| 中文摘要 | 第7-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第11-23页 |
| 1.1 分子遗传标记 | 第12-15页 |
| 1.1.1 限制性酶切片段长度多态性 | 第12页 |
| 1.1.2 扩增片段长度多态性 | 第12-13页 |
| 1.1.3 随机扩增多态性DNA | 第13页 |
| 1.1.4 线粒体DNA标记 | 第13页 |
| 1.1.5 小卫星DNA标记 | 第13-14页 |
| 1.1.6 微卫星DNA标记 | 第14页 |
| 1.1.7 单核苷酸多态性标记 | 第14-15页 |
| 1.2 全基因组关联分析 | 第15-21页 |
| 1.2.1 全基因组关联分析的背景 | 第15-16页 |
| 1.2.2 全基因组关联分析的研究方法 | 第16页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析的设计方法 | 第16-17页 |
| 1.2.4 SNP基因型与质量控制 | 第17页 |
| 1.2.5 性状选择 | 第17-18页 |
| 1.2.6 全基因组关联分析的数据分析 | 第18-19页 |
| 1.2.7 全基因组关联分析局限性 | 第19-20页 |
| 1.2.8 全基因组关联分析在农业动物上的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第21-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-34页 |
| 2.1 试验材料 | 第23-28页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第23页 |
| 2.1.2 GeneSeek SNP芯片样品采集 | 第23-26页 |
| 2.1.3 SNP基因分型芯片数据 | 第26页 |
| 2.1.4 表型数据 | 第26-28页 |
| 2.2 SNP芯片数据的质量控制 | 第28-30页 |
| 2.3 统计分析 | 第30-33页 |
| 2.3.1 全基因组连锁不平衡检测和群体结构分析 | 第30页 |
| 2.3.2 全基因组关联分析显著性阈值和潜在阈值的确定 | 第30-31页 |
| 2.3.3 产奶性状的全基因组关联分析 | 第31-32页 |
| 2.3.4 体型性状的全基因组关联分析 | 第32-33页 |
| 2.4 本研究所使用的软件和数据库网站 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-46页 |
| 3.1 四个牛场的荷斯坦奶牛群体结构分析 | 第34页 |
| 3.2 四个牛场荷斯坦奶牛群体的连锁不平衡检测 | 第34页 |
| 3.3 全基因组关联分析的结果 | 第34-46页 |
| 3.3.1 产奶性状的全基因组关联分析结果 | 第36-40页 |
| 3.3.2 体型性状的关联分析 | 第40-46页 |
| 4 讨论 | 第46-49页 |
| 4.0 全基因组关联研究的分析方法 | 第46页 |
| 4.1 试验群体 | 第46-47页 |
| 4.2 LRM与MLM两种模型的讨论 | 第47-49页 |
| 5 全文结论 | 第49-50页 |
| 5.1 结论 | 第49页 |
| 5.2 下一步工作 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-57页 |
| 附录 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59页 |