| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-35页 |
| ·微生物浸矿 | 第12-24页 |
| ·微生物浸矿的历史沿革 | 第12-13页 |
| ·微生物浸矿机理 | 第13-14页 |
| ·微生物浸矿体系中微生物的多样性 | 第14-19页 |
| ·微生物浸矿的影响因素及难点 | 第19-23页 |
| ·微生物种群结构和功能分析的分子生物学手段及其优缺点 | 第23-24页 |
| ·基因芯片技术概述 | 第24-31页 |
| ·基因芯片概念及基本原理 | 第24-25页 |
| ·基因芯片的分类 | 第25-28页 |
| ·直接点样法芯片的技术组成及流程 | 第28-29页 |
| ·基因芯片在环境多样性研究中的应用 | 第29-31页 |
| ·本论文的目的、意义及技术方案 | 第31-35页 |
| ·本论文的研究目的和意义 | 第31-32页 |
| ·本论文的研究思路、内容及技术方案 | 第32-33页 |
| ·本论文课题资助情况 | 第33-35页 |
| 第二章 A.f ATCC 23270 58mer全基因组芯片的构建、评估 | 第35-61页 |
| ·实验材料 | 第36-38页 |
| ·主要仪器设备 | 第36-37页 |
| ·主要试剂 | 第37页 |
| ·主要溶液的配置 | 第37-38页 |
| ·实验方法 | 第38-44页 |
| ·Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270的培养及菌体的收集 | 第38页 |
| ·细菌基因组的提取及质量检测 | 第38-39页 |
| ·探针的设计与合成 | 第39-40页 |
| ·储备液和点样液的制备 | 第40页 |
| ·芯片的构建及质量检测 | 第40-41页 |
| ·基因组DNA荧光标记及标记产物的纯化 | 第41-42页 |
| ·芯片杂交及洗涤 | 第42页 |
| ·芯片扫描与数据分析 | 第42-43页 |
| ·PCR引物设计及扩增 | 第43-44页 |
| ·实验结果 | 第44-58页 |
| ·探针设计及合成 | 第44-53页 |
| ·芯片构建 | 第53-54页 |
| ·芯片评估 | 第54-58页 |
| ·讨论 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-61页 |
| 第三章 应用A.f ATCC 23270全基因组芯片鉴定和筛选高效浸矿微生物 | 第61-81页 |
| ·实验材料 | 第62-63页 |
| ·实验方法 | 第63-66页 |
| ·实验菌株的来源、培养及收集 | 第63-64页 |
| ·细菌基因组的提取及质量检测 | 第64页 |
| ·菌株总RNA的提取 | 第64页 |
| ·菌株总RNA的纯化 | 第64-65页 |
| ·浸矿实验(摇瓶) | 第65页 |
| ·基因组DNA荧光标记及标记产物的纯化 | 第65页 |
| ·RNA荧光标记及标记产物的纯化 | 第65-66页 |
| ·芯片杂交及洗涤 | 第66页 |
| ·芯片扫描与数据分析 | 第66页 |
| ·实验结果 | 第66-78页 |
| ·浸矿实验结果 | 第66-68页 |
| ·全基因组杂交结果—A.f菌判据 | 第68-70页 |
| ·全基因组杂交结果—高活性A.f菌判据 | 第70-77页 |
| ·判据验证 | 第77-78页 |
| ·讨论 | 第78-80页 |
| ·小结 | 第80-81页 |
| 第四章 研究浸矿体系微生物群落结构与功能的50mer寡核苷酸功能基因芯片的构建 | 第81-97页 |
| ·实验材料 | 第82页 |
| ·实验方法 | 第82页 |
| ·探针的设计与合成 | 第82页 |
| ·储备液和点样液的制备 | 第82页 |
| ·芯片的构建及质量检测 | 第82页 |
| ·实验结果 | 第82-94页 |
| ·探针设计与合成 | 第82-91页 |
| ·芯片构建 | 第91-93页 |
| ·两代功能基因芯片的技术参数比较 | 第93-94页 |
| ·讨论 | 第94-95页 |
| ·小结 | 第95-97页 |
| 第五章 应用功能基因芯片检测酸性矿坑水中微生物群落结构和功能 | 第97-119页 |
| ·实验材料 | 第98页 |
| ·实验方法 | 第98-102页 |
| ·样地描述和样品收集 | 第98-99页 |
| ·地球化学参数分析 | 第99-100页 |
| ·群落DNA的提取和纯化 | 第100页 |
| ·16S rRNA基因的扩增和克隆 | 第100-101页 |
| ·基因组DNA荧光标记及标记产物的纯化 | 第101页 |
| ·芯片杂交及洗涤 | 第101页 |
| ·芯片扫描与数据分析 | 第101页 |
| ·数据统计及分析 | 第101-102页 |
| ·实验结果 | 第102-116页 |
| ·样点的地球化学特征 | 第102-104页 |
| ·AMD微生物群落的地理分布 | 第104-106页 |
| ·AMD微生物群落多样性、结构和功能概述 | 第106-108页 |
| ·16S rRNA和功能基因的聚类分析 | 第108-109页 |
| ·系统发育多样性及系统发育微生物群落结构与地球化学特性的关系 | 第109-112页 |
| ·功能多样性及功能微生物群落结构与地球化学特性的关系 | 第112-116页 |
| ·讨论 | 第116-118页 |
| ·小结 | 第118-119页 |
| 第六章 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-136页 |
| 致谢 | 第136-138页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第138-140页 |
