| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-21页 |
| ·引言 | 第10-12页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第12-13页 |
| ·分子动力学模拟在生物领域中的应用 | 第13-19页 |
| ·在生物分子结构和功能研究上的应用 | 第15-16页 |
| ·在核酸模拟上的应用 | 第16页 |
| ·在膜和离子通道模拟上的应用 | 第16-18页 |
| ·在药物设计和蛋白对接上的应用 | 第18-19页 |
| ·论文概要 | 第19-21页 |
| 第二章 蛋白模拟理论及方法 | 第21-49页 |
| ·同源建模 | 第21-23页 |
| ·分子对接 | 第23-31页 |
| ·分子对接概述 | 第24-25页 |
| ·受体与配体结合的热力学模型 | 第25-26页 |
| ·构象搜索方法 | 第26-28页 |
| ·评分函数 | 第28-31页 |
| ·分子动力学模拟 | 第31-40页 |
| ·分子动力学基本原理 | 第31-32页 |
| ·分子力场及其参数化 | 第32-35页 |
| ·积分方法 | 第35-37页 |
| ·各系综的分子动力学计算方法 | 第37-40页 |
| ·结合自由能计算 | 第40-47页 |
| ·自由能微扰和热力学积分方法 | 第40-42页 |
| ·基于主方程的计算方法 | 第42-45页 |
| ·基于经验方程的自由能预测 | 第45-46页 |
| ·LIE方法 | 第46-47页 |
| ·正态模式分析方法 | 第47-49页 |
| 第三章 耐热脂肪酶的分子动力学模拟 | 第49-79页 |
| ·研究背景 | 第49-53页 |
| ·脂肪酶简介 | 第49-51页 |
| ·分子动力学模拟脂肪酶的研究进展 | 第51页 |
| ·T1脂肪酶 | 第51-52页 |
| ·L1脂肪酶 | 第52-53页 |
| ·研究方法与步骤 | 第53-54页 |
| ·分子动力学模拟 | 第53页 |
| ·正态模式分析 | 第53-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-77页 |
| ·T1脂肪酶分子动力学模拟轨迹分析 | 第54-57页 |
| ·T1脂肪酶的双盖子结构变化 | 第57-60页 |
| ·T1脂肪酶活性中心附近水分子分布 | 第60-67页 |
| ·T1脂肪酶的催化机理 | 第67-68页 |
| ·正则模分析T1脂肪酶 | 第68-69页 |
| ·T1脂肪酶与底物的相互作用 | 第69-73页 |
| ·L1脂肪酶的分子动力学模拟 | 第73-77页 |
| ·本章小结 | 第77-79页 |
| 第四章 分子动力学模拟研究成纤维细胞生长因子9（FGF9）与其受体间相互作用 | 第79-98页 |
| ·研究背景 | 第79-82页 |
| ·FGF9的生物学特征 | 第79-80页 |
| ·FGF9受体FGFR3的生物学特征 | 第80页 |
| ·FGF9及其受体对骨骼发育及疾病的作用 | 第80-82页 |
| ·FGF9基因突变可导致骨性连接综合症 | 第82页 |
| ·实验方法与步骤 | 第82-85页 |
| ·各体系的准备 | 第82-83页 |
| ·小分子与蛋白的分子对接 | 第83页 |
| ·蛋白与蛋白的分子对接 | 第83-84页 |
| ·分子动力学模拟及自由能计算 | 第84-85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-97页 |
| ·FGF9野生或突变单体形成二聚体的难易 | 第85页 |
| ·FGF9野生或突变单体或二聚体与肝素分子对接结果 | 第85-86页 |
| ·FGF9野生或突变单体或二聚体与受体蛋白对接结果 | 第86-87页 |
| ·各体系的分子动力学模拟与结合自由能计算结果 | 第87-95页 |
| ·FGF9突变体的致病机理 | 第95-97页 |
| ·本章小结 | 第97-98页 |
| 全文总结 | 第98-100页 |
| 主要结论 | 第98-99页 |
| 研究展望 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-117页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
