| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 专业术语缩写表 | 第10-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-41页 |
| 1 家兔消化系统和肠道免疫的特征 | 第17-19页 |
| 2 家兔肠炎研究进展 | 第19-24页 |
| ·家兔肠炎的分类 | 第19-20页 |
| ·家兔肠炎的防治 | 第20页 |
| ·肠炎免疫的分子机制 | 第20-24页 |
| ·IBD的发病机制 | 第20-21页 |
| ·天然免疫与肠炎 | 第21-23页 |
| ·获得性免疫效应分子与肠炎 | 第23-24页 |
| 3 JAKs/STATs信号通路与肠炎的研究进展 | 第24-29页 |
| ·JAKs-STATs信号通路的组份 | 第24-26页 |
| ·JAKs-STATs信号通路的作用机制 | 第26-27页 |
| ·JAKs-STATs信号通路与免疫调节(肠炎)研究进展 | 第27-29页 |
| ·JAKs-STATs信号通路在肠炎发生中的作用研究进展 | 第28页 |
| ·JAKs-STATs信号通路在肠炎药物研发中的应用进展 | 第28-29页 |
| 4 本试验涉及到的主要分子生物学实验技术 | 第29-38页 |
| ·HRM基因分型技术 | 第29-31页 |
| ·HRM基因分型原理 | 第29-30页 |
| ·HRM主要技术特点 | 第30页 |
| ·HRM的发展与应用 | 第30-31页 |
| ·RNAi技术的应用 | 第31-36页 |
| ·RNAi技术历史回顾 | 第32页 |
| ·RNAi的作用机制 | 第32-35页 |
| ·RNAi在动物功能基因组研究中的应用 | 第35-36页 |
| ·RNA-Seq技术介绍 | 第36-38页 |
| ·RNA-Seq技术特点 | 第37页 |
| ·RNA-Seq在畜禽遗传育种研究中的运用 | 第37-38页 |
| 5 本试验研究目的及主要内容 | 第38-41页 |
| ·本试验目的及意义 | 第38-39页 |
| ·本试验的主要内容 | 第39-40页 |
| ·本试验技术路线 | 第40-41页 |
| 第二章 JAKs和STATs家族基因多态性及相互作用与家兔肠炎易感性分析 | 第41-81页 |
| 1 试验材料 | 第41-43页 |
| ·case-control肠炎易感性样本群构建及样本采集 | 第41-42页 |
| ·低纤维日粮肠炎兔群的构建及样本采集 | 第42-43页 |
| 2 仪器设备与试剂配制 | 第43-46页 |
| ·主要仪器设备 | 第43-44页 |
| ·主要试剂及配制 | 第44-46页 |
| ·主要试剂盒及试剂 | 第44-45页 |
| ·主要试剂的配制 | 第45-46页 |
| 3 试验方法 | 第46-59页 |
| ·低纤维日粮家兔肠炎炎症程度分类 | 第46-47页 |
| ·临床观察和解剖症状评分 | 第46页 |
| ·组织病理切片HE染色观察 | 第46页 |
| ·低纤维诱导试验中家兔炎症严重程度分类 | 第46-47页 |
| ·DNA和RNA的提取和检测 | 第47-50页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第47-48页 |
| ·总RNA抽提 | 第48-49页 |
| ·DNA、RNA浓度和纯度的检测 | 第49页 |
| ·cDNA的合成 | 第49-50页 |
| ·JAKs和STATs基因引物设计、PCR扩增和cSNP检测 | 第50-54页 |
| ·引物设计与合成 | 第50-52页 |
| ·常规PCR反应体系及条件 | 第52-53页 |
| ·PCR产物的纯化和胶回收 | 第53页 |
| ·直接测序和变异位点筛选 | 第53-54页 |
| ·PCR-RFLP和HRM技术进行基因分型 | 第54-56页 |
| ·PCR-RFLP基因分型 | 第54-55页 |
| ·HRM基因分型 | 第55-56页 |
| ·JAK1和STAT3基因qPCR分析mRNA表达水平 | 第56-57页 |
| ·数据处理 | 第57-59页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第57-58页 |
| ·多态信息与相关性统计分析 | 第58-59页 |
