| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 分子间弱相互作用 | 第12-13页 |
| 1.2 卤键和σ-hole模型 | 第13-14页 |
| 1.3 卤键相互作用理论研究进展 | 第14-15页 |
| 1.4 生命体系中的卤键 | 第15-17页 |
| 1.5 本论文的研究内容及意义 | 第17-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第22-55页 |
| 2.1 量子化学 | 第22-37页 |
| 2.1.1 从头计算方法 | 第22-23页 |
| 2.1.2 常用的从头计算方法 | 第23-25页 |
| 2.1.3 电子相关能和M(?)ller-Plesset微扰理论 | 第25-27页 |
| 2.1.4 密度泛函理论 | 第27-29页 |
| 2.1.5 能量分解方法综述 | 第29-34页 |
| 2.1.5.1 Kitaura-Morokuma能量分解方法 | 第30页 |
| 2.1.5.2 自然轨道能量分解方法 | 第30页 |
| 2.1.5.3 对称性匹配微扰理论 | 第30-34页 |
| 2.1.6 基组重叠误差 | 第34-35页 |
| 2.1.7 自然键轨道理论及NBO分析 | 第35-36页 |
| 2.1.8 分子表面静电势 | 第36-37页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第37-47页 |
| 2.2.1 分子动力学与分子力场 | 第38-41页 |
| 2.2.2 GAFF力场 | 第41-43页 |
| 2.2.3 卤键力场综述 | 第43-45页 |
| 2.2.4 额外点电荷模型的介绍及在Gromacs软件中的实现 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-55页 |
| 第三章 卤键势能面的理论研究 | 第55-73页 |
| 3.1 研究背景 | 第55-56页 |
| 3.2 计算方法 | 第56-58页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第58-65页 |
| 3.3.1 卤键和氢键模型的势能面比较 | 第58-59页 |
| 3.3.2 势能面的角度项拟合 | 第59-61页 |
| 3.3.3 随着键长伸长势能面趋于平坦 | 第61-63页 |
| 3.3.4 卤键势函数形式的分析 | 第63-65页 |
| 3.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 第四章 卤键形成过程中极化作用的理论研究 | 第73-93页 |
| 4.1 研究背景 | 第73-74页 |
| 4.2 研究方法 | 第74-77页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第77-85页 |
| 4.3.1 极化诱导的卤键成键过程 | 第77-81页 |
| 4.3.2 分析从氢键体系到卤键体系中极化作用的贡献 | 第81-83页 |
| 4.3.3 极化作用和电荷转移作用的协同作用 | 第83-85页 |
| 4.4 本章小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-93页 |
| 第五章 卤键在p53变体Y220C修复机制中的作用研究 | 第93-103页 |
| 5.1 研究背景 | 第93-95页 |
| 5.2 计算方法 | 第95-96页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第96-99页 |
| 5.3.1 蛋白质晶体结构分析 | 第96-97页 |
| 5.3.2 传统力场对卤键的分子动力学模拟 | 第97页 |
| 5.3.3 引入额外点电荷进行分子动力学模拟 | 第97-99页 |
| 5.4 本章小结 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-103页 |
| 展望 | 第103-104页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第106页 |
