| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 研究背景 | 第10页 |
| 1.2 国内外现状 | 第10-12页 |
| 1.3 主要工作 | 第12-13页 |
| 1.4 内容安排 | 第13-15页 |
| 第2章 预备知识 | 第15-26页 |
| 2.1 MapReduce并行框架简介 | 第15-16页 |
| 2.2 基因数据分析简介 | 第16-18页 |
| 2.2.1 基因数据分析的处理流程 | 第16页 |
| 2.2.2 读段定位数据简介 | 第16-18页 |
| 2.2.3 基因聚类数据简介 | 第18页 |
| 2.3 基因读段定位简介 | 第18-22页 |
| 2.3.1 不跨越剪切位的读段定位方法 | 第19-20页 |
| 2.3.2 跨越剪切位的读段定位方法 | 第20-21页 |
| 2.3.3 其他读段定位方法 | 第21-22页 |
| 2.4 基因数据聚类方法简介 | 第22-24页 |
| 2.4.1 基于划分的聚类方法 | 第22-23页 |
| 2.4.2 基于密度的聚类方法 | 第23页 |
| 2.4.3 基于层次的聚类方法 | 第23-24页 |
| 2.5 其他聚类方法 | 第24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 基于MapReduce的基因读段定位算法研究 | 第26-35页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 SeqMap软件中的空位种子算法 | 第26-27页 |
| 3.3 基于MapReduce的空位种子索引算法 | 第27-30页 |
| 3.3.1 不跨越剪切位的空位种子并行算法(PSeqMap) | 第27-28页 |
| 3.3.2 跨越剪切位的空位种子并行算法(PJuncSeqMap) | 第28-30页 |
| 3.4 PJuncSeqMap算法中负载平衡的解决方案 | 第30-31页 |
| 3.5 实验 | 第31-34页 |
| 3.5.1 实验数据 | 第31页 |
| 3.5.2 实验设置 | 第31页 |
| 3.5.3 实验结果与分析 | 第31-34页 |
| 3.6 本章小结 | 第34-35页 |
| 第4章基于MapReduce的基因读段定位改进算法研究 | 第35-41页 |
| 4.1 引言 | 第35页 |
| 4.2 PJuncSeqMap的改进算法 | 第35-39页 |
| 4.2.1 Hadoop分布式缓存的应用 | 第35页 |
| 4.2.2 融入生物信息缩小搜索空间 | 第35-36页 |
| 4.2.3 跨越剪切位定位算法的改进思路 | 第36-38页 |
| 4.2.4 PJuncSeqMap的改进算法描述 | 第38-39页 |
| 4.3 实验 | 第39-40页 |
| 4.3.1 实验数据和实验设置 | 第39页 |
| 4.3.2 实验结果与分析算法思想 | 第39-40页 |
| 4.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第5章 基于MapReduce的密度层次聚类算法研究 | 第41-51页 |
| 5.1 引言 | 第41页 |
| 5.2 DHC算法简介 | 第41-43页 |
| 5.3 基于MapReduce的密度层次聚类算法 | 第43-45页 |
| 5.3.1 基于数据稀疏化的并行密度层次聚类算法 | 第43-44页 |
| 5.3.2 基于MapReduce的密度层次聚类算法DisDHC | 第44-45页 |
| 5.4 实验 | 第45-50页 |
| 5.4.1 实验数据 | 第45-46页 |
| 5.4.2 实验设置 | 第46页 |
| 5.4.3 实验结果与分析 | 第46-50页 |
| 5.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第6章 结束语 | 第51-53页 |
| 6.1 工作总结 | 第51-52页 |
| 6.2 工作展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