| ·qPCR组织表达研究统计分析 | 第59页 |
| 4 试验结果与分析 | 第59-75页 |
| ·低纤维日粮诱导家兔肠炎炎症程度的分类 | 第59-60页 |
| ·基因组DNA和总RNA提取结果 | 第60-61页 |
| ·基因组DNA提取结果 | 第60-61页 |
| ·总RNA提取结果 | 第61页 |
| ·JAKs和STATs家族基因编码区扩增和直接测序结果 | 第61-64页 |
| ·分析筛选关键cSNP位点 | 第64-66页 |
| ·非同义突变cSNP导致氨基酸损害程度的变化 | 第64页 |
| ·同义突变cSNP密码子偏好性分析结果 | 第64-66页 |
| ·JAK1 c.1421,c.3036和STAT3 c.399,c.831基因分型结果 | 第66-68页 |
| ·JAK1基因PCR-RFLP分型结果 | 第66-67页 |
| ·STAT3基因HRM分型结果 | 第67-68页 |
| ·JAK1和STAT3基因与家兔肠炎易感性分析 | 第68-73页 |
| ·JAK1基因c.1421和c.3036对家兔肠炎易感性分析 | 第68-69页 |
| ·STAT3基因c.399和c.831对家兔肠炎易感性分析 | 第69-72页 |
| ·JAK1和STAT3基因对肠炎易感性的遗传交互作用分析 | 第72-73页 |
| ·JAK1和STAT3基因在回肠和结肠组织mRNA的表达水平分析 | 第73-75页 |
| ·JAK1基因在回肠和结肠组织mRNA表达水平分析 | 第73-74页 |
| ·STAT3基因在回肠和结肠组织mRNA表达水平分析 | 第74-75页 |
| 5 讨论 | 第75-79页 |
| ·分析试验家兔肠炎分组的可靠性 | 第75-76页 |
| ·JAKs和STATs两个家族基因cSNP功能性分析 | 第76-77页 |
| ·JAK1和STAT3基因cSNP和交互作用影响家兔肠炎易感性 | 第77-79页 |
| ·JAK1和STAT3基因回肠和结肠组织mRNA表达水平差异分析 | 第79页 |
| 6 本章小结 | 第79-81页 |
| 第三章 新生仔兔小肠上皮细胞LPS炎症细胞模型构建 | 第81-99页 |
| 1 试验材料与试剂 | 第81-85页 |
| ·试验材料 | 第81页 |
| ·主要仪器设备及试剂(配制) | 第81-85页 |
| ·仪器设备 | 第81-82页 |
| ·细胞培养耗材 | 第82-83页 |
| ·主要试剂(盒)购买及配制 | 第83-85页 |
| 2 试验方法 | 第85-90页 |
| ·家兔原代IEC的分离、培养与纯化 | 第85-86页 |
| ·IEC原代消化和传代培养法 | 第85-86页 |
| ·IEC的纯化 | 第86页 |
| ·家兔IEC的鉴定 | 第86-88页 |
| ·IEC形态学观察 | 第86-87页 |
| ·IEC生长曲线的测定 | 第87页 |
| ·CK-18单克隆抗体的免疫组化鉴定 | 第87-88页 |
| ·IEC炎症细胞模型的构建 | 第88-89页 |
| ·LPS药物剂量筛选试验 | 第88-89页 |
| ·LPS刺激IEC炎症细胞模型试验 | 第89页 |
| ·ABC-ELISA法测定炎症细胞模型中IL-1β和TNF-α | 第89页 |
| ·数据处理 | 第89-90页 |
| 3 试验结果与分析 | 第90-97页 |
| ·成功分离、培养与纯化家兔IEC | 第90-93页 |
| ·IEC的形态学观察 | 第90-92页 |
| ·IEC生长曲线绘制 | 第92页 |
| ·CK-18单克隆抗体的免疫组化鉴定 | 第92-93页 |
| ·利用LPS成功构建IEC炎症模型 | 第93-97页 |
| ·确定LPS药物剂量 | 第93-95页 |
| ·炎症细胞模型中IL-1β、TNF-α的含量显著提高 | 第95-97页 |
| 4 讨论 | 第97-98页 |
| ·成功分离培养、纯化和鉴定家兔原代IEC | 第97-98页 |
| ·LPS成功诱导兔IEC炎症细胞模型构建 | 第98页 |
| 5 本章小结 | 第98-99页 |
| 第四章 JAK1,JAK2和TYK2与STAT3基因对家兔IEC炎症发生的作用研究 | 第99-121页 |
| 1 试验材料与试剂 | 第100-104页 |
| ·细胞的选择 | 第100页 |
| ·主要仪器设备及耗材 | 第100页 |
| ·主要试剂(配制) | 第100-104页 |
