| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-53页 |
| ·纤维素酶基因诱导表达机制假设 | 第17-18页 |
| ·诱导表达模式 | 第18-19页 |
| ·纤维素酶基因表达的转录调控因子 | 第19-25页 |
| ·Zn(Ⅱ)2Cys6家族转录调控因子 | 第19-21页 |
| ·碳代谢阻遏抑制因子—Cre1 | 第21-22页 |
| ·纤维素酶基因表达激活因子—Ace1与Ace2 | 第22-23页 |
| ·Hap2/3/5复合物 | 第23页 |
| ·木聚糖调控因子1(xylanase regulator 1，Xyr1) | 第23-25页 |
| ·线粒体功能对纤维素酶基因转录的影响 | 第25页 |
| ·染色体结构对纤维素酶基因转录的影响 | 第25-27页 |
| ·真核生物基因的转录起始与染色质结构调控 | 第27-49页 |
| ·核心启动子参与有效的转录起始前复合物的形成 | 第27-29页 |
| ·有效的转录起始过程的形成 | 第29-31页 |
| ·染色质动态变化机制 | 第31-48页 |
| ·染色体重构 | 第32-35页 |
| ·Swi/Snf复合物 | 第33-34页 |
| ·RSC | 第34页 |
| ·Isw-家族重构复合物 | 第34-35页 |
| ·组蛋白翻译后修饰 | 第35-45页 |
| ·乙酰化 | 第39-41页 |
| ·甲基化 | 第41-43页 |
| ·磷酸化 | 第43-44页 |
| ·泛素化 | 第44-45页 |
| ·苏素化和聚ADP核糖基化 | 第45页 |
| ·组蛋白修饰的识别 | 第45-46页 |
| ·组蛋白修饰之间的相互影响 | 第46-48页 |
| ·DNA甲基化 | 第48-49页 |
| ·染色质结构变化在丝状真菌基因转录过程中作用的研究进展 | 第49-51页 |
| ·立题依据及研究内容 | 第51-53页 |
| 第二章 瑞氏木霉组蛋白乙酰转移酶基因gcn5的鉴定及功能分析 | 第53-77页 |
| ·引言 | 第53-54页 |
| ·材料与方法 | 第54-63页 |
| ·菌种和质粒 | 第54页 |
| ·培养基和培养条件 | 第54-56页 |
| ·本章所用引物 | 第56-57页 |
| ·序列比对与系统进化树分析 | 第57页 |
| ·酵母菌株培养以及酵母转化 | 第57页 |
| ·瑞氏木霉的遗传转化 | 第57-58页 |
| ·真菌转化子的筛选 | 第58页 |
| ·Southern blot方法 | 第58-62页 |
| ·平板检测 | 第62页 |
| ·蛋白质含量测定 | 第62页 |
| ·外切葡聚糖BS活力测定方法 | 第62-63页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第63页 |
| ·结果与讨论 | 第63-76页 |
| ·瑞氏木霉中gcn5基因的鉴定和蛋白结构域比对分析 | 第63-66页 |
| ·瑞氏木霉Gcn5在酿酒酵母中的功能验证 | 第66-68页 |
| ·瑞氏木霉△gcn5：：pyr4突变株的构建 | 第68-70页 |
| ·gcn5基因对维持菌丝生长具有重要作用 | 第70-71页 |
| ·gcn5对于维持正常的菌丝形态和孢子产生具有重要作用 | 第71-72页 |
| ·纤维素酶基因的转录依赖于gcn5基因的功能 | 第72-74页 |
| ·gcn5基因的缺失并没有影响所有糖苷水解酶基因的诱导表达 | 第74-75页 |
| ·纤维素酶基因转录的丧失并不是由于生长缺陷造成的 | 第75-76页 |
| ·小结 | 第76-77页 |
| 第三章 瑞氏木霉野生型和gcn5缺失菌株的转录谱分析 | 第77-103页 |
| ·引言 | 第77页 |
| ·材料与方法 | 第77-80页 |
| ·菌种,培养基和培养条件 | 第77页 |
| ·瑞氏木霉总RNA的提取 | 第77页 |
| ·总RNA中基因组DNA的去除 | 第77-78页 |
| ·紫外检测RNA产率和纯度 | 第78页 |
| ·测序准备工作 | 第78-79页 |
| ·基因表达水平研究 | 第79-80页 |
| ·实验仪器 | 第80-81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-101页 |
| ·待测RNA样品的浓度和纯度检测结果 | 第81页 |
| ·测序质量评估,测序随机性分析,饱和度分析,覆盖度统计 | 第81-82页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第82-84页 |
| ·差异基因的表达模式聚类分析 | 第84-85页 |
| ·差异表达基因数目的统计 | 第85-87页 |
| ·纤维素降解相关蛋白的表达差异 | 第87-91页 |
| ·RNA样品信息GO分析 | 第91-95页 |
| ·Function ontology分析 | 第91-92页 |
| ·Process ontology分析 | 第92-95页 |
| ·RNA样品信息pathway分析 | 第95-99页 |
