| 中文摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-19页 |
| 1.1 流感病毒的生活周期 | 第11-13页 |
| 1.2 流感病毒致病性相关的病毒因素研究 | 第13-15页 |
| 1.2.1 血凝素氨基酸变异对流感病毒致病性的影响 | 第13页 |
| 1.2.2 聚合酶氨基酸变异对流感病毒致病性的影响 | 第13-15页 |
| 1.3 流感感染重症相关的宿主因子研究 | 第15-16页 |
| 1.4 流感感染重症的细胞因子/趋化因子水平的研究 | 第16-17页 |
| 1.5 研究思路和目的 | 第17-19页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第19-36页 |
| 2.1 流感病例样本的采集与诊断 | 第19-20页 |
| 2.1.1 样本采集与处理 | 第19页 |
| 2.1.2 流感病例诊断标准 | 第19-20页 |
| 2.2 病毒核酸检测 | 第20-23页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第20-22页 |
| 2.2.2 Real time RT-PCR | 第22-23页 |
| 2.3 病毒分离 | 第23-26页 |
| 2.3.1 A(H1N1)pdm09流感病毒的MDCK细胞分离 | 第23-25页 |
| 2.3.2 A(H1N1)pdm09流感病毒的鸡胚分离 | 第25-26页 |
| 2.4 TCID_(50)实验 | 第26-27页 |
| 2.5 小鼠致病力实验 | 第27-28页 |
| 2.6 红细胞凝集试验(Hemagglutination,HA) | 第28-29页 |
| 2.7 血凝抑制实验(HI) | 第29页 |
| 2.8 二代测序及数据分析 | 第29-30页 |
| 2.8.1 二代测序 | 第29页 |
| 2.8.2 数据过滤与分析 | 第29-30页 |
| 2.9 人基因组DNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.10 人血浆细胞因子/趋化因子检测 | 第31-33页 |
| 2.11 Sequenom分型质谱平台进行基因分型 | 第33-34页 |
| 2.12 IFITM3基因rs12252位点的基因分型 | 第34-35页 |
| 2.13 数据统计分析 | 第35页 |
| 2.14 生物安全 | 第35-36页 |
| 第三章 实验结果 | 第36-79页 |
| 3.1 流感病例人口学特征分析 | 第36-41页 |
| 3.1.1 全部样本采集病人的人口统计学 | 第36-37页 |
| 3.1.2 流感阳性病例人口学统计 | 第37-38页 |
| 3.1.3 各亚型流感轻症和重症病例的人口学特征及重症感染风险程度分析 | 第38-41页 |
| 3.2 影响流感临床严重程度的病毒因素 | 第41-57页 |
| 3.2.1 A(H1N1)pdm09流感病例咽拭子二代测序数据质量控制 | 第41-42页 |
| 3.2.2 A(H1N1)pdm09流感病毒在轻症病例和重症病例中的碱基比例差异分析 | 第42-49页 |
| 3.2.3 A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析 | 第49-54页 |
| 3.2.4 PA V379I变异减轻A(H1N1)pdm09病毒在小鼠中的致病性 | 第54-57页 |
| 3.3 影响流感临床严重程度的宿主因素 | 第57-79页 |
| 3.3.1 流感轻症和重症病例血浆细胞因子/趋化因子水平差异分析 | 第57-64页 |
| 3.3.2 流感重症病例与轻症病例候选基因SNP差异分析 | 第64-77页 |
| 3.3.3 SNP功能注释 | 第77-79页 |
| 第四章 讨论 | 第79-85页 |
| 4.1 影响流感临床严重程度的病毒因素 | 第79-80页 |
| 4.2 影响流感临床严重程度的宿主因素 | 第80-85页 |
| 第五章 结论 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-95页 |
| 文献综述 | 第95-116页 |
| 综述一 | 第95-105页 |
| 参考文献 | 第101-105页 |
| 综述二 | 第105-116页 |
| 参考文献 | 第112-116页 |
| 附表1: A(H1N1)pdm09流感病例咽拭子测序的测序深度和覆盖度统计 | 第116-121页 |
| 附表2: A(H1N1)pdm09流感病例咽拭子二代测序数据产出质量情况一览表 | 第121-131页 |
| 作者简介 | 第131-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
