| 摘要 | 第1-18页 |
| ABSTRACT | 第18-20页 |
| 第一章 绪论 | 第20-30页 |
| §1.1 RNA世界与RNA组学 | 第20-21页 |
| ·RNA世界 | 第20-21页 |
| ·RNA组学 | 第21页 |
| §1.2 RNA二级结构拓扑特征化关键技术及其应用 | 第21-24页 |
| ·RNA二级结构的拓扑特征化 | 第22页 |
| ·RNA有害突变预测 | 第22-23页 |
| ·RNA结构稳健性分析 | 第23页 |
| ·RNA分子设计 | 第23页 |
| ·RNA分子进化动力学模拟及其理论建模 | 第23-24页 |
| §1.3 论文的研究内容、组织结构与主要创新点 | 第24-30页 |
| ·论文研究的主要内容 | 第24页 |
| ·论文的组织结构 | 第24-27页 |
| ·论文的主要工作与创新点 | 第27-30页 |
| 第二章 RNA二级结构拓扑特征化方法 | 第30-54页 |
| §2.1 引言 | 第30-31页 |
| §2.2 RNA二级结构及其预测算法 | 第31-37页 |
| ·RNA二级结构的定义 | 第32-34页 |
| ·RNA二级结构的预测算法 | 第34-37页 |
| §2.3 RNA二级结构的拓扑模型 | 第37-42页 |
| ·RNA二级结构的等价图表示方法 | 第37-39页 |
| ·RNA二级结构拓扑模型 | 第39-42页 |
| §2.4 RNA二级结构拓扑特征化方法 | 第42-44页 |
| ·基于元件连接图的RNA分子拓扑指数 | 第42-43页 |
| ·RNA二级结构的距离度量 | 第43-44页 |
| §2.5 RNA二级结构拓扑指数的适用性分析 | 第44-51页 |
| ·测试数据集的构建 | 第44-45页 |
| ·基于元件连接图的拓扑指数的统计分布 | 第45-48页 |
| ·基于元件连接图的拓扑指数的相关性分析 | 第48-51页 |
| §2.6 小结 | 第51-54页 |
| 第三章 RNA二级结构的弱自相似性分析及其应用 | 第54-80页 |
| §3.1 引言 | 第54页 |
| §3.2 基于分形维数的RNA二级结构量化方法 | 第54-65页 |
| ·分形维数的定义 | 第55-58页 |
| ·测试数据集的构建及RNA二级结构的分形维数的估计 | 第58-60页 |
| ·RNA二级结构的分形维数的适用性分析 | 第60-65页 |
| §3.3 RNA二级结构的弱自相似性分析 | 第65-74页 |
| ·自相似函数 | 第66-67页 |
| ·弱自相似函数 | 第67-69页 |
| ·基于弱自相似性函数的RNA二级结构表示 | 第69-72页 |
| ·基于弱自相似性函数的信号分割算法 | 第72-74页 |
| ·多重分形谱估计 | 第74页 |
| §3.4 RNA分子的功能域识别 | 第74-79页 |
| ·tmRNA的功能域识别 | 第75-76页 |
| ·核糖体功能域的识别 | 第76-79页 |
| ·讨论 | 第79页 |
| §3.5 小结 | 第79-80页 |
| 第四章 RNA构象空间的可视化及其应用 | 第80-108页 |
| §4.1 引言 | 第80页 |
| §4.2 流形学习与高维空间的维数约简 | 第80-89页 |
| ·线性降维 | 第81-82页 |
| ·流形学习 | 第82-87页 |
| ·几种流形学习方法的比较 | 第87-89页 |
| §4.3 随机RNA序列的生成 | 第89-91页 |
| ·RBSG中的随机化方法 | 第90页 |
| ·RBSG的实现 | 第90-91页 |
| §4.4 RNA可视化构象空间的应用 | 第91-107页 |
| ·微小RNA | 第92页 |
| ·可视化构象空间中的miRNA的识别 | 第92-102页 |
| ·可视化构象空间中的miRNA的聚类 | 第102-104页 |
| ·可视化构象空间中的非编码RNA聚类 | 第104-106页 |
| ·讨论 | 第106-107页 |
| §4.5 小结 | 第107-108页 |
| 第五章 RNA有害突变预测及其应用 | 第108-134页 |
| §5.1 引言 | 第108页 |
| §5.2 基于结构差异的RNA有害突变预测 | 第108-118页 |
| ·基于结构差异的RNA有害突变预测 | 第108-110页 |
| ·基于RNA单链区似然谱的RNA有害突变预测 | 第110-113页 |
| ·基于结构差异的rRNA的有害突变预测结果 | 第113-118页 |
