| 致谢 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 目录 | 第13-18页 |
| 引言 | 第18-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-45页 |
| 第一节 BAC 末端测序及末端序列分析 | 第21-28页 |
| ·BAC 末端序列概述 | 第21-22页 |
| ·BAC 末端序列的产生 | 第21-22页 |
| ·BAC 末端序列的预处理 | 第22页 |
| ·BAC 末端序列分析 | 第22-24页 |
| ·GC 含量分析 | 第22页 |
| ·串联重复序列分析 | 第22页 |
| ·重复单元结构分析 | 第22-23页 |
| ·蛋白编码序列鉴定和功能注释 | 第23页 |
| ·比较基因组学分析 | 第23-24页 |
| ·BAC 末端序列的应用和意义 | 第24-28页 |
| ·基因组调查（Genome Survey） | 第24页 |
| ·基因发现（gene discovery ） | 第24-25页 |
| ·基因定位(gene mapping) | 第25页 |
| ·分子标记开发 | 第25-26页 |
| ·图谱整合（map integration） | 第26页 |
| ·基因组共线性 | 第26-27页 |
| ·辅助全基因组序列组装 | 第27-28页 |
| 第二节 微卫星 DNA 的开发与应用 | 第28-35页 |
| ·微卫星 DNA 概述 | 第28-29页 |
| ·微卫星标记的优点与不足 | 第29-31页 |
| ·微卫星标记的开发方法 | 第31-33页 |
| ·直接文库筛选法 | 第31页 |
| ·富集法 | 第31-32页 |
| ·种间转移扩增法 | 第32页 |
| ·生物信息学方法 | 第32-33页 |
| ·微卫星标记在水产动物群体遗传学研究中的应用 | 第33-35页 |
| ·物种遗传多样性研究 | 第33-34页 |
| ·群体遗传结构分析 | 第34页 |
| ·亲缘关系鉴定和系谱分析 | 第34-35页 |
| 第三节 SNP 标记的开发、分型及应用 | 第35-43页 |
| ·SNP 标记的概述 | 第35-36页 |
| ·SNP 标记的优点与不足 | 第36-37页 |
| ·SNP 标记的开发策略 | 第37-40页 |
| ·直接测序开发 SNP 标记 | 第37-38页 |
| ·基于 EST 数据库开发 SNP 标记 | 第38-39页 |
| ·基于基因组数据库开发 SNP 标记 | 第39-40页 |
| ·SNP 标记的分型策略 | 第40-43页 |
| ·基于聚合酶链式反应（PCR）的 SNP 分型方法 | 第40-41页 |
| ·等位基因特异性 PCR（allele-specific PCR. AS-PCR) | 第40-41页 |
| ·高分辨率熔解曲线（High Resolution Melting, HRM） | 第41页 |
| ·基于引物延伸的飞行时间质谱（MALDI-TOF）SNP 分型方法 | 第41-42页 |
| ·基于杂交的 SNP 分型方法 | 第42-43页 |
| ·TaqMan 探针技术 | 第42页 |
| ·DNA 芯片（DNA Chips）技术 | 第42-43页 |
| ·基于测序技术的 SNP 分型方法 | 第43页 |
| 第四节 本章小结 | 第43-45页 |
| 第二章 栉孔扇贝 BAC 末端测序及末端序列分析 | 第45-60页 |
| 第一节 前言 | 第45页 |
| 第二节 材料与方法 | 第45-50页 |
| ·实验材料与设备 | 第45-47页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 文库 | 第45页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端测序所采用的引物 | 第45-46页 |
| ·主要实验试剂 | 第46页 |
| ·主要实验仪器 | 第46-47页 |
| ·实验方法 | 第47-50页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 克隆的挑取与培养 | 第47页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 质粒 DNA 的提取 | 第47-48页 |
| ·栉孔扇贝细菌人工染色体 BAC 末端测序 | 第48-49页 |
| ·测序 PCR | 第48页 |
| ·PCR 产物纯化 | 第48-49页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端测序数据分析 | 第49页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端序列初步分析 | 第49-50页 |
| 第三节 实验结果与分析 | 第50-59页 |
| ·栉孔扇贝 BES 概述 | 第50-52页 |
| ·栉孔扇贝 BESs 中串联重复序列（tandem repeats sequences）分析 | 第52-54页 |
| ·栉孔扇贝 BESs 中散在重复序列和低复杂度 DNA 序列分析 | 第54-55页 |
| ·栉孔扇贝 BESs 注释 | 第55-57页 |
| ·栉孔扇贝 BESs 与其他基因组序列的比较分析 | 第57-59页 |
| 第四节 讨论 | 第59-60页 |
| 第三章 栉孔扇贝 BAC 末端 SSR 的开发及遗传多样性研究 | 第60-76页 |
| 第一节 前言 | 第60-61页 |
