| 目录 | 第1-5页 |
| 缩略词ABBREVIATION | 第5-6页 |
| 论文摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 前言 | 第12-14页 |
| 第一部分：临床菌株分离培养、鉴定及药物敏感性检测 | 第14-25页 |
| 一 测序菌株的分离培养、细菌学鉴定和药物敏感性检测 | 第14-21页 |
| 二 Spoligotyping菌型鉴定 | 第21-25页 |
| 第二部分：全基因组测序与数据分析 | 第25-38页 |
| 一 全基因组测序准备 | 第25-27页 |
| 二 全基因组测序 | 第27-30页 |
| 三 全基因组数据的初步分析 | 第30-38页 |
| 讨论 | 第38-42页 |
| 小节 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 综述 | 第47-56页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 附录 | 第56-82页 |
| 附录1 基因组序列比对所用基因组序列 | 第56-58页 |
| 附录2 454测序contig位置关系及gap大小 | 第58-64页 |
| 附录3 结核分枝杆菌北京基因型特异SNP表和耐药相关SNP表 | 第64-82页 |
| 致谢 | 第82页 |