基于RNA-Seq的小麦产量性状全基因组关联分析
| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1 引言 | 第10-20页 |
| 1.1 植物突变体库研究进展 | 第10-11页 |
| 1.1.1 EMS诱变机理 | 第10-11页 |
| 1.1.2 EMS诱变技术在育种中的应用 | 第11页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第11-15页 |
| 1.2.1 全基因组重测序 | 第12页 |
| 1.2.2 简化基因组测序 | 第12-13页 |
| 1.2.3 转录组测序 | 第13-15页 |
| 1.3 SNP分子标记 | 第15-16页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第16-19页 |
| 1.4.1 全基因组关联分析的概念 | 第16-17页 |
| 1.4.2 GWAS分析在动植物研究中的应用 | 第17-18页 |
| 1.4.3 GWAS在小麦遗传育种中的应用 | 第18-19页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-26页 |
| 2.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.2 田间试验设计和性状调查 | 第20页 |
| 2.2.1 田间试验 | 第20页 |
| 2.2.2 性状调查 | 第20页 |
| 2.3 RNA-Seq分析方法 | 第20-23页 |
| 2.3.1 取样 | 第20-21页 |
| 2.3.2 总RNA提取 | 第21-22页 |
| 2.3.3 测序文库构建 | 第22页 |
| 2.3.4 上机测序 | 第22-23页 |
| 2.3.5 数据质量控制 | 第23页 |
| 2.4 转录组组装 | 第23页 |
| 2.4.1 转录组组装方法 | 第23页 |
| 2.4.2 组装评估 | 第23页 |
| 2.5 SNP/InDel calling | 第23-25页 |
| 2.6 产量相关性状的统计分析 | 第25页 |
| 2.7 关联分析 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-48页 |
| 3.1 烟农15的转录组组装 | 第26-28页 |
| 3.1.1 测序数据质量评估 | 第26页 |
| 3.1.2 比对到基因组结果 | 第26-27页 |
| 3.1.3 转录组组装结果 | 第27-28页 |
| 3.2 SNP/INDEL标记开发 | 第28-32页 |
| 3.2.1 测序数据质量评估 | 第28-32页 |
| 3.2.2 变异位点筛选结果 | 第32页 |
| 3.3 产量性状表现和关联分析 | 第32-48页 |
| 3.3.1 产量性状的表现和相关性分析 | 第32-38页 |
| 3.3.2 分子标记与产量性状的关联分析 | 第38-48页 |
| 4 讨论 | 第48-51页 |
| 4.1 EMS诱变突变体表现 | 第48页 |
| 4.2 小麦产量性状关联分析和QTL定位分析 | 第48-51页 |
| 4.2.1 籽粒大小相关性状 | 第49页 |
| 4.2.2 株型相关性状 | 第49-50页 |
| 4.2.3 穗部相关性状 | 第50-51页 |
| 5 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