| 第二节 实验材料与方法 | 第61-68页 |
| ·实验材料与设备 | 第61-63页 |
| ·序列来源 | 第61页 |
| ·实验材料 | 第61页 |
| ·实验主要试剂 | 第61-62页 |
| ·实验主要仪器设备 | 第62-63页 |
| ·实验方法 | 第63-68页 |
| ·栉孔扇贝基因组 DNA 的提取 | 第63-64页 |
| ·栉孔扇贝基因组 DNA 的扩增 | 第64-65页 |
| ·栉孔扇贝 BES-SSR 引物的设计和筛选 | 第65页 |
| ·PCR 扩增检测引物的有效性 | 第65-66页 |
| ·栉孔扇贝 BES-SSR 的多态性检测 | 第66-67页 |
| ·栉孔扇贝遗传多样性研究 | 第67-68页 |
| 第三节 实验结果与分析 | 第68-73页 |
| ·栉孔扇贝 BES-SSR 引物的设计和筛选 | 第68页 |
| ·引物的有效性检测 | 第68页 |
| ·栉孔扇贝 BES-SSR 多态性检测 | 第68-70页 |
| ·栉孔扇贝大连群体与青岛群体遗传多样性分析 | 第70-72页 |
| ·栉孔扇贝大连群体和青岛群体遗传结构和遗传分化分析 | 第72-73页 |
| 第四节 讨论 | 第73-76页 |
| ·栉孔扇贝 SSR 的开发 | 第73-74页 |
| ·群体遗传多样性和遗传分化 | 第74-76页 |
| 第四章 栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记的开发与验证 | 第76-90页 |
| 第一节 前言 | 第76-77页 |
| 第二节 PCR 直接测序开发栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记 | 第77-81页 |
| ·实验材料 | 第77页 |
| ·实验方法 | 第77-79页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端测序及数据处理 | 第77页 |
| ·栉孔扇贝作图亲本 DNA 的扩增 | 第77页 |
| ·栉孔扇贝批量引物设计 | 第77-78页 |
| ·PCR 扩增 | 第78页 |
| ·PCR 产物测序及候选 SNP 开发 | 第78-79页 |
| ·实验结果 | 第79-81页 |
| 第三节 基因组测序开发栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记 | 第81-86页 |
| ·实验材料 | 第81页 |
| ·实验方法 | 第81-84页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 测序及数据处理 | 第81页 |
| ·栉孔扇贝作图亲本 DNA 的扩增 | 第81页 |
| ·栉孔扇贝亲本 Jd 和 Cg 基因组测序 | 第81-82页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端候选 SNP 标记的筛查 | 第82-84页 |
| ·实验结果 | 第84-86页 |
| ·栉孔扇贝亲本 Jd 和 Cg 基因组测序结果 | 第84页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端候选 SNP 标记的筛查 | 第84-86页 |
| 第四节 讨论 | 第86-90页 |
| ·PCR 直接测序法开发栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记 | 第87页 |
| ·基因组测序开发栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记 | 第87-89页 |
| ·基因组测序开发栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 标记的应用前景 | 第89-90页 |
| 第五章 栉孔扇贝物理图谱与遗传图谱的初步整合 | 第90-104页 |
| 第一节 前言 | 第90-91页 |
| 第二节 TP-M13 自动荧光技术检测栉孔扇贝 BAC 末端 SSR 基因型 | 第91-93页 |
| ·实验材料 | 第91页 |
| ·实验方法 | 第91-92页 |
| ·SSR 引物合成 | 第91页 |
| ·PCR 扩增 | 第91-92页 |
| ·自动荧光检测 | 第92页 |
| ·实验结果 | 第92-93页 |
| 第三节 栉孔扇贝 BAC 末端 SNP 基因分型 | 第93-96页 |
| ·实验材料与仪器 | 第93页 |
| ·实验方法 | 第93-96页 |
| ·引物设计 | 第93页 |
| ·合成引物并进行引物分子量的质检 | 第93页 |
| ·DNA 样品浓度和纯度质检 | 第93页 |
| ·引物稀释 | 第93页 |
| ·PCR 反应 | 第93-94页 |
| ·SAP 酶消化反应 | 第94-95页 |
| ·单碱基延伸反应 | 第95页 |
| ·树脂纯化 | 第95页 |
| ·进行质谱检测，并收集数据 | 第95-96页 |
| ·实验结果 | 第96页 |
| 第四节 栉孔扇贝物理图谱与遗传图谱的初步整合 | 第96-102页 |
| ·实验材料 | 第96页 |
| ·实验方法 | 第96-97页 |
| ·实验结果 | 第97-102页 |
| 第五节 讨论 | 第102-104页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端 SSR 分型技术 | 第102页 |
| ·栉孔