| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-34页 |
| 1.1 神经退行性疾病与蛋白质错误折叠 | 第10-15页 |
| 1.1.1 神经退行性疾病与蛋白质错误折叠、聚集 | 第10-13页 |
| 1.1.2 神经退行性疾病相关蛋白的错误折叠与聚集的机制 | 第13页 |
| 1.1.3 蛋白质错误折叠与聚集抑制剂药物的设计思路 | 第13-15页 |
| 1.2 帕金森症与α-突触核蛋白 | 第15-20页 |
| 1.2.1 帕金森症 | 第15-16页 |
| 1.2.2 α-突触核蛋白 | 第16-17页 |
| 1.2.3 影响α-synuclein蛋白错误折叠和聚集的关键残基 | 第17-18页 |
| 1.2.4 α-synuclein蛋白错误折叠机制的分子模拟研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3 分子模拟的研究理论与方法 | 第20-24页 |
| 1.3.1 分子动力学模拟方法简介 | 第20-21页 |
| 1.3.2 分子力学力场 | 第21-22页 |
| 1.3.3 分子动力学模拟的步骤 | 第22-23页 |
| 1.3.4 副本交换分子动力学模拟的步骤 | 第23-24页 |
| 1.4 本论文的选题思路和研究内容 | 第24-25页 |
| 参考文献 | 第25-34页 |
| 第二章 基于副本交换的分子动力学模拟研究A53T突变对α-synuclein 47-56序列折叠的影响 | 第34-47页 |
| 2.1 背景介绍 | 第34-35页 |
| 2.2 研究方法及步骤 | 第35-37页 |
| 2.2.1 初始结构的准备 | 第35页 |
| 2.2.2 副本交换参数设置 | 第35-36页 |
| 2.2.3 分析方法 | 第36-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-44页 |
| 2.3.1 REMD模拟的收敛性 | 第37-38页 |
| 2.3.2 二级结构的变化 | 第38-40页 |
| 2.3.3 α-synuclein 47-56野生型及突变型的自由能全景图 | 第40-42页 |
| 2.3.4 α-synuclein 47-56野生型及突变型的构象变化 | 第42-44页 |
| 2.4 结论 | 第44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 第三章 基于分子动力学模拟研究A53T突变对α-突触核蛋白46-97五聚体折叠和聚集的影响 | 第47-63页 |
| 3.1 背景介绍 | 第47-48页 |
| 3.2 研究方法及步骤 | 第48-51页 |
| 3.2.1 初始结构的准备 | 第48-49页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟步骤 | 第49-50页 |
| 3.2.3 分析方法 | 第50-51页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第51-57页 |
| 3.3.1 野生型和突变型A53Tα-synuclein蛋白体系的平衡 | 第51-52页 |
| 3.3.2 体系的整体二级结构变化 | 第52页 |
| 3.3.3 体系的β-sheet结构及氢键总数变化 | 第52-56页 |
| 3.3.4 突变位点对整个体系自由能的影响 | 第56-57页 |
| 3.4 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 第四章 以α-突触核蛋白46-97五聚体为模板诱导核心肽段低聚化过程的分子动力学研究 | 第63-75页 |
| 4.1 背景介绍 | 第63-64页 |
| 4.2 研究方法及步骤 | 第64-65页 |
| 4.2.1 初始结构的准备 | 第64-65页 |
| 4.2.2 模拟方法的选择 | 第65页 |
| 4.2.3 分析方法 | 第65页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第65-70页 |
| 4.3.1 α-synuclein 46-97五聚体模板诱导后的构象变化 | 第65-68页 |
| 4.3.2 游离单体与模板之间的相互作用 | 第68页 |
| 4.3.3 游离单体与模板之间的结合自由能 | 第68-70页 |
| 4.4 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 在学期间的研究成果 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
