| 前言 | 第4-6页 |
| 注释 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一部分 分子动力学方法研究植物细胞色素P450单加氧酶催化尼古丁去甲基化机理 | 第14-48页 |
| 第一章 引言 | 第14-21页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-17页 |
| 1.1.1 细胞色素简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 细胞色素P450单加氧酶简介 | 第15-16页 |
| 1.1.3 尼古丁去甲基化酶CYP82E4的发现 | 第16-17页 |
| 1.2 研究技术和方法 | 第17-19页 |
| 1.2.1 蛋白质结构预测 | 第17-18页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟 | 第18页 |
| 1.2.3 动力学模拟轨迹分析 | 第18-19页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第19-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-24页 |
| 2.1 实验材料 | 第21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-24页 |
| 2.2.1 准备模拟结构 | 第21-22页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第22-23页 |
| 2.2.3 RMSD、RMSF、螺旋物理性质、底物通道分析 | 第23页 |
| 2.2.4 主成分分析和协方差分析 | 第23-24页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第24-42页 |
| 3.1 突变位点与活性位点的相互作用 | 第24-25页 |
| 3.2 观察蛋白的整体运动 | 第25-30页 |
| 3.3 主成分分析结果 | 第30-32页 |
| 3.4 协方差分析结果 | 第32-34页 |
| 3.5 蛋白结构中通道 | 第34-37页 |
| 3.6 螺旋工物理性质 | 第37-42页 |
| 第四章 结论 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-48页 |
| 第二部分 预测拟南芥中细胞壁合成相关基因的共表达网络及其调控因子 | 第48-84页 |
| 第一章 引言 | 第48-53页 |
| 1.1 研究背景 | 第48-50页 |
| 1.1.1 生物能源的研究进展 | 第48-49页 |
| 1.1.2 植物细胞壁的背景知识 | 第49页 |
| 1.1.3 植物细胞壁相关基因的研究进展 | 第49-50页 |
| 1.2 研究技术和方法 | 第50-52页 |
| 1.2.1 双向聚类方法(bi-clustering algorithm) | 第50-51页 |
| 1.2.2 共表达分析策略 | 第51页 |
| 1.2.3 转录调控位点预测方法 | 第51-52页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第52-53页 |
| 第二章 材料和方法 | 第53-59页 |
| 2.1 实验材料 | 第53-54页 |
| 2.2 实验方法 | 第54-59页 |
| 2.2.1 QUBIC双向聚类方法分析DNA芯片表达数据. | 第55-56页 |
| 2.2.2 构建共表达网络 | 第56-57页 |
| 2.2.3 预测共表达基因调控因子 | 第57-59页 |
| 第三章 结果 | 第59-69页 |
| 3.1 植物细胞壁合成相关基因和共表达网络 | 第59-60页 |
| 3.2 植物细胞壁合成相关转录调控因子 | 第60-64页 |
| 3.3 植物细胞壁合成相关基因数据库 | 第64-69页 |
| 第四章 讨论 | 第69-75页 |
| 4.1 QUBIC双向聚类方法的优势 | 第69-71页 |
| 4.2 已知细胞壁合成相关基因的共表达关系 | 第71-73页 |
| 4.3 共表达网络中的转录调控因子 | 第73-75页 |
| 第五章 结论 | 第75-77页 |
| 5.1 共表达网络之间的关系 | 第75页 |
| 5.2 动态查询植物细胞壁合成相关数据库 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-84页 |
| 作者简介及科研成果 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
