| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 文献综述 | 第13-39页 |
| 1 植物杂种优势及其利用现状 | 第13-15页 |
| ·杂种优势概念 | 第13页 |
| ·植物杂种优势利用历史与现状 | 第13-15页 |
| 2 植物杂种优势遗传机理研究进展 | 第15-27页 |
| ·杂种优势经典理论 | 第15-16页 |
| ·显性假说 | 第15页 |
| ·超显性假说 | 第15-16页 |
| ·植物杂种优势理论研究新发展 | 第16-27页 |
| ·上位性效应和杂种优势 | 第16-17页 |
| ·基因网络系统与杂种优势 | 第17页 |
| ·亲本间遗传差异与杂种优势预测 | 第17-18页 |
| ·杂种优势分子数量遗传学解析 | 第18-20页 |
| ·基因差异表达与杂种优势 | 第20-24页 |
| ·后成修饰与杂种优势 | 第24-27页 |
| ·DNA修饰 | 第24-25页 |
| ·组蛋白乙酰化/去乙酰化 | 第25-26页 |
| ·非编码RNA调控 | 第26-27页 |
| 3 植物杂种优势研究新方法 | 第27-38页 |
| ·mRNA差异展示技术 | 第28页 |
| ·cDNA-AFLP技术 | 第28-29页 |
| ·基因表达系列分析 | 第29-30页 |
| ·GENECALLING | 第30-31页 |
| ·生物芯片技术 | 第31-38页 |
| ·生物芯片在生命科学研究中的应用 | 第31-34页 |
| ·生物芯片应用前景 | 第34-35页 |
| ·生物信息学 | 第35-38页 |
| 4 本研究的目的意义和主要研究内容 | 第38-39页 |
| 材料与方法 | 第39-47页 |
| 1 水稻实验材料和样品采集 | 第39-41页 |
| ·实验材料及其特性 | 第39页 |
| ·实验材料种植 | 第39-40页 |
| ·农艺性状调查 | 第40页 |
| ·水稻幼穗分化进程观察 | 第40页 |
| ·样品采集 | 第40-41页 |
| ·总RNA、mRNA分离 | 第41页 |
| 2 芯片制作 | 第41-43页 |
| ·cDNA文库构建 | 第41页 |
| ·芯片文库组建 | 第41-42页 |
| ·芯片文库质粒分离 | 第42页 |
| ·芯片目标探针扩增 | 第42-43页 |
| ·CDNA芯片点制 | 第43页 |
| 3 cDNA芯片杂交 | 第43-47页 |
| ·探针制备 | 第43页 |
| ·芯片杂交 | 第43-44页 |
| ·芯片洗涤和扫描 | 第44-45页 |
| ·数据分析 | 第45-46页 |
| ·差异表达基因验证 | 第46-47页 |
| 结果分析 | 第47-122页 |
| 1 汕优63及其亲本苗期基因表达差异分析 | 第47-69页 |
| ·苗期性状表现 | 第47-49页 |
| ·苗期芯片杂交概况 | 第49-50页 |
| ·RNA质量检测和mRNA分离 | 第49页 |
| ·汕优63组合苗期芯片杂交总体情况 | 第49-50页 |
| ·芯片杂交可靠性检验 | 第50-51页 |
| ·基因表达多态性 | 第51-52页 |
| ·差异表达基因功能分类 | 第52-57页 |
| ·基因差异表达时空特点 | 第57-60页 |
| ·幼苗中差异表达基因 | 第57-58页 |
| ·根中差异表达基因 | 第58-59页 |
| ·根和幼苗中差异表达基因 | 第59-60页 |
| ·苗期基因表达中亲优势和优势表达基因功能分类 | 第60-63页 |
| ·苗期优势表达基因的表达模式和功能分类 | 第63-69页 |
| 2 两优培9及其亲本苗期基因表达差异分析 | 第69-94页 |
| ·苗期性状表现 | 第69-70页 |
| ·苗期芯片杂交概况 | 第70-72页 |
| ·RNA质量检测 | 第70-71页 |
| ·两优培9组合苗期芯片杂交总体情况 | 第71-72页 |
| ·芯片杂交可靠性检验 | 第72-74页 |
| ·基因表达多态性 | 第74-76页 |
| ·差异表达基因功能分类 | 第76-80页 |
| ·基因差异表达时空特点 | 第80-83页 |
| ·幼苗中差异表达基因 | 第80-81页 |
| ·根中差异表达基因 | 第81-82页 |
| ·根和幼苗中差异表达基因 | 第82-83页 |
| ·基因表达中亲优势和优势表达基因功能分类 | 第83-86页 |
| ·苗期优势表达基因的表达模式和功能分类 | 第86-88页 |
| ·两个杂交组合苗期基因表达差异比较 | 第88-94页 |
| 3 幼穗分化期基因表达差异分析 | 第94-122页 |
| ·汕优63组合穗部性状表现 | 第94-96页 |
| ·RNA质量检测 | 第96-97页 |
| ·幼穗分化期芯片杂交概况 | 第97-99页 |
| ·幼穗分化期基因表达模式 | 第99-101页 |
| ·幼穗分化期基因表达多态性 | 第101-102页 |
| ·基因型间差异表达基因功能分类 | 第102-107页 |
| ·幼穗分化期基因表达中亲优势和优势表达基因功能分类 | 第107-109页 |
| ·幼穗分化期优势表达基因的表达模式 | 第109-119页 |
| ·幼穗分化期差异表达基因与穗部性状QTL的对应关系 | 第119-121页 |
| ·汕优63组合苗期和幼穗分化期基因表达比较分析 | 第121-122页 |
| 讨论 | 第122-132页 |
| 1 基因芯片用于杂种优势研究的有效性 | 第122-123页 |
| 2 基因差异表达与杂种优势的潜在关系 | 第123-130页 |
| ·基因表达多态性 | 第123-124页 |
| ·基因表达多态性的时空性 | 第124-126页 |
| ·特异等位基因表达与杂种优势 | 第126页 |
| ·基因优势表达 | 第126-128页 |
| ·基因表达多态性与杂种优势预测 | 第128-129页 |
| ·多态性表达基因与QTLs的对应关系 | 第129-130页 |
| 3 基因芯片在杂种优势研究中的应用前景 | 第130-132页 |
| 杂种优势分子生物学机理进一步研究设想 | 第132-136页 |
| 1.从DNA水平研究杂种优势 | 第132页 |
| 2.基因表达多态性与杂种优势 | 第132-134页 |
| 3.蛋白质水平上研究杂种优势的遗传机理 | 第134页 |
| 4.植物激素与杂种优势 | 第134-135页 |
| 5.转录因子与杂种优势 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-150页 |
| 附件Ⅰ 实验操作指南 | 第150-163页 |
| AppendixⅠ Protocols | 第150-163页 |
| Protocol1 Total RNA extraction | 第150-151页 |
| Protocol2 Purification mRNA from total RNA | 第151-153页 |
| Protocol3 cDNAmicroarray probe preparation | 第153-156页 |
| Protocol4 cDNAmicroarray hybridization | 第156-159页 |
| Protocol5 Formaldehyde Gel Electrophoresis of RNA for Northern Blot | 第159-163页 |
| 附录Ⅱ 简历 | 第163-165页 |
| AppendixⅡ CurriculumVitae | 第163-165页 |
| 致谢 | 第165页 |
