| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 动物线粒体基因组简介 | 第10-16页 |
| ·线粒体的生物学特性 | 第10页 |
| ·动物线粒体基因组的组成和结构 | 第10-11页 |
| ·动物线粒体基因组的特点及作为分子标记的自身优势 | 第11-12页 |
| ·动物线粒体 DNA 在分子系统学与群体遗传学中的研究及应用 | 第12-16页 |
| ·mtDNA 在分子系统学研究中的应用 | 第12-14页 |
| ·mtDNA 在群体遗传学研究中的应用 | 第14-16页 |
| 第二章 分子系统学研究方法 | 第16-21页 |
| ·分子系统学 | 第16页 |
| ·构建分子系统树常用的方法 | 第16-18页 |
| ·系统演化和进化分析常用的软件 | 第18-21页 |
| ·序列处理 | 第18-19页 |
| ·系统树构建 | 第19页 |
| ·Kn 与 Ks 的计算 | 第19-20页 |
| ·分歧时间的推算 | 第20页 |
| ·DNA 多态性分析 | 第20-21页 |
| 第三章 中国小家鼠（Mus musculus）线粒体基因组全序列分析 | 第21-59页 |
| 第一节 引言 | 第21-24页 |
| 第二节 材料和方法 | 第24-31页 |
| ·样品来源 | 第24页 |
| ·基因组总 DNA 的提取 | 第24-26页 |
| ·PCR 扩增 | 第26-29页 |
| ·PCR 扩增产物检测 | 第29页 |
| ·PCR 产物测序、序列拼接及分析 | 第29-30页 |
| ·种群遗传结构分析 | 第30页 |
| ·系统进化分析及分歧时间估计 | 第30-31页 |
| ·蛋白质编码基因进化分析 | 第31页 |
| 第三节 结果 | 第31-51页 |
| ·小家鼠线粒体全基因组概述 | 第31-34页 |
| ·蛋白质编码基因及密码子使用 | 第34页 |
| ·tRNA 基因 | 第34页 |
| ·非编码区 | 第34-36页 |
| ·中国小家鼠的系统进化及分歧时间 | 第36-37页 |
| ·野生小家鼠与实验室小鼠的系统发育关系 | 第37-39页 |
| ·蛋白质编码基因突变 | 第39-41页 |
| ·序列多态性分析 | 第41-51页 |
| 第四节 讨论 | 第51-57页 |
| ·关于实验方法 | 第51-52页 |
| ·小家鼠线粒体基因组结构 | 第52-53页 |
| ·tRNA 二级结构 | 第53页 |
| ·非编码区 | 第53-54页 |
| ·小家鼠系统发育关系 | 第54-57页 |
| 第五节 结论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 附录一 | 第72页 |
| 附录二 | 第72-73页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第73页 |