| ·细胞培养和转染试剂 | 第100-101页 |
| ·siRNA序列信息 | 第101-102页 |
| ·抗体 | 第102页 |
| ·主要试剂配制 | 第102-104页 |
| 2 试验方法 | 第104-111页 |
| ·Lip2000转染siRNA进入IEC | 第104-106页 |
| ·qPCR筛选高效下调目的基因表达水平的siRNA分子 | 第106页 |
| ·细胞RNA的提取 | 第106页 |
| ·cDNA的合成 | 第106页 |
| ·qPCR筛选siRNA | 第106页 |
| ·检测STAT3在转染siRNAs炎症细胞模型mRNA和蛋白水平 | 第106-111页 |
| ·qPCR检测STAT3基因的mRNA表达水平 | 第107页 |
| ·Western blot分析STAT3蛋白表达水平 | 第107-111页 |
| ·ABC-ELISA检测si-JAK1-001 IEC炎症细胞模型中IL-1β和TNF-α的表达水平 | 第111页 |
| ·数据分析 | 第111页 |
| 3 试验结果与分析 | 第111-116页 |
| ·成功构建siRNA的Lip2000转染方法 | 第111-113页 |
| ·成功筛选下调目的基因表达水平的si-JAKs | 第113-114页 |
| ·JAKs在IEC炎症细胞模型中激活STAT3的作用 | 第114-116页 |
| ·JAK1基因沉默后对IEC炎症模型中IL-1β和TNF-α表达水平的影响 | 第116页 |
| 4 讨论 | 第116-120页 |
| ·优化Lip2000转染体系 | 第116-117页 |
| ·筛选高效的siRNA分子 | 第117-118页 |
| ·家兔IEC炎症细胞模型中JAK1是激活STAT3的主要因子 | 第118-120页 |
| 5 本章小结 | 第120-121页 |
| 第五章 JAK1基因沉默后IEC炎症细胞模型的RNA-Seq表达谱分析 | 第121-140页 |
| 1 试验材料与试剂 | 第121-122页 |
| ·细胞模型 | 第121页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第121-122页 |
| ·主要仪器设备 | 第121-122页 |
| ·主要试剂 | 第122页 |
| 2 试验方法 | 第122-128页 |
| ·细胞总RNA的提取和纯化 | 第122-123页 |
| ·RNA样品的质量鉴定 | 第123页 |
| ·RNA-Seq文库构建及测序 | 第123-124页 |
| ·数据分析 | 第124-128页 |
| ·原始序列数据的处理 | 第125-126页 |
| ·测序数据质量评估 | 第126-127页 |
| ·差异表达基因的分析 | 第127-128页 |
| 3 结果与分析 | 第128-137页 |
| ·纯化后总RNA的检测结果 | 第128-129页 |
| ·RNA-Seq数据质量评估报告 | 第129-133页 |
| ·Raw reads质量评估 | 第129页 |
| ·Clean reads比对统计结果 | 第129-130页 |
| ·测序随机性评估结果 | 第130-131页 |
| ·Reads在基因组上的分布 | 第131-132页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第132-133页 |
| ·基因差异表达分析 | 第133-137页 |
| ·case-control差异表达基因筛选 | 第133-134页 |
| ·GO功能显著性富集分析 | 第134-136页 |
| ·Pathway显著性富集分析 | 第136-137页 |
| 4 讨论 | 第137-139页 |
| ·试验设计和测序方案的选择 | 第137-138页 |
| ·JAKs-STATs在IEC炎症细胞模型中分子作用的研究 | 第138-139页 |
| 5 本章小节 | 第139-140页 |
| 第六章 研究结论与展望 | 第140-142页 |
| 1 本研究主要结论 | 第140页 |
| 2 本研究的主要创新点 | 第140-141页 |
| 3 下一步研究展望 | 第141-142页 |
| 参考文献 | 第142-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
| 攻读学位期间完成的学术成果 | 第156页 |
