| 致谢 | 第6-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 略缩语表 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-31页 |
| 1.1 玉米的驯化 | 第17-21页 |
| 1.1.1 玉米的分类和起源 | 第17-19页 |
| 1.1.2 玉米驯化中的受选基因 | 第19-21页 |
| 1.2 玉米种子的结构和蛋白组成 | 第21-22页 |
| 1.3 玉米醇溶蛋白基因的表达调控 | 第22-29页 |
| 1.3.1 转录因子对基因的调控及检测 | 第22-26页 |
| 1.3.2 转录因子对玉米醇溶蛋白基因的表达调控 | 第26-29页 |
| 1.4 本课题研究的目的、意义及主要内容 | 第29-31页 |
| 1.4.1 研究目的和意义 | 第29-30页 |
| 1.4.2 本研究的主要内容 | 第30-31页 |
| 第二章 玉米低和单拷贝醇溶蛋白基因的进化和遗传多态性 | 第31-59页 |
| 2.1 引言 | 第31-32页 |
| 2.2 材料和方法 | 第32-34页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第32-33页 |
| 2.2.2 基因克隆和测序 | 第33页 |
| 2.2.3 序列分析 | 第33页 |
| 2.2.4 遗传多态性分析和中性进化检验 | 第33页 |
| 2.2.5 系统发育分析 | 第33-34页 |
| 2.3 结果与分析 | 第34-53页 |
| 2.3.1 玉米自交系及其野生种z2基因中的插入缺失事件 | 第34-37页 |
| 2.3.2 z2基因的单倍型多样性 | 第37-39页 |
| 2.3.3 z2基因的核苷酸多态性和保守性 | 第39-42页 |
| 2.3.4 中性进化检验 | 第42-43页 |
| 2.3.5 系统发育和群体结构分析 | 第43-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-58页 |
| 2.4.1 z2基因在驯化中的选择效应 | 第53-55页 |
| 2.4.2 z2基因的驯化史和群体结构 | 第55-56页 |
| 2.4.3 z2基因的表达调控 | 第56-58页 |
| 2.5 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 玉米低和单拷贝醇溶蛋白基因的DNA甲基化研究 | 第59-69页 |
| 3.1 引言 | 第59-60页 |
| 3.2 材料和方法 | 第60-61页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第60页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第60-61页 |
| 3.3 结果与分析 | 第61-66页 |
| 3.3.1 玉米δ-醇溶蛋白基因的DNA甲基化 | 第61-65页 |
| 3.3.2 玉米γ-醇溶蛋白基因的DNA甲基化 | 第65页 |
| 3.3.3 玉米β-醇溶蛋白基因的DNA甲基化 | 第65-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-67页 |
| 3.5 小结 | 第67-69页 |
| 第四章 玉米Opaque2转录因子调控基因的全基因组分析 | 第69-119页 |
| 4.1 前言 | 第69-70页 |
| 4.2 材料与方法 | 第70-73页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第70-71页 |
| 4.2.2 O2转录因子结合基因的预测方法和流程 | 第71页 |
| 4.2.3 ChIP-Seq中O2转录因子结合基因的鉴定 | 第71页 |
| 4.2.4 GO和KEGG分析 | 第71-73页 |
| 4.2.5 组织表达分析 | 第73页 |
| 4.2.6 转录因子分析及靶基因预测 | 第73页 |
| 4.2.7 基因相互作用网络图的绘制 | 第73页 |
| 4.3 结果与分析 | 第73-109页 |
| 4.3.1 启动子中含特定模体序列基因的鉴定与分析 | 第73-77页 |
| 4.3.2 启动子中含特定模体序列基因的GO分析 | 第77-79页 |
| 4.3.3 利用ChIP-Seq对O2转录因子结合基因的鉴定 | 第79-82页 |
| 4.3.4 O2结合基因的GO分析 | 第82-88页 |
| 4.3.5 O2结合基因的KEGG通路分析 | 第88-91页 |
| 4.3.6 玉米野生型及其o2突变体中的差异表达基因 | 第91-95页 |
| 4.3.7 O2的调控基因 | 第95-101页 |
| 4.3.8 差异基因的组织表达分析 | 第101-104页 |
| 4.3.9 O2调控网络构建 | 第104-109页 |
| 4.4 讨论 | 第109-118页 |
| 4.4.1 O2不同区域结合基因的功能分类 | 第109-111页 |
| 4.4.2 O2的调控基因及其调控效应 | 第111页 |
| 4.4.3 o2突变后的胁迫响应 | 第111-115页 |
| 4.4.4 玉米发育相关基因 | 第115-118页 |
| 4.5 小结 | 第118-119页 |
| 第五章 玉米野生型、opaque2突变体以及优质蛋白玉米的蛋白质组学分析 | 第119-143页 |
| 5.1 引言 | 第119-120页 |
| 5.2 材料与方法 | 第120-123页 |
| 5.2.1 材料 | 第120页 |
| 5.2.2 玉米贮藏蛋白和总蛋白的提取 | 第120-121页 |
| 5.2.3 玉米总蛋白的酶解,除盐,质谱检测及差异表达蛋白的筛选 | 第121-122页 |
| 5.2.4 Western blot | 第122-123页 |
| 5.3 结果与分析 | 第123-138页 |
| 5.3.1 玉米野生型及其o2突变体种子贮藏蛋白的积累及修饰 | 第123-125页 |
| 5.3.2 玉米种子的蛋白质组学分析 | 第125-130页 |
| 5.3.3 权重基因共表达网络分析 | 第130-135页 |
| 5.3.4 转录组与蛋白组的联合分析 | 第135-138页 |
| 5.4 讨论 | 第138-141页 |
| 5.4.1 玉米种子贮藏蛋白的乙酰化和磷酸化修饰 | 第138-139页 |
| 5.4.2 O2的转录和转录后调控 | 第139-141页 |
| 5.5 小结 | 第141-143页 |
| 第六章 总结与展望 | 第143-145页 |
| 参考文献 | 第145-165页 |
| 附录 | 第165-166页 |
