| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 引言 | 第10-11页 |
| 1.2 PTMs数据库及其他功能数据库 | 第11-13页 |
| 1.2.1 PTMs数据库 | 第11-12页 |
| 1.2.2 蛋白质其他功能数据库 | 第12-13页 |
| 1.3 PTMs位点预测与功能分析 | 第13-16页 |
| 1.3.1 PTMs位点预测工具 | 第13-15页 |
| 1.3.2 蛋白质修饰位点功能分析 | 第15-16页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第16-17页 |
| 参考文献 | 第17-20页 |
| 第2章 位置特异性分析和预测蛋白质赖氨酸乙酰化 | 第20-33页 |
| 2.1 引言 | 第20-21页 |
| 2.2 材料与方法 | 第21-24页 |
| 2.2.1 数据收集与整理 | 第21-22页 |
| 2.2.2 信息增益(IG) | 第22页 |
| 2.2.3 氨基酸二进制编码(BE) | 第22-23页 |
| 2.2.4 K最近邻打分(KNN) | 第23页 |
| 2.2.5 氨基酸物理化学属性 | 第23页 |
| 2.2.6 模型优化与评估 | 第23-24页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第24-30页 |
| 2.3.1 二进制编码(BE)特征分析 | 第24-25页 |
| 2.3.2 K-最近邻(KNN)特征分析 | 第25-26页 |
| 2.3.3 平均溶剂可及表面面积(AASA)分析 | 第26页 |
| 2.3.4 使用信息增益(IG)方法分析和提取特征 | 第26-27页 |
| 2.3.5 位置特异性的乙酰化位点预测 | 第27-28页 |
| 2.3.6 确定最优IG窗口大小 | 第28页 |
| 2.3.7 采用传统方法的乙酰化位点预测模型分析 | 第28-29页 |
| 2.3.8 模型的独立测试评估以及与其他方法的比较 | 第29-30页 |
| 2.4 结论 | 第30页 |
| 参考文献 | 第30-33页 |
| 第3章 蛋白质组范围内分析氨基酸变异对乙酰化的影响 | 第33-47页 |
| 3.1 引言 | 第33-34页 |
| 3.2 实验方法与过程 | 第34-37页 |
| 3.2.1 赖氨酸乙酰化位点预测模型(KAcePred) | 第34-35页 |
| 3.2.2 预测与乙酰化相关联的氨基酸变异(AcetylAAVs) | 第35-36页 |
| 3.2.3 赖氨酸乙酰化保守指数分析 | 第36页 |
| 3.2.4 统计分析 | 第36页 |
| 3.2.5 计算程序的构建与网络服务 | 第36-37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-43页 |
| 3.3.1 评价和比较乙酰化位点预测模型 | 第37页 |
| 3.3.2 从人类变异蛋白中识别潜在的AcetylAAVs | 第37-38页 |
| 3.3.3 AcetylAAVs类型Ⅰ特点分析 | 第38-39页 |
| 3.3.4 AcetylAAVs类型Ⅱ特点分析 | 第39-41页 |
| 3.3.5 AcetylAAVs类型Ⅲ特点分析 | 第41-42页 |
| 3.3.6 不同类型AcetylAAVs之间的相互关系分析 | 第42页 |
| 3.3.7 统计分析不同类型AcetylAAVs | 第42-43页 |
| 3.4 结论 | 第43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 第4章 基于激酶特异性磷酸化位点预测方法系统分析疾病相关的磷酸化底物 | 第47-62页 |
| 4.1 引言 | 第47-48页 |
| 4.2 材料与方法 | 第48-52页 |
| 4.2.1 数据收集 | 第48-49页 |
| 4.2.2 磷酸化序列集合富集分析(PSEA)方法 | 第49-51页 |
| 4.2.3 性能评估 | 第51页 |
| 4.2.4 阈值设定 | 第51页 |
| 4.2.5 预测疾病相关的磷酸化底物 | 第51-52页 |
| 4.2.6 富集分析正常与异常磷酸化位点 | 第52页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第52-58页 |
| 4.3.1 PSEA方法识别磷酸化位点能力考查 | 第52-53页 |
| 4.3.2 独立测试验证以及与现有方法的比较 | 第53-54页 |
| 4.3.3 预测疾病相关磷酸化底物对应的激酶类型 | 第54页 |
| 4.3.4 统计分析疾病相关和正常磷酸化底物的差异 | 第54-57页 |
| 4.3.5 计算程序的构建与网络服务 | 第57-58页 |
| 4.4 结论 | 第58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 附录 | 第63-72页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第72-73页 |
