| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语对照表 | 第10-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-28页 |
| 1.1 CRC概述 | 第17-25页 |
| 1.1.1 CRC的流行病学 | 第18-19页 |
| 1.1.2 CRC的遗传发病机制 | 第19-21页 |
| 1.1.3 二代测序技术在CRC相关基因筛查研究中的应用 | 第21-23页 |
| 1.1.4 CRC相关信号通路 | 第23-25页 |
| 1.2 SARDH功能及其与癌症的相互关系研究进展 | 第25-28页 |
| 第二章 SARDH在sCRC组织及CRC细胞系的表达研究 | 第28-56页 |
| 2.1 材料 | 第28-31页 |
| 2.1.1 sCRC组织标本来源 | 第28页 |
| 2.1.2 细胞系来源 | 第28页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第28-30页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第30-31页 |
| 2.2 主要方法 | 第31-42页 |
| 2.2.1 免疫组织化学检测SARDH在sCRC组织及癌旁组织的表达 | 第31-33页 |
| 2.2.2 实时定量PCR法检测SARDH在sCRC及癌旁组织的表达 | 第33-38页 |
| 2.2.3 结肠癌细胞复苏、传代与冻存 | 第38-40页 |
| 2.2.4 RT-PCR检测SARDH在CRC细胞系的表达 | 第40页 |
| 2.2.5 Western blot检测CRC细胞系SARDH的表达 | 第40-42页 |
| 2.3 SARDH低表达机制的初步探索 | 第42-46页 |
| 2.3.1 sCRC组织样本的SARDH基因的外显子深度测序 | 第42-46页 |
| 2.3.2 利用在线软件预测SARDH基因的甲基化区域 | 第46页 |
| 2.3.3 调控SARDH表达的miRNA的预测 | 第46页 |
| 2.4 实验结果 | 第46-51页 |
| 2.4.1 免疫组化芯片检测结果 | 第47-48页 |
| 2.4.2 SARDH在sCRC组织及癌旁组织的RT-PCR检测结果 | 第48-50页 |
| 2.4.3 SARDH在CRC细胞系的表达检测结果 | 第50页 |
| 2.4.4 SARDH基因在sCRC组织的深度测序结果 | 第50-51页 |
| 2.4.5 SARDH基因启动子区域的甲基化情况预测结果 | 第51页 |
| 2.5 讨论 | 第51-53页 |
| 小结 | 第53-56页 |
| 第三章 SARDH对CRC细胞系的增殖、迁移及侵袭能力的影响 | 第56-86页 |
| 3.1 材料 | 第56-59页 |
| 3.1.1 细胞系、质粒及菌种来源 | 第56页 |
| 3.1.2 裸鼠 | 第56页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第56-58页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第58-59页 |
| 3.2 实验方法 | 第59-74页 |
| 3.2.1 SARDH过表达载体的构建 | 第59-69页 |
| 3.2.2 SARDH干扰shRNA质粒的确定 | 第69-70页 |
| 3.2.3 SARDH对CRC细胞系增殖能力的影响 | 第70-72页 |
| 3.2.4 SARDH对CRC细胞系迁移及侵袭能力的影响研究 | 第72-73页 |
| 3.2.5 SARDH对裸鼠成瘤能力的影响 | 第73-74页 |
| 3.3 实验结果 | 第74-82页 |
| 3.3.1 SARDH基因表达载体的鉴定结果 | 第74-75页 |
| 3.3.2 转染效率检测结果 | 第75-76页 |
| 3.3.3 SARDH基因沉默的sh-RNA质粒的筛选结果 | 第76-77页 |
| 3.3.4 SARDH抑制结CRC细胞的增殖能力 | 第77-79页 |
| 3.3.5 SARDH抑制CRC细胞的迁移及侵袭能力 | 第79-81页 |
| 3.3.6 SARDH对裸鼠成瘤能力的影响 | 第81-82页 |
| 3.4 讨论 | 第82-83页 |
| 小结 | 第83-86页 |
| 第四章 SARDH基因3'-UTR区域包含miRNA结合位点 | 第86-101页 |
| 4.1 材料 | 第86页 |
| 4.1.1 细胞系及质粒 | 第86页 |
| 4.1.2 常用的基于mRNA特征预测功能的miRNA靶点的数据库 | 第86页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第86页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第86页 |
| 4.2 方法 | 第86-92页 |
| 4.2.1 生物信息网站预测SARDH基因3'-UTR区域的miRNA结合位点 | 第87-88页 |
| 4.2.2 通过RT-PCR及Western Blot确定对SARDH基因具有负调控作用的miRNA | 第88-90页 |
| 4.2.3 通过双荧光素酶报告系统验证miRNA与SARDH基因的结合 | 第90-92页 |
| 4.2.4 miR-4651对SW480细胞迁移及侵袭能力的影响 | 第92页 |
| 4.3 实验结果 | 第92-99页 |
| 4.3.1 SARDH基因3'-UTR的miRNA结合位点的生物信息预测结果 | 第92-93页 |
| 4.3.2 miRNA与SARDH基因结合的结构及自由能预测结果 | 第93-94页 |
| 4.3.3 通过RT-PCR及Western Blot确定对SARDH基因具有负调控作用的miRNA | 第94-96页 |
| 4.3.4 双荧光素酶报告实验结果 | 第96-97页 |
| 4.3.5 miR-4651在CRC组织的表达 | 第97页 |
| 4.3.6 miR-4651及其抑制剂对SW480迁移及侵袭的影响 | 第97-99页 |
| 4.4 讨论 | 第99-101页 |
| 第五章 基于转录组测序技术分析SARDH基因与结直肠癌的关系 | 第101-116页 |
| 5.1 主要方法 | 第101-104页 |
| 5.1.1 样本处理 | 第101页 |
| 5.1.2 信使RNA文库构建及测序 | 第101-102页 |
| 5.1.3 质量控制 | 第102页 |
| 5.1.4 Mapping的结果统计 | 第102页 |
| 5.1.5 基因表达量计算 | 第102页 |
| 5.1.6 基因差异表达分析 | 第102页 |
| 5.1.7 GO及KEGG通路分析 | 第102-103页 |
| 5.1.8 基因间相互作用关系 | 第103页 |
| 5.1.9 基因共表达网络分析 | 第103页 |
| 5.1.10 通过qPCR验证RNA-Seq数据 | 第103-104页 |
| 5.1.11 通过UCSC xena数据库分析SARDH基因与差异基因的甲基化状态的相关性 | 第104页 |
| 5.2 实验结果 | 第104-113页 |
| 5.2.1 基因差异表达分析结果 | 第104-105页 |
| 5.2.2 GO分析结果 | 第105-106页 |
| 5.2.3 信号通路分析结果 | 第106页 |
| 5.2.4 信号通路相互作用关系分析(Pathway-Act-Network)结果 | 第106-107页 |
| 5.2.5 基因互作分析结果 | 第107-109页 |
| 5.2.6 共表达网络分析结果 | 第109-110页 |
| 5.2.7 差异表达的基因的RT-PCR验证结果 | 第110页 |
| 5.2.8 在CRC组织中SARDH基因与CXCL1基因的关系 | 第110-112页 |
| 5.2.9 SARDH基因促进趋化因子相关基因的甲基化 | 第112-113页 |
| 5.3 讨论 | 第113-116页 |
| 结论 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 | 第130-132页 |
| 作者简介 | 第132页 |
