| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 内源性抗原提呈 | 第8-9页 |
| 1.2 计算机辅助疫苗设计与结合自由能计算 | 第9-11页 |
| 1.3 研究内容简介 | 第11-13页 |
| 2 理论基础和方法介绍 | 第13-26页 |
| 2.1 分子动力学模拟计算流程 | 第13-16页 |
| 2.2 分子动力学基本算法 | 第16-21页 |
| 2.2.1 周期性边界条件及相关算法 | 第16-18页 |
| 2.2.2 能量最小化及相关算法 | 第18-19页 |
| 2.2.3 截断值与Particle Mesh Ewald算法 | 第19页 |
| 2.2.4 约束分子动力学算法 | 第19-20页 |
| 2.2.5 系综及模拟条件 | 第20-21页 |
| 2.3 QM/MM方法的实现 | 第21-24页 |
| 2.3.1 ONIOM方法 | 第21-23页 |
| 2.3.2 QM/MM体系的建立 | 第23-24页 |
| 2.4 MM/PBSA方法计算结合自由能 | 第24-26页 |
| 3 模拟过程 | 第26-32页 |
| 3.1 HLA I类分子与表位结合肽的精细分子结构 | 第26-28页 |
| 3.2 模拟过程及参数 | 第28-31页 |
| 3.2.1 建立样本结构 | 第28-29页 |
| 3.2.2 计算溶剂中结合自由能 | 第29-31页 |
| 3.2.3 计算真空中结合自由能 | 第31页 |
| 3.3 模拟软件及计算平台 | 第31-32页 |
| 4 模拟结果及分析 | 第32-37页 |
| 4.1 计算结合自由能并对各能量项作用进行讨论 | 第32-34页 |
| 4.2 计算样本结合自由能并对锚点残基作用进行讨论 | 第34-37页 |
| 结论 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-42页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第42-43页 |
| 致谢 | 第43-44页 |
