基于临床病例的2型糖尿病与肠道核心菌群相关性分析
| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 缩略词表 | 第9-16页 |
| 前言 | 第16-19页 |
| 第一章 研究材料与方法 | 第19-31页 |
| 第一节 实验材料 | 第19-22页 |
| 1、研究对象 | 第19-20页 |
| 1.1 研究对象的纳入标准 | 第19页 |
| 1.2 研究对象排除标准 | 第19-20页 |
| 2、主要仪器 | 第20-21页 |
| 3、主要试剂 | 第21-22页 |
| 第二节 实验方法 | 第22-31页 |
| 1、粪便样品中细菌DNA的提取及检测 | 第22-23页 |
| 1.1 粪便样品中细菌DNA的提取 | 第22-23页 |
| 1.2 Nanodrop检测DNA的浓度和总量 | 第23页 |
| 1.3 PCR预扩增检测样品是否合格 | 第23页 |
| 2、文库构建 | 第23-26页 |
| 2.1 粪便样品DNA16SrDNA PCR扩增 | 第23-24页 |
| 2.2 粪便样品DNA目标区域产物纯化 | 第24-25页 |
| 2.3 Solexa PCR | 第25页 |
| 2.4 磁珠纯化 | 第25页 |
| 2.5 Nanodrop定量及混样 | 第25-26页 |
| 2.6 切胶回收 | 第26页 |
| 3、Illumina高通量测序 | 第26页 |
| 4、生物信息分析方法 | 第26-31页 |
| 4.1 测序及数据质量评估 | 第26页 |
| 4.1.1 原始数据 | 第26页 |
| 4.1.2 数据的质控 | 第26页 |
| 4.2 物种分类和丰度分析 | 第26-28页 |
| 4.2.1 OTU统计 | 第27页 |
| 4.2.2 物种注释分析 | 第27页 |
| 4.2.3 物种热图分析 | 第27页 |
| 4.2.4 物种系统进化分析 | 第27-28页 |
| 4.3 Alpha多样性分析 | 第28页 |
| 4.4 Beta多样性分析 | 第28-29页 |
| 4.4.1 主成分分析 | 第29页 |
| 4.4.2 主坐标分析 | 第29页 |
| 4.5 组间差异显著性分析 | 第29-30页 |
| 4.5.1 组间样品LEfSe分析 | 第29-30页 |
| 4.5.2 ANOSIM分析 | 第30页 |
| 4.5.3 Adonis分析 | 第30页 |
| 4.5.4 DESeq2分析 | 第30页 |
| 4.6 菌群间相互作用网络及网络分析 | 第30-31页 |
| 第二章 结果 | 第31-65页 |
| 第一节 测试人群特征 | 第31-33页 |
| 第二节 微生物基因组提取和实验结果 | 第33-43页 |
| 第三节 测序数据质量评估 | 第43-45页 |
| 第四节 OTU分析 | 第45-46页 |
| 第五节 物种注释和分类学分析 | 第46-51页 |
| 第六节 正常组与T2DM组的核心菌群与菌群比较 | 第51-53页 |
| 第七节 物种多样性 | 第53-58页 |
| 1、Alpha多样性 | 第53-55页 |
| 2、Beta多样性 | 第55-58页 |
| 第八节 组间Taxa丰度比较 | 第58-59页 |
| 第九节 Biomarkers筛选 | 第59-65页 |
| 第三章 讨论 | 第65-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第77页 |
