| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 引言 | 第7-9页 |
| 1 基础理论 | 第9-18页 |
| 1.1 肽结构的介绍 | 第9-10页 |
| 1.2 量子力学 | 第10页 |
| 1.3 分子力学的通常表达形式 | 第10-11页 |
| 1.4 ABEEMσπ极化分子力场 | 第11-12页 |
| 1.5 分子动力学模拟概述 | 第12-18页 |
| 1.5.1 动力学模拟的基本原理 | 第12-14页 |
| 1.5.2 分子动力学模拟的重要术语 | 第14-16页 |
| 1.5.3 动力学模拟计算流程 | 第16-18页 |
| 2 水溶液动力学计算原理 | 第18-22页 |
| 2.1 溶剂化自由能 | 第18页 |
| 2.2 计算溶剂化自由能的模型 | 第18-22页 |
| 2.2.1 极化的连续介质模型(PCM) | 第18-19页 |
| 2.2.2 ABEEMσπ/GB/SA模型 | 第19-22页 |
| 3 计算结果与讨论 | 第22-49页 |
| 3.1 氨基酸二肽的分类 | 第22页 |
| 3.2 动力学模拟细节 | 第22页 |
| 3.3 ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场对同种氨基酸二肽不同构象的研究 | 第22-29页 |
| 3.3.1 非氢原子坐标的均方根偏差 | 第22-25页 |
| 3.3.2 溶剂可及表面积与溶剂化自由能 | 第25-29页 |
| 3.3.3 小结 | 第29页 |
| 3.4 ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场对不同氨基酸二肽的研究 | 第29-39页 |
| 3.4.1 非氢原子的均方根偏差 | 第29-32页 |
| 3.4.2 分子第一溶剂壳层结构 | 第32-33页 |
| 3.4.3 溶剂可及表面积与溶剂化自由能 | 第33-39页 |
| 3.4.4 小结 | 第39页 |
| 3.5 应用Ab Initio方法计算溶剂化自由能 | 第39-46页 |
| 3.5.1 计算中性氨基酸二肽的溶剂化自由能 | 第39-42页 |
| 3.5.2 计算有电性氨基酸二肽的溶剂化自由能 | 第42-44页 |
| 3.5.3 氨基酸二肽在不同溶剂中的Mulliken电荷 | 第44-46页 |
| 3.5.4 小结 | 第46页 |
| 3.6 ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场与Ab Initio方法的溶剂化自由能比较 | 第46-48页 |
| 3.7 本章总结 | 第48-49页 |
| 结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-54页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
