| 致谢 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 1 引言 | 第11-20页 |
| ·研究背景 | 第11-13页 |
| ·生物信息学 | 第11-12页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第12-13页 |
| ·转录因子结合位点(TFBS)预测问题研究现状 | 第13-18页 |
| ·转录因子结合位点预测问题的生物学基础 | 第13-16页 |
| ·转录因子结合位点预测问题的形式化描述 | 第16-17页 |
| ·转录因子结合位点预测研究现状 | 第17-18页 |
| ·本文的主要研究内容和贡献 | 第18页 |
| ·本文的主要研究内容 | 第18页 |
| ·本文的主要贡献 | 第18页 |
| ·论文组织结构 | 第18-20页 |
| 2 转录因子结合位点预测相关算法及理论知识 | 第20-35页 |
| ·概述 | 第20-21页 |
| ·转录因子结合位点的建模方式 | 第21-23页 |
| ·一致性序列表示法 | 第21-22页 |
| ·位置权重矩阵表示方法 | 第22-23页 |
| ·基于一致性序列表达的预测方法 | 第23-28页 |
| ·样本驱动类算法 | 第24-25页 |
| ·模式驱动类算法 | 第25-28页 |
| ·基于位置权重矩阵的预测方法 | 第28-31页 |
| ·单词查找树 | 第31页 |
| ·后缀树数据结构 | 第31-33页 |
| ·本章小结 | 第33-35页 |
| 3 SUTMAPSTA算法与WSUTMAPSTA算法 | 第35-56页 |
| ·数据结构 | 第35-39页 |
| ·节点的不匹配数属性 | 第35-36页 |
| ·模式的匹配路径 | 第36-37页 |
| ·模式的匹配路径集合 | 第37-38页 |
| ·SUTMAPST数据结构 | 第38-39页 |
| ·SUTMAPSTA算法 | 第39-52页 |
| ·后缀树中匹配一个模式的算法 | 第39-40页 |
| ·基于MPSet和后缀树的d-Motif发现算法 | 第40-42页 |
| ·匹配节点链表 | 第42-44页 |
| ·匹配路径集合栈和后缀树 | 第44页 |
| ·SUTMAPSTA算法 | 第44-47页 |
| ·打分机制 | 第47-48页 |
| ·复杂度分析 | 第48-50页 |
| ·算法举例 | 第50-52页 |
| ·WSUTMAPSTA算法 | 第52-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 4 算法的优化实现与SUTMAPSTA网络工具的设计实现 | 第56-65页 |
| ·算法实现 | 第56-59页 |
| ·树结构 | 第56-57页 |
| ·内存池 | 第57页 |
| ·候选motif堆 | 第57-58页 |
| ·程序运行计时 | 第58-59页 |
| ·SUTMAPSTA网络工具 | 第59-63页 |
| ·网络工具总体设计 | 第59-60页 |
| ·用户输入接口 | 第60-61页 |
| ·程序运行 | 第61-62页 |
| ·程序输出 | 第62-63页 |
| ·本章小结 | 第63-65页 |
| 5 实验结果及分析 | 第65-69页 |
| ·人工数据实验 | 第65-67页 |
| ·实验设计 | 第65页 |
| ·实验结果 | 第65-67页 |
| ·实验结果分析 | 第67页 |
| ·真实生物数据实验 | 第67-68页 |
| ·实验设计 | 第67-68页 |
| ·实验结果 | 第68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 6 结论及展望 | 第69-71页 |
| ·结论 | 第69-70页 |
| ·展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 学位论文数据集 | 第75页 |