| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 前言 | 第10-15页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第10页 |
| 1.1.2 基于高通量测序的RNA组学研究 | 第10-13页 |
| 1.1.3 基于高通量测序的全基因组甲基化研究 | 第13-15页 |
| 1.2 研究内容 | 第15-16页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第16-18页 |
| 第二章 HEPG2肝癌细胞及HL-7702正常人肝细胞的MRNA表达谱分析 | 第18-48页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.2.1 细胞培养及处理 | 第18页 |
| 2.2.2 Total RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.2.3 测序流程 | 第19-20页 |
| 2.2.4 mRNA测序数据的生物信息学分析 | 第20-23页 |
| 2.2.5 mRNA功能注释和KEGG通路分析 | 第23-24页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第24-36页 |
| 2.3.1 差异表达的mRNA统计 | 第24页 |
| 2.3.2 表达上调的mRNA功能注释和KEGG通路分析 | 第24-36页 |
| 2.3.3 表达下调的mRNA功能注释和信号通路分析 | 第36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 附表 | 第37-48页 |
| 第三章 HEPG2肝癌细胞及HL-7702正常人肝细胞的甲基化水平分析及关联分析 | 第48-66页 |
| 3.1 引言 | 第48页 |
| 3.2 试验材料与方法 | 第48-49页 |
| 3.2.1 细胞培养 | 第48页 |
| 3.2.2 Illumina Hiseq2000测序 | 第48页 |
| 3.2.3 测序数据质量评估 | 第48页 |
| 3.2.4 测序数据比对 | 第48-49页 |
| 3.2.5 差异甲基化分析 | 第49页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第49-64页 |
| 3.3.1 测序数据质量评估 | 第49页 |
| 3.3.2 测序数据比对 | 第49-50页 |
| 3.3.3 覆盖深度分析 | 第50-51页 |
| 3.3.4 差异甲基化区域分析 | 第51-52页 |
| 3.3.5 甲基化与基因表达关联分析 | 第52-64页 |
| 3.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第四章 总结与展望 | 第66-68页 |
| 4.1 总结 | 第66-67页 |
| 4.2 展望 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-74页 |
| 个人简介 | 第74页 |