| §5.3 基于结构差异和多序列比对的RNA有害突变预测 | 第118-122页 |
| ·多序列比对 | 第118-119页 |
| ·基于结构差异和多序列比对的RNA有害突变预测 | 第119-120页 |
| ·基于结构差异与多序列比对的rRNA有害突变预测结果 | 第120-122页 |
| §5.4 RNA有害突变预测在流感病毒减毒活疫苗设计中的应用 | 第122-129页 |
| ·流感病毒及其疫苗 | 第123-125页 |
| ·基于RNA有害突变预测方法的流感病毒减活疫苗设计 | 第125-129页 |
| §5.5 RNA有害突变预测的Web计算 | 第129-132页 |
| ·RDMAS的输入 | 第129-130页 |
| ·RDMAS的输出 | 第130-132页 |
| ·RDMAS的计算性能 | 第132页 |
| §5.6 小结 | 第132-134页 |
| 第六章 RNA结构稳健性的定量评估及其进化机制研究 | 第134-170页 |
| §6.1 引言 | 第134页 |
| §6.2 环境稳健性和遗传稳健性 | 第134-137页 |
| ·环境稳健性和遗传稳健性 | 第135页 |
| ·遗传稳健性的起源及其进化机制 | 第135-137页 |
| ·实验检测稳健性的方法 | 第137页 |
| §6.3 miRNA结构元件遗传稳健性的定量评估 | 第137-145页 |
| ·数据集 | 第138-139页 |
| ·miRNA结构元件遗传稳健性的定量评估 | 第139-145页 |
| ·讨论 | 第145页 |
| §6.4 miRNA遗传稳健性的定量评估 | 第145-162页 |
| ·数据集 | 第146页 |
| ·miRNA遗传稳健性的定量评估 | 第146-161页 |
| ·讨论 | 第161-162页 |
| §6.5 RNA结构稳健性分析的Web计算 | 第162-168页 |
| ·RSRE的输入 | 第162-165页 |
| ·RSRE的输出 | 第165页 |
| ·RSRE的性能 | 第165-168页 |
| §6.6 小结 | 第168-170页 |
| 第七章 多稳态RNA分子设计 | 第170-196页 |
| §7.1 引言 | 第170-171页 |
| §7.2 多稳态RNA分子的可设计性 | 第171-176页 |
| ·RNA结构和相容序列 | 第171-172页 |
| ·相容序列的存在性 | 第172-174页 |
| ·交集的势 | 第174-176页 |
| §7.3 多稳态RNA分子设计算法 | 第176-185页 |
| ·依赖图的二分性检验 | 第176-177页 |
| ·依赖图的分解 | 第177-180页 |
| ·相容序列的计数及其均匀采样 | 第180-183页 |
| ·多稳态RNA分子设计的代价函数 | 第183-185页 |
| §7.4 计算结果及其讨论 | 第185-194页 |
| ·双稳态RNA分子设计 | 第185-190页 |
| ·多稳态RNA分子设计 | 第190-193页 |
| ·讨论 | 第193-194页 |
| §7.5 小结 | 第194-196页 |
| 第八章 RNA分子进化动力学模拟与理论建模 | 第196-218页 |
| §8.1 引言 | 第196页 |
| §8.2 RNA景观图及其性质 | 第196-204页 |
| ·RNA景观图 | 第197-198页 |
| ·景观图的相关长度 | 第198-199页 |
| ·miRNA景观图的分析 | 第199-204页 |
| §8.3 RNA景观图的理论建模 | 第204-214页 |
| ·高斯混合概率密度函数 | 第205页 |
| ·混合模型的参数估计 | 第205-209页 |
| ·miRNA景观图的理论建模分析 | 第209-214页 |
| §8.4 RNA分子进化的Web计算 | 第214-216页 |
| ·RLsS的输入 | 第214-216页 |
| ·RLsS的输出 | 第216页 |
| §8.5 小结 | 第216-218页 |
| 第九章 结束语 | 第218-222页 |
| §9.1 总结 | 第218-220页 |
| §9.2 研究课题的展望 | 第220-222页 |
| 致谢 | 第222-224页 |
| 参考文献 | 第224-244页 |
| 作者在攻读博士期间取得的学术成果 | 第244-245页 |
| 作者在攻读博士期间撰写的主要论文 | 第244-245页 |
| 作者在攻读博士期间获得的软件著作权 | 第245页 |
| 作者在攻读博士期间参与的主要科研工作 | 第245页 |
