| 英文缩略词 | 第9-11页 |
| 中文摘要 | 第11-17页 |
| 第一部分 肺癌诊断和预后标志物研究 | 第11-15页 |
| 第一章 通过肺发育数据挖掘肺腺癌预后相关因子SMC4 | 第11-13页 |
| 第二章 肺癌患者外周血白细胞基因表达谱变化分析及肺癌特异性基因标签的鉴定 | 第13-15页 |
| 第二部分 三阴性乳腺癌预后相关因子NCAPD2的研究 | 第15-17页 |
| Abstract | 第17-23页 |
| 第一部分 肺癌诊断和预后标志物研究 | 第24-70页 |
| 第一章 通过肺发育数据挖掘肺腺癌预后相关因子SMC4 | 第24-44页 |
| 前言 | 第24-27页 |
| 材料与方法 | 第27-31页 |
| 1.实验材料 | 第27-28页 |
| 1.1 人胚胎肺、成人肺以及肺腺癌组织样本 | 第27页 |
| 1.2 主要生物信息学分析软件或网站 | 第27-28页 |
| 2.实验方法 | 第28-31页 |
| 2.1 基因芯片检测mRNA表达谱 | 第28页 |
| 2.2 数据预处理和标准化 | 第28页 |
| 2.3 肺发育过程中基因表达模式的分组 | 第28-29页 |
| 2.4 肺发育过程中持续上调或下调基因的相互作用网络构建 | 第29页 |
| 2.5 计算最大子网无标度性及筛选核心网络 | 第29-30页 |
| 2.6 核心网络中模块的挖掘 | 第30页 |
| 2.7 统计分析 | 第30-31页 |
| 结果 | 第31-40页 |
| 1.肿瘤的发生在一定程度上可以被看做是胚胎发育过程的逆过程 | 第31-33页 |
| 2.利用肺发育数据构建共表达网络,挖掘肺发育相关蛋白SMC4 | 第33-35页 |
| 3.SMC4参与了肺发育和肿瘤发生过程的多个环节 | 第35-38页 |
| 4.SMC4基因表达与肺腺癌患者预后相关 | 第38-40页 |
| 讨论 | 第40-43页 |
| 小结 | 第43-44页 |
| 第二章 肺癌患者外周血白细胞基因表达谱变化分析及肺癌特异性基因标签的鉴定 | 第44-70页 |
| 前言 | 第44-46页 |
| 材料与方法 | 第46-53页 |
| 1.实验材料 | 第46-48页 |
| 1.1 人外周血样本 | 第46页 |
| 1.1.1 肺癌患者外周血样本 | 第46页 |
| 1.1.2 健康人外周血样本 | 第46页 |
| 1.2 主要试剂及耗材 | 第46-47页 |
| 1.3 主要仪器 | 第47页 |
| 1.4 主要生物信息学分析软件或网站 | 第47-48页 |
| 2.实验方法 | 第48-53页 |
| 2.1 外周血白细胞的收集和处理 | 第48页 |
| 2.2 白细胞总RNA提取 | 第48-49页 |
| 2.3 RNA检测及文库质检 | 第49页 |
| 2.4 上机测序 | 第49页 |
| 2.5 数据分析 | 第49-52页 |
| 2.5.1 数据清洗、序列比对及基因表达水平定量 | 第49-50页 |
| 2.5.2 样本分组 | 第50页 |
| 2.5.3 分子距离分析 | 第50页 |
| 2.5.4 构建分类模型 | 第50-51页 |
| 2.5.5 交叉验证 | 第51页 |
| 2.5.6 递归特征消除 | 第51-52页 |
| 2.6 统计分析 | 第52-53页 |
| 结果 | 第53-66页 |
| 1.样本的基本临床信息 | 第53页 |
| 2.肺癌患者外周血白细胞基因表达谱变化 | 第53-54页 |
| 3.不同病理类型肺癌患者间外周血白细胞基因表达谱比较 | 第54-55页 |
| 4.Cancer1组和Cancer2组肺癌患者间外周血白细胞基因表达谱比较 | 第55-59页 |
| 5.肺癌外周血免疫细胞组分变化 | 第59-61页 |
| 6.外周血白细胞基因表达可用于识别肺癌患者 | 第61-66页 |
| 讨论 | 第66-69页 |
| 小结 | 第69-70页 |
| 第二部分 三阴性乳腺癌预后相关因子NCAPD2的研究 | 第70-99页 |
| 前言 | 第70-72页 |
| 材料与方法 | 第72-83页 |
| 1.实验材料 | 第72-75页 |
| 1.1 人三阴性乳腺癌组织样本 | 第72页 |
| 1.2 细胞系 | 第72页 |
| 1.3 抗体 | 第72-73页 |
| 1.4 引物序列 | 第73页 |
| 1.5 主要试剂及耗材 | 第73-74页 |
| 1.6 主要仪器 | 第74-75页 |
| 1.7 主要分析软件 | 第75页 |
| 2.实验方法 | 第75-83页 |
| 2.1 免疫组织化学染色及评分 | 第75-76页 |
| 2.2 细胞生物学实验 | 第76-78页 |
| 2.2.1 siRNA基因敲降实验 | 第76-77页 |
| 2.2.2 细胞增殖实验 | 第77页 |
| 2.2.3 细胞侵袭实验 | 第77-78页 |
| 2.2.4 细胞周期检测实验 | 第78页 |
| 2.2.5 细胞凋亡检测实验 | 第78页 |
| 2.3 细胞总RNA的提取 | 第78页 |
| 2.4 实时荧光定量PCR | 第78-80页 |
| 2.4.1 以RNA为模板逆转录合成cDNA | 第78-79页 |
| 2.4.2 PCR反应体系及条件 | 第79页 |
| 2.4.3 绘制标准曲线 | 第79-80页 |
| 2.4.4 目的基因mRNA相对含量计算 | 第80页 |
| 2.5 蛋白质提取和定量 | 第80-81页 |
| 2.5.1 细胞总蛋白提取 | 第80页 |
| 2.5.2 蛋白质浓度测定(BCA法) | 第80-81页 |
| 2.6 免疫印迹试验Western blot | 第81-82页 |
| 2.6.1 SDS-聚丙烯凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第81页 |
| 2.6.2 湿法蛋白转印 | 第81-82页 |
| 2.6.3 抗体孵育和化学发光成像 | 第82页 |
| 2.7 表达谱数据分析 | 第82页 |
| 2.8 统计分析 | 第82-83页 |
| 结果 | 第83-96页 |
| 1.NCAPD2蛋白高表达是三阴性乳腺癌独立的预后不良因素 | 第83-87页 |
| 2.NCAPD2在多个方面参与了三阴性乳腺癌的肿瘤发生 | 第87-89页 |
| 3.NCAPD2敲降显著抑制三阴性乳腺癌细胞的增殖和侵袭 | 第89-92页 |
| 4.NCAPD2敲降引起三阴性乳腺癌细胞发生G2/M期阻滞,并导致多倍体细胞的生成和细胞凋亡的发生 | 第92-96页 |
| 讨论 | 第96-97页 |
| 小结 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 基金资助 | 第112-113页 |
| 已发表与学位论文相关的英文论文 | 第113页 |
| 其他博士期间学术成果 | 第113-114页 |
| 文献综述 | 第114-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
