| 提要 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 绪论 | 第16-34页 |
| 1.1 本文的目的和意义 | 第16页 |
| 1.2 植物 miRNA 的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.2.1 植物 miRNA 的生物合成 | 第16-19页 |
| 1.2.2 植物 miRNA 的网络资源 | 第19-20页 |
| 1.3 基因芯片 | 第20-23页 |
| 1.3.1 基因芯片简介 | 第20-22页 |
| 1.3.2 基因芯片数据的网络资源 | 第22-23页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第23-27页 |
| 1.4.1 高通量测序技术简介 | 第23页 |
| 1.4.2 高通量测序的应用 | 第23-24页 |
| 1.4.3 RNA-Seq 技术 | 第24-27页 |
| 1.5 生物信息学 | 第27-31页 |
| 1.5.1 生物信息学简介 | 第27-28页 |
| 1.5.2 生物信息学的研究领域 | 第28-31页 |
| 1.6 本文的主要工作 | 第31-32页 |
| 1.7 本文的结构 | 第32-34页 |
| 第2章 开发语言与数据库技术 | 第34-40页 |
| 2.1 JAVA | 第34-35页 |
| 2.2 JSP | 第35-37页 |
| 2.3 PERL | 第37-38页 |
| 2.4 R | 第38页 |
| 2.5 MYSQL | 第38-40页 |
| 第3章 植物 microRNA 靶基因表达数据库 PMTED | 第40-74页 |
| 3.1 引言 | 第40-41页 |
| 3.2 关键技术与系统架构 | 第41-46页 |
| 3.2.1 关键技术 | 第41-44页 |
| 3.2.2 系统架构 | 第44-46页 |
| 3.3 数据来源与数据处理 | 第46-52页 |
| 3.3.1 物种选择 | 第46页 |
| 3.3.2 植物 miRNA 数据 | 第46-48页 |
| 3.3.3 芯片数据 | 第48-51页 |
| 3.3.4 数据关联 | 第51-52页 |
| 3.4 数据分析 | 第52-60页 |
| 3.4.1 单组实验的基因差异表达分析 | 第53页 |
| 3.4.2 多组实验的统合分析 | 第53-60页 |
| 3.5 功能模块 | 第60-73页 |
| 3.5.1 基本信息模块 | 第61-67页 |
| 3.5.2 Meta-Network 模块 | 第67-73页 |
| 3.6 小结 | 第73-74页 |
| 第4章 小麦基因表达与分析数据库 WhED | 第74-86页 |
| 4.1 引言 | 第74-75页 |
| 4.2 关键技术与系统架构 | 第75页 |
| 4.3 数据来源与数据处理 | 第75-77页 |
| 4.3.1 高通量测序数据来源及数据处理 | 第75-77页 |
| 4.3.2 芯片实验数据搜集与处理 | 第77页 |
| 4.3.3 协同注释 | 第77页 |
| 4.4 功能模块 | 第77-85页 |
| 4.4.1 芯片数据分析模块 | 第78-83页 |
| 4.4.2 RNA-seq 数据分析模块 | 第83-84页 |
| 4.4.3 小分子 RNA 数据分析模块 | 第84页 |
| 4.4.4 Gbrowse 功能 | 第84-85页 |
| 4.4.5 搜索功能 | 第85页 |
| 4.5 小结 | 第85-86页 |
| 第5章 基于芯片数据的拟南芥 microRNA 靶基因的共表达分析 CoMT | 第86-98页 |
| 5.1 引言 | 第86页 |
| 5.2 基因的共表达分析 | 第86-90页 |
| 5.3 CoMT 材料与方法 | 第90页 |
| 5.3.1 数据的搜集与处理 | 第90页 |
| 5.3.2 基因共表达网络的构建 | 第90页 |
| 5.3.3 图聚类和功能富集分析 | 第90页 |
| 5.4 CoMT 实验结果 | 第90-96页 |
| 5.4.1 CoMT 过程 | 第90-91页 |
| 5.4.2 MiRNA 靶基因共表达网络的构建以及网络图聚类 | 第91页 |
| 5.4.3 共表达模块的 GO 功能富集分析 | 第91-95页 |
| 5.4.4 共表达模块的主要功能 | 第95页 |
| 5.4.5 有效性验证 | 第95-96页 |
| 5.4.6 讨论 | 第96页 |
| 5.5 小结 | 第96-98页 |
| 第6章 结论与展望 | 第98-100页 |
| 6.1 研究总结 | 第98-99页 |
| 6.2 未来研究展望 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-114页 |
| 附录 | 第114-122页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第122-124页 |
| 致谢 | 第124页 |
