| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 引言 | 第12-28页 |
| 1.1 转录组学和比较生物学研究进展 | 第12-15页 |
| 1.1.1 转录组学 | 第12页 |
| 1.1.2 转录组学研究流程 | 第12-14页 |
| 1.1.3 比较基因组学研究概述 | 第14-15页 |
| 1.2 关联分析的研究进展 | 第15-18页 |
| 1.2.1 全基因组关联分析的原理和优势 | 第15-16页 |
| 1.2.2 全基因组关联分析的应用 | 第16-17页 |
| 1.2.3 关联转录组学能有效应用于无参考基因组的复杂物种 | 第17-18页 |
| 1.3 甘薯的研究现状 | 第18-19页 |
| 1.3.1 甘薯的物种特异性 | 第18页 |
| 1.3.2 紫薯的药用价值 | 第18-19页 |
| 1.4 花青素的结构及生物合成途径 | 第19-23页 |
| 1.4.1 花青素的结构 | 第19-20页 |
| 1.4.2 花青素的合成途径 | 第20-23页 |
| 1.5 MYB转录因子基因家族研究现状 | 第23-27页 |
| 1.5.1 MYB基因的结构特征 | 第23-25页 |
| 1.5.2 植物MYB基因的进化 | 第25-26页 |
| 1.5.3 MYB转录因子在花青素合成途径的作用 | 第26-27页 |
| 1.6 本文的研究内容和意义 | 第27-28页 |
| 2 实验材料与方法 | 第28-38页 |
| 2.1 本研究的材料 | 第28页 |
| 2.2 转录组测序 | 第28-31页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第28-30页 |
| 2.2.2 mRNA反转录 | 第30页 |
| 2.2.3 Illumina二代测序 | 第30页 |
| 2.2.4 Illumina二代测序数据和转录组组装的质量过滤 | 第30-31页 |
| 2.2.5 序列分析与注释 | 第31页 |
| 2.3 甘薯块根花青素含量的测定 | 第31-32页 |
| 2.4 SNP发现和关联分析 | 第32-33页 |
| 2.5 GEM关联转录组分析 | 第33页 |
| 2.6 甘薯MYB基因家族成员的鉴定和分析 | 第33-35页 |
| 2.6.1 甘薯MYB基因家族成员的鉴定 | 第33-34页 |
| 2.6.2 系统发育分析 | 第34页 |
| 2.6.3 Pfam结构域分析 | 第34-35页 |
| 2.6.4 转录本表达谱分析 | 第35页 |
| 2.6.5 不同组织数据库DB16 | 第35页 |
| 2.7 实时定量PCR实验 | 第35-38页 |
| 2.7.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 2.7.2 RNA提取 | 第36页 |
| 2.7.3 引物设计 | 第36页 |
| 2.7.4 实时定量PCR体系 | 第36-38页 |
| 3 实验结果与分析 | 第38-66页 |
| 3.1 甘薯转录组测序与关联分析 | 第38-49页 |
| 3.1.1 转录组测序 | 第38页 |
| 3.1.2 甘薯块根花青素含量测定 | 第38-39页 |
| 3.1.3 SNP与GEM关联分析 | 第39-41页 |
| 3.1.4 KEGG富集分析 | 第41-42页 |
| 3.1.5 基因共表达网络分析 | 第42-43页 |
| 3.1.6 构建甘薯花青素转录调控、合成与转运的分子途径 | 第43-45页 |
| 3.1.7 甘薯花青素相关途径中的重要候选基因鉴定 | 第45-49页 |
| 3.2 获取甘薯的MYB基因家族蛋白 | 第49-66页 |
| 3.2.1 多物种的MYB基因家族研究情况以及数量对比 | 第49-50页 |
| 3.2.2 甘薯的MYB基因家族蛋白特点 | 第50-51页 |
| 3.2.3 R2R3 MYB蛋白基序结构分析 | 第51-53页 |
| 3.2.4 甘薯R2R3 MYB基因亚家族分析与功能预测 | 第53-55页 |
| 3.2.5 甘薯与拟南芥R2R3 MYB基因家族系统发育分析 | 第55-58页 |
| 3.2.6 甘薯MYB基因家族成员的表达谱分析 | 第58-63页 |
| 3.2.7 与块根花青素含量显著关联的MYB基因表达量分析 | 第63-66页 |
| 4 讨论 | 第66-74页 |
| 4.1 不同关联转录组学分析手段的评价 | 第66-67页 |
| 4.1.1 SNP关联分析在转录组学研究中局限 | 第66-67页 |
| 4.1.2 GEM关联分析在转录组学中的优势 | 第67页 |
| 4.2 甘薯花青素高度关联基因讨论 | 第67-68页 |
| 4.3 不同物种MYB结构域的进化分析 | 第68-69页 |
| 4.4 MYB基因家族成员在甘薯不同种质和组织的功能分化 | 第69-71页 |
| 4.4.1 MYB基因具有维持甘薯正常生长的重要功能 | 第69-70页 |
| 4.4.2 MYB基因在不同种质中出现差异表达 | 第70页 |
| 4.4.3 MYB基因在不同组织中的表达模式分析 | 第70-71页 |
| 4.5 甘薯中MYB基因生物学功能的预测 | 第71-74页 |
| 4.5.1 转录抑制因子IbMYB53的功能预测 | 第71页 |
| 4.5.2 显著关联MYB基因的功能分析 | 第71-74页 |
| 结论 | 第74-76页 |
| 附录 | 第76-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
| 作者简介 | 第96-98页 |
| 学位论文数据集 | 第98页 |