| ·其他组蛋白乙酰化酶的表达量分析 | 第99-100页 |
| ·gcn5缺失对其他代谢途径的影响 | 第100-101页 |
| ·小结 | 第101-103页 |
| 第四章 瑞氏木霉染色质免疫共沉淀技术的建立及在纤维素酶基因转录研究中的应用 | 第103-119页 |
| ·引言 | 第103-104页 |
| ·材料与方法 | 第104-105页 |
| ·菌种和质粒 | 第104页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第104页 |
| ·本章实验所用的引物序列 | 第104-105页 |
| ·培养基和培养方法 | 第105页 |
| ·菌种的保存 | 第105页 |
| ·实验方法 | 第105-110页 |
| ·结果与讨论 | 第110-118页 |
| ·瑞氏木霉中染色体免疫共沉淀实验条件的考察与优化 | 第110-116页 |
| ·菌丝体破碎条件的确定 | 第110-111页 |
| ·交联时间和染色体DNA超声断裂时间的确定 | 第111-113页 |
| ·裂解液组分的确定 | 第113-114页 |
| ·用于免疫共沉淀实验的抗体的选择 | 第114-115页 |
| ·优化后的染色质免疫共沉淀实验方案 | 第115-116页 |
| ·ChIP实验技术在T.reesei中的应用 | 第116-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 第五章 瑞氏木霉纤维素酶基因启动子区核小体组蛋白乙酰化修饰及与其对基因诱导转录的影响 | 第119-147页 |
| ·引言 | 第119页 |
| ·材料与方法 | 第119-125页 |
| ·菌种和质粒 | 第119-120页 |
| ·引物 | 第120-121页 |
| ·培养基和培养条件 | 第121页 |
| ·实验试剂、仪器和耗材 | 第121页 |
| ·实验方法 | 第121页 |
| ·瑞氏木每的氣基酸定点突变菌株的构建方法 | 第121-125页 |
| ·结果与讨论 | 第125-145页 |
| ·瑞氏木霉在诱导条件下cbh1核心启动子区组蛋白H3K9乙酰化的动态修饰变化 | 第125页 |
| ·gcn5缺失影响cbh1基因核心启动子区的核小体组蛋白乙酰化水平 | 第125-126页 |
| ·纤维素诱导条件下cbh1核心启动子区组蛋白H3的第9位和第14位赖氨酸乙酰化修饰动态变化 | 第126-129页 |
| ·gcn5缺失菌中核心启动子区组蛋白乙酰化水平的降低并不是胞内乙酰化组蛋白总量降低导致的 | 第129-131页 |
| ·含有组蛋白H3乙酰化位点突变的T.reesei突变菌株的构建 | 第131-132页 |
| ·组蛋白H3乙酰化位点突变的菌株的表型产生不同影响 | 第132-134页 |
| ·组蛋白H3乙酰化位点突变的菌株的纤维素酶基因转录和纤维素酶合成能力分析 | 第134-136页 |
| ·组蛋白H3乙酰化位点的突变以及gcn5基因缺失影响了xyr1的转录 | 第136-138页 |
| ·Xyr1、组蛋白乙酰化水平和cbh1基因转录三者之间的关系 | 第138-140页 |
| ·其它纤维素酶基因启动子上组蛋白乙酰化水平的变化分析 | 第140-143页 |
| ·xyr1启动子上的乙酰化水平分析 | 第143-145页 |
| ·本章小结 | 第145-147页 |
| 第六章 瑞氏木霉纤维素酶基因相关转录因子在cbh1启动子上的结合位点分析 | 第147-178页 |
| ·引言 | 第147-148页 |
| ·材料与方法 | 第148-163页 |
| ·菌种和质粒 | 第148页 |
| ·引物 | 第148-150页 |
| ·培养基和培养方法 | 第150页 |
| ·菌种的保存 | 第150页 |
| ·实验方法 | 第150-163页 |
| ·结果与讨论 | 第163-177页 |
| ·酵母单杂交体系的构建 | 第163-166页 |
| ·xyr1,ace1,ace2基因的获得 | 第166页 |
| ·Xyr1 DBD与Gal4 DBD结构域的比对 | 第166-167页 |
| ·Xyr1以及Xyr1 DBD表达载体的构建 | 第167-168页 |
| ·Xyr1与cbh1启动子作用的酵母单杂交系统分析 | 第168-169页 |
| ·Xyr1 DBD的结合活性研究 | 第169-171页 |
| ·Xyr1转录激活结构域的酵母单杂交分析 | 第171-173页 |
| ·转录因子Xyr1,Ace1,Ace2及其DBD区的异源表达及纯化 | 第173-175页 |
| ·Xyr1抗体制备及分析 | 第175-177页 |
| ·本章小结 | 第177-178页 |
| 全文总结 | 第178-180页 |
| 参考文献 | 第180-190页 |
| 外文写作一 | 第190-209页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第209-210页 |
| 致谢 | 第210-211页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第211页 |
