关于K串组成的一个试探性的进化模型以及序列的唯一重建问题
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-10页 |
| 1. 引言 | 第10-14页 |
| 2. 背景 | 第14-28页 |
| ·从生物分类到系统发生基因组学 | 第14-16页 |
| ·系统发生树的构建 | 第16-19页 |
| ·组分矢量方法 | 第19-23页 |
| ·K串组成与欧拉图 | 第23-24页 |
| ·形式语言简介 | 第24-28页 |
| ·基本概念 | 第24-26页 |
| ·因子化语言和最小禁止字 | 第26-28页 |
| 3. 组分矢量方法的原理 | 第28-38页 |
| ·进化模型 | 第28-30页 |
| ·基于组分矢量的距离估计 | 第30-34页 |
| ·参数的选取 | 第34-38页 |
| ·K的下限 | 第34-36页 |
| ·K的上限 | 第36-38页 |
| 4. 基于短串有无的矩离估计 | 第38-48页 |
| ·一个玩具模型上的最大似然估计 | 第38-42页 |
| ·基于缺失K串种数的距离估计 | 第42页 |
| ·基于公共K串种数的距离估计 | 第42-45页 |
| ·基于带空位K串的距离估计 | 第45-48页 |
| 5. 示例 | 第48-56页 |
| ·系统发生树之间的距离 | 第49-51页 |
| ·系统发生树与分类的比较 | 第51-56页 |
| 6. 讨论 | 第56-60页 |
| ·进化模型的适用性 | 第56-57页 |
| ·进化动力学 | 第57页 |
| ·归一化的方式 | 第57-60页 |
| 7. 唯一重建问题 | 第60-74页 |
| ·约定和记号 | 第60页 |
| ·补语言的刻画 | 第60-63页 |
| ·最小禁止字 | 第63-64页 |
| ·接受可唯一重建语言的有限自动机 | 第64-69页 |
| ·进一步的图论问题 | 第69-70页 |
| ·实现与应用 | 第70-74页 |
| A. 系统发生树一览 | 第74-86页 |
| B. 数据集 | 第86-94页 |
| 文献 | 第94-108页 |
| 后记 | 第108-111页 |
