| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| Table of Abbreviation | 第9-10页 |
| 1 Introduction | 第10-22页 |
| 1.1 Why two genes Versican (Vcan) and GRAMD3 were selected to do studies inassociation with genes causing black shank color in the birds | 第12-19页 |
| 1.1.1 Single nucleotide polymorphism | 第16页 |
| 1.1.2 Characteristics of SNPs | 第16页 |
| 1.1.3 Detection of SNPs | 第16-17页 |
| 1.1.4 SSCP sequencing approach to detect SNP | 第17页 |
| 1.1.5 Shot gun sequencing | 第17-18页 |
| 1.1.6 Pyro sequencing | 第18-19页 |
| 1.1.7 DNA Chip | 第19页 |
| 1.2 Identification of Enzymes | 第19-20页 |
| 1.3 SNP in the application of genetic diversity | 第20-21页 |
| 1.3.1 Evaluation and conservation of genetic diversity | 第20-21页 |
| 1.4 QTL Mapping and Marker-Assisted Selection | 第21页 |
| 1.5 Population Genetic | 第21-22页 |
| 2 Materials and Methods | 第22-26页 |
| 2.1 Materials | 第22-26页 |
| 2.1.1 Experimental Animal and Blood collection | 第22页 |
| 2.1.2 Map | 第22-23页 |
| 2.1.3 Fragments of VCAN and GRAMD3 | 第23-24页 |
| 2.1.4 Equipment,materials and sources | 第24-25页 |
| 2.1.5 Reagents and sources | 第25页 |
| 2.1.6 Commonly used reagents,plus the preparation | 第25-26页 |
| 3 Methood | 第26-39页 |
| 3.1 Technical Experiment Scheme and Feasibility | 第26-29页 |
| 3.1.1 Chickens DNA Genome Extraction through blood | 第26-29页 |
| 3.1.2 Detection of DNA quality | 第29页 |
| 3.2 Sex Identification | 第29-30页 |
| 3.3 Primer Designing | 第30页 |
| 3.4 PCR mix(100 reaction) | 第30-31页 |
| 3.4.1 PCR Reaction VCAN gene | 第30-31页 |
| 3.4.2 PCR Reaction for GRAMD 3 gene | 第31页 |
| 3.5 Agarose Gel Electrophoresis | 第31-32页 |
| 3.5.1 PCR reaction for the Chicken Versican gene | 第32页 |
| 3.6 PCR reaction for GRAMD 3 gene | 第32-33页 |
| 3.7 DNA Pooling | 第33-34页 |
| 3.7.1 DNA Sequencing | 第33-34页 |
| 3.7.2 Enzyme Mix and Digestion | 第34页 |
| 3.8 SSCP PAGE | 第34-35页 |
| 3.8.1 Staining solution | 第35页 |
| 3.9 Genotyping with RFLP | 第35-37页 |
| 3.9.1 SNP mapping | 第37页 |
| 3.10 Statistical Analysis | 第37-39页 |
| 4 Results | 第39-50页 |
| 4.1 Extraction of Genomic DNA and their quality of Genomic DNA | 第39页 |
| 4.2 Detection and Screening of SNP | 第39-42页 |
| 4.3 Genotyping of selected SNPs | 第42-43页 |
| 4.4 SNP screening | 第43-45页 |
| 4.5 Association Analysis for VCAN and GRAMD3 | 第45-47页 |
| 4.6 Association of Genotyes with Phenotypes | 第47-50页 |
| 4.6.1. Conservation of VCAN and GRAMD3 Genes | 第47-50页 |
| 5 Discussion | 第50-52页 |
| 6 Conclusion | 第52-54页 |
| Reference | 第54-61页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第61页 |
