页 |
| 4.4 系统发育树的重建及树拓扑的S-H检验结果 | 第40-43页 |
| 5 讨论 | 第43-45页 |
| 第四章 化石标定的验证 | 第45-53页 |
| 摘要 | 第45页 |
| 1 引言 | 第45-46页 |
| 2 工具软件 | 第46页 |
| 3 实验方法 | 第46-49页 |
| 3.1 用作标定的8个化石记录和1个地质事件 | 第46-47页 |
| 3.2 Near法验证化石标定年代的一致性 | 第47-48页 |
| 3.3 Marshall法验证化石标定年代的一致性以及标定上限的计算 | 第48-49页 |
| 4 实验结果 | 第49-50页 |
| 4.1 Near法化石标定年代一致性检测结果 | 第49-50页 |
| 4.2 Marshall法验证化石标定年代的一致性及标定上限计算结果 | 第50页 |
| 5 讨论 | 第50-53页 |
| 第五章 分歧时间的估算 | 第53-69页 |
| 摘要 | 第53页 |
| 1 引言 | 第53-54页 |
| 2 工具软件 | 第54-55页 |
| 3 实验方法 | 第55-56页 |
| 3.1 分子钟假设的检测 | 第55页 |
| 3.2 分歧时间估算与化石标定约束的选择 | 第55-56页 |
| 4 实验结果 | 第56-67页 |
| 4.1 分子钟检验结果 | 第56-57页 |
| 4.2 采用由节点78不同的标定上限所得分歧时间估算结果的差异 | 第57页 |
| 4.3 采用6种不同的拓扑估算的分歧时间结果异同 | 第57-65页 |
| 4.4 分歧时间估算结果 | 第65-66页 |
| 4.5 西太平洋和印度洋海底热液口十足目系统发育及其演化关系 | 第66-67页 |
| 5 讨论 | 第67-69页 |
| 结论 | 第69-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 附录一 常用试剂配制一览表 | 第77-79页 |
| 附录二 作者简历 | 第79页 |
