基于RNA-seq的热应激条件下虹鳟肝脏和头肾转录组分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Summary | 第5-6页 |
| 缩略词中英文对照表 | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-31页 |
| 1 鱼类应对温度胁迫的研究进展 | 第12-17页 |
| 1.1 鱼类应激反应的研究 | 第12-13页 |
| 1.2 温度应激对鱼类的影响 | 第13-17页 |
| 1.2.1 温度对鱼类生理生化的影响 | 第14-15页 |
| 1.2.2 温度对鱼类生长的影响 | 第15-16页 |
| 1.2.3 温度对鱼类行为的影响 | 第16-17页 |
| 2 鱼类热休克蛋白研究进展 | 第17-24页 |
| 2.1 热休克蛋白简介 | 第17-18页 |
| 2.2 HSP90 | 第18-19页 |
| 2.3 HSP70 | 第19-22页 |
| 2.4 HSP60及s HSPs | 第22-24页 |
| 3 转录组及其在鱼类温度应激研究中的应用 | 第24-28页 |
| 3.1 RNA-seq | 第24-25页 |
| 3.2 温度胁迫下鱼类的转录组分析 | 第25-28页 |
| 4 虹鳟的生物学特征及研究现状 | 第28-29页 |
| 4.1 虹鳟的生物学特征 | 第28页 |
| 4.2 虹鳟热应激的研究现状 | 第28-29页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二章 热应激条件下虹鳟肝脏的转录组分析 | 第31-53页 |
| 1 材料与方法 | 第31-37页 |
| 1.1 实验设计及取样 | 第31-32页 |
| 1.2 RNA提取及转录组测序 | 第32-33页 |
| 1.3 转录组测序数据处理及生物信息学分析 | 第33-36页 |
| 1.3.1 转录组测序原始数据质量控制 | 第33-34页 |
| 1.3.2 参考序列比对分析 | 第34页 |
| 1.3.3 样本重复相关性检查 | 第34-35页 |
| 1.3.4 差异表达基因筛选和聚类分析 | 第35页 |
| 1.3.5 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第35-36页 |
| 1.4 RT-q PCR分析 | 第36-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-47页 |
| 2.1 总RNA提取与质量检测 | 第37-38页 |
| 2.2 转录组测序与生物信息学分析 | 第38-46页 |
| 2.2.1 原始测序数据质量控制 | 第38-39页 |
| 2.2.2 样本重复相关性检查 | 第39页 |
| 2.2.3 参考序列比对分析 | 第39-40页 |
| 2.2.4 差异表达基因筛选和聚类分析 | 第40-44页 |
| 2.2.5 差异表达基因GO分析 | 第44页 |
| 2.2.6 差异表达基因KEGG分析 | 第44-46页 |
| 2.3 RT-q PCR验证 | 第46-47页 |
| 3 讨论 | 第47-51页 |
| 3.1 热应激下肝脏基因表达调控分析 | 第47-49页 |
| 3.2 热应激下肝脏代谢响应分析 | 第49-50页 |
| 3.3 热应激下肝脏免疫响应分析 | 第50页 |
| 3.4 内质网上的蛋白质加工通路分析 | 第50-51页 |
| 4 小结 | 第51-53页 |
| 第三章 热应激条件下虹鳟头肾的转录组分析 | 第53-69页 |
| 1 材料与方法 | 第53-54页 |
| 1.1 实验设计及取样 | 第53页 |
| 1.2 RNA提取、转录组测序及生物信息学分析 | 第53页 |
| 1.3 RT-q PCR分析 | 第53-54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-64页 |
| 2.1 总RNA提取与质量检测 | 第54-55页 |
| 2.2 转录组测序及生物信息学分析 | 第55-62页 |
| 2.2.1 原始测序数据质量控制 | 第55-56页 |
| 2.2.2 样本重复相关性检查 | 第56页 |
| 2.2.3 参考序列比对分析 | 第56-57页 |
| 2.2.4 差异表达基因筛选和聚类分析 | 第57-61页 |
| 2.2.5 差异表达基因GO分析 | 第61页 |
| 2.2.6 差异表达基因KEGG分析 | 第61-62页 |
| 2.3 RT-q PCR验证 | 第62-64页 |
| 2.4 热应激下头肾与肝脏转录组的比较 | 第64页 |
| 3 讨论 | 第64-68页 |
| 3.1 热应激下头肾基因表达和差异基因功能分析 | 第64-65页 |
| 3.2 热应激下内质网上蛋白质加工的调控 | 第65-66页 |
| 3.3 热应激下头肾免疫相关通路分析 | 第66-67页 |
| 3.4 热应激下头肾转录后调控 | 第67-68页 |
| 3.5 热应激下头肾与肝脏转录组的比较分析 | 第68页 |
| 4 小结 | 第68-69页 |
| 结论 | 第69-71页 |
| 1 全文小结 | 第69页 |
| 2 创新点 | 第69页 |
| 3 需要进一步解决的问题 | 第69-71页 |
| 附表 | 第71-101页 |
| 参考文献 | 第101-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 作者简介 | 第116-117页 |
| 导师简介 | 第117-118页 |
