蛋白质结构、运动与功能
| 前言 | 第1-31页 |
| 第一章 蛋白质拓扑结构 | 第31-56页 |
| 1 材料与方法 | 第33-42页 |
| 1．1 共价键与氢键梯的拓扑结构 | 第33-34页 |
| 1．2 拓扑结构的序列化 | 第34-36页 |
| 1．3 拓扑序列的比对与打分 | 第36-40页 |
| 1．4 几个例子 | 第40-42页 |
| 1．5 拓扑结构的聚类分析 | 第42页 |
| 1．6 计算机实现 | 第42页 |
| 2 结果 | 第42-51页 |
| 2．1 一种结构分类的方案 | 第42-47页 |
| 2．2 从拓扑到功能 | 第47页 |
| 2．3 从功能到拓扑 | 第47-51页 |
| 3 讨论 | 第51-55页 |
| 3．1 腺苷酸激酶 | 第51-54页 |
| 3．2 乙醛还原酶 | 第54页 |
| 3．3 蛋白质酪氨酸激酶 | 第54页 |
| 3．4 磷脂酶A2 | 第54页 |
| 3．5 核糖核酸酶H | 第54-55页 |
| 3．6 胰蛋白酶 | 第55页 |
| 4 结论 | 第55-56页 |
| 第二章 蛋白质侧链组装 | 第56-69页 |
| 1 材料与方法 | 第56-59页 |
| 1．1 参考原子的空间分布 | 第56-58页 |
| 1．2 系统聚类 | 第58-59页 |
| 1．3 侧链的组装 | 第59页 |
| 2 结果 | 第59-61页 |
| 2．1 二元组 | 第59-60页 |
| 2．2 三元组 | 第60页 |
| 2．3 四元组 | 第60-61页 |
| 2．4 五元组 | 第61页 |
| 3 讨论 | 第61-68页 |
| 3．1 蛋白质侧链组装的词典 | 第61页 |
| 3．2 侧链对的相互作用 | 第61-64页 |
| 3．2．1 P-e规则 | 第61-62页 |
| 3．2．2 P-e图 | 第62-64页 |
| 3．3 X-His-Y催化三元组 | 第64-68页 |
| 3．3．1 基于His的催化三元组词典 | 第65页 |
| 3．3．2 P-e方程 | 第65-66页 |
| 3．3．3 P-e图 | 第66-68页 |
| 4 结论 | 第68-69页 |
| 第三章 蛋白质二级结构摆动 | 第69-81页 |
| 1 材料与方法 | 第70-71页 |
| 1．1 同源蛋白质的收集 | 第70-71页 |
| 1．2 二级结构的比对 | 第71页 |
| 2 结果 | 第71-78页 |
| 2．1 摆动部位 | 第73-74页 |
| 2．2 模糊部位 | 第74-75页 |
| 2．3 二级结构的易变性 | 第75-77页 |
| 2．4 氨基酸残基的易变性 | 第77-78页 |
| 3 讨论 | 第78-80页 |
| 3．1 测量误差，还是结构摆动？ | 第78页 |
| 3．2 为什么二级结构预测的准确率难逾75．%？ | 第78-80页 |
| 3．3 二级结构摆动具有功能上的意义吗？ | 第80页 |
| 4 结论 | 第80-81页 |
| 第四章 蛋白质构象涨落 | 第81-101页 |
| 1 材料与方法 | 第83-87页 |
| 1．1 羰基碳作为参考原子 | 第83页 |
| 1．2 将多条同源蛋白质的参考原子链进行空间叠合 | 第83-84页 |
| 1．3 参考原子的分布 | 第84-85页 |
| 1．4 相对振幅 | 第85页 |
| 1．5 相对回转半径 | 第85-86页 |
| 1．6 活性部位 | 第86-87页 |
| 2 结果 | 第87-90页 |
| 2．1 A-曲线 | 第87页 |
| 2．2 A-曲线的小波分析 | 第87-88页 |
| 2．3 A-R图 | 第88-90页 |
| 2．4 活性部位的A-R图 | 第90页 |
| 3 讨论 | 第90-100页 |
| 3．1 以静态的晶体结构来反映动态的“溶液结构” | 第90-97页 |
| 3．2 α-螺旋的摇摆 | 第97-98页 |
| 3．3 配体的特征域 | 第98-99页 |
| 3．4 催化基团的预测 | 第99页 |
| 3．5 柔性对接 | 第99-100页 |
| 4 结论 | 第100-101页 |
| 第五章 酶蛋白运动模拟 | 第101-126页 |
| 1 实验部分 | 第105-111页 |
| 1．1 主要试剂 | 第105-107页 |
| 1．2 表征仪器 | 第107页 |
| 1．3 实验步骤 | 第107-111页 |
| 1．3．1 咪唑系催化剂 | 第107-109页 |
| 1．3．2 烷氨基吡啶系催化剂 | 第109-111页 |
| 1．3．2．1 聚合物支载烷氨基吡啶类催化剂 | 第109-110页 |
| 1．3．2．2 烷氨基吡啶高分子催化剂 | 第110-111页 |
| 1．3．3 催化剂活性检测 | 第111页 |
| 2 结果与讨论 | 第111-124页 |
| 2．1 咪唑系高分子催化剂 | 第111-113页 |
| 2．2 聚丙烯酰胺支载组氨酸基团催化剂 | 第113-114页 |
| 2．3 聚（AmHis-co-AMPS）催化剂 | 第114页 |
| 2．4 分子印迹聚AmHis催化剂 | 第114-115页 |
| 2．5 大孔离子交换树脂支载烷氨基吡啶催化剂 | 第115-116页 |
| 2．6 烷氨基吡啶高分子催化剂 | 第116-117页 |
| 2．7 电驱动催化装置 | 第117-118页 |
| 2．8 基于频率的催化 | 第118-121页 |
| 2．9 强迫振动催化假设 | 第121-123页 |
| 2．9．1 孔道蠕动强制扩散 | 第121-122页 |
| 2．9．2 共振效应 | 第122-123页 |
| 2．10 一个假说：酶蛋白的强迫振动催化机理 | 第123-124页 |
| 3 结论 | 第124-126页 |
| 总结论 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 索引（中文） | 第130-131页 |
| 索引（英文） | 第131-134页 |
| 攻读博士学位期间的主要论文、专利和项目 | 第134-136页 |
