| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-20页 |
| 1.1 深度测序技术在病毒鉴定上的应用 | 第11-12页 |
| 1.2 玫瑰主要病毒病害研究进展 | 第12-16页 |
| 1.3 桃树主要病毒病害研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 Closterovirus属病毒的生物学和分子特性 | 第17-18页 |
| 1.4.1 分类地位 | 第17页 |
| 1.4.2 生物学特征 | 第17页 |
| 1.4.3 基因组结构 | 第17-18页 |
| 1.5 Fabavirus属病毒的生物学和分子特性 | 第18-19页 |
| 1.5.1 分类地位 | 第18页 |
| 1.5.2 生物学特征 | 第18-19页 |
| 1.5.3 基因组结构 | 第19页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 野蔷薇上一种未知病毒的基因组克隆及分子特性分析 | 第20-41页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-22页 |
| 2.1.1 样品准备和深度测序 | 第20页 |
| 2.1.2 sRNA序列的分析和组装 | 第20-21页 |
| 2.1.3 利用Sanger测序验证和完成病毒的基因组序列测定 | 第21页 |
| 2.1.4 序列分析 | 第21页 |
| 2.1.5 病毒的RT-PCR检测 | 第21-22页 |
| 2.3 结果与分析 | 第22-37页 |
| 2.3.1 深度测序的原始数据分析 | 第22-23页 |
| 2.3.2 深度测序样品中所有病毒的种类分析 | 第23-24页 |
| 2.3.3 RLRaV全基因组核苷酸序列的测定 | 第24-26页 |
| 2.3.4 RLRaV RNA的基因组结构 | 第26-34页 |
| 2.3.5 来源于RLRaV的sRNAs的分析 | 第34页 |
| 2.3.6 WRLRD侵染的野蔷薇上共侵染病毒的鉴定 | 第34-35页 |
| 2.3.7 共侵染病毒的RT-PCR鉴定 | 第35-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-41页 |
| 第三章 桃上一种未知病毒的基因组克隆及分子特性分析 | 第41-54页 |
| 3.1 材料与方法 | 第41-42页 |
| 3.1.1 样品准备和深度测序 | 第41页 |
| 3.1.2 sRNA序列的分析和组装 | 第41页 |
| 3.1.3 利用Sanger测序验证和完成病毒的基因组序列测定 | 第41页 |
| 3.1.4 序列分析 | 第41-42页 |
| 3.1.5 病毒的RT-PCR检测 | 第42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-51页 |
| 3.2.1 深度测序的原始数据分析 | 第42-44页 |
| 3.2.2 深度测序样品中所有病毒和类病毒的种类分析 | 第44页 |
| 3.2.3 PCFaV全基因组核苷酸序列测定 | 第44-46页 |
| 3.2.4 PCFaV的基因组结构 | 第46-50页 |
| 3.2.5 来源于PCFaV的sRNAs的分析 | 第50-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-54页 |
| 第四章 全文结论与展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-66页 |
| 附录1 PCFaV系统进化分析中所用病毒的信息统计 | 第66-68页 |
| 附录2 野蔷薇上共侵染病毒的检测引物 | 第68-69页 |
| 附录3 研究生期间已发表文章 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
