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植物基因表达数据库的构建及共表达分析研究

提要第4-6页
摘要第6-9页
Abstract第9-11页
第1章 绪论第16-34页
    1.1 本文的目的和意义第16页
    1.2 植物 miRNA 的研究进展第16-20页
        1.2.1 植物 miRNA 的生物合成第16-19页
        1.2.2 植物 miRNA 的网络资源第19-20页
    1.3 基因芯片第20-23页
        1.3.1 基因芯片简介第20-22页
        1.3.2 基因芯片数据的网络资源第22-23页
    1.4 高通量测序技术第23-27页
        1.4.1 高通量测序技术简介第23页
        1.4.2 高通量测序的应用第23-24页
        1.4.3 RNA-Seq 技术第24-27页
    1.5 生物信息学第27-31页
        1.5.1 生物信息学简介第27-28页
        1.5.2 生物信息学的研究领域第28-31页
    1.6 本文的主要工作第31-32页
    1.7 本文的结构第32-34页
第2章 开发语言与数据库技术第34-40页
    2.1 JAVA第34-35页
    2.2 JSP第35-37页
    2.3 PERL第37-38页
    2.4 R第38页
    2.5 MYSQL第38-40页
第3章 植物 microRNA 靶基因表达数据库 PMTED第40-74页
    3.1 引言第40-41页
    3.2 关键技术与系统架构第41-46页
        3.2.1 关键技术第41-44页
        3.2.2 系统架构第44-46页
    3.3 数据来源与数据处理第46-52页
        3.3.1 物种选择第46页
        3.3.2 植物 miRNA 数据第46-48页
        3.3.3 芯片数据第48-51页
        3.3.4 数据关联第51-52页
    3.4 数据分析第52-60页
        3.4.1 单组实验的基因差异表达分析第53页
        3.4.2 多组实验的统合分析第53-60页
    3.5 功能模块第60-73页
        3.5.1 基本信息模块第61-67页
        3.5.2 Meta-Network 模块第67-73页
    3.6 小结第73-74页
第4章 小麦基因表达与分析数据库 WhED第74-86页
    4.1 引言第74-75页
    4.2 关键技术与系统架构第75页
    4.3 数据来源与数据处理第75-77页
        4.3.1 高通量测序数据来源及数据处理第75-77页
        4.3.2 芯片实验数据搜集与处理第77页
        4.3.3 协同注释第77页
    4.4 功能模块第77-85页
        4.4.1 芯片数据分析模块第78-83页
        4.4.2 RNA-seq 数据分析模块第83-84页
        4.4.3 小分子 RNA 数据分析模块第84页
        4.4.4 Gbrowse 功能第84-85页
        4.4.5 搜索功能第85页
    4.5 小结第85-86页
第5章 基于芯片数据的拟南芥 microRNA 靶基因的共表达分析 CoMT第86-98页
    5.1 引言第86页
    5.2 基因的共表达分析第86-90页
    5.3 CoMT 材料与方法第90页
        5.3.1 数据的搜集与处理第90页
        5.3.2 基因共表达网络的构建第90页
        5.3.3 图聚类和功能富集分析第90页
    5.4 CoMT 实验结果第90-96页
        5.4.1 CoMT 过程第90-91页
        5.4.2 MiRNA 靶基因共表达网络的构建以及网络图聚类第91页
        5.4.3 共表达模块的 GO 功能富集分析第91-95页
        5.4.4 共表达模块的主要功能第95页
        5.4.5 有效性验证第95-96页
        5.4.6 讨论第96页
    5.5 小结第96-98页
第6章 结论与展望第98-100页
    6.1 研究总结第98-99页
    6.2 未来研究展望第99-100页
参考文献第100-114页
附录第114-122页
作者简介及在学期间所取得的科研成果第122-124页
致谢第124页

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