| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景和研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 病毒入侵宿主细胞机制的分析方法 | 第13-15页 |
| 1.3 基于K-tuple的序列非比对法研究进展 | 第15-16页 |
| 1.4 背景序列为马尔科夫链模型的确定 | 第16-17页 |
| 1.5 本章小结 | 第17-18页 |
| 第二章 基于K-tuple的序列非比对算法的研究 | 第18-25页 |
| 2.1 序列比较 | 第18-19页 |
| 2.2 序列比对 | 第19页 |
| 2.2.1 双序列比对法 | 第19页 |
| 2.2.2 多序列比对法 | 第19页 |
| 2.3 基于K-tuple的序列非比对法的介绍 | 第19-22页 |
| 2.4 本论文的研究方案及软件包工具介绍 | 第22-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-25页 |
| 第三章 基于K-tuple非比对法的病毒入侵宿主细胞机制的研究 | 第25-36页 |
| 3.1 噬菌体 | 第25-26页 |
| 3.2 噬菌体入侵宿主细胞的机制 | 第26-27页 |
| 3.3 实验数据 | 第27-29页 |
| 3.4 实验数据的统计显著性 | 第29-30页 |
| 3.5 序列非比对受不同参数的影响 | 第30-35页 |
| 3.5.1 5种算法对于全局和局部比对的影响 | 第30-32页 |
| 3.5.2 5种算法受不同K-tuple值的影响 | 第32-34页 |
| 3.5.3 d2S和d2star算法受马尔科夫阶次的影响 | 第34-35页 |
| 3.6 本章总结 | 第35-36页 |
| 第四章 用序列非比对法d2S和d2star结合邻接法NJ对病毒进行聚类研究 | 第36-45页 |
| 4.1 系统树简介 | 第36-37页 |
| 4.2 系统树的表示方法 | 第37-38页 |
| 4.3 系统树的类型 | 第38页 |
| 4.4 本文案例 | 第38-43页 |
| 4.5 本章小结 | 第43-45页 |
| 第五章 用序列非比对法d2S和d2star对病毒感染宿主细胞可能性的评估 | 第45-49页 |
| 5.1 病毒和宿主细胞基因相似性理论 | 第45页 |
| 5.2 病毒和宿主细胞的序列非比对比较 | 第45-46页 |
| 5.3 最佳阈值的确定 | 第46-47页 |
| 5.4 最佳阈值应用实例 | 第47-48页 |
| 5.5 本章小结 | 第48-49页 |
| 第六章 总结与展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-54页 |
| 附录 1 | 第54-55页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 附件 | 第57页 |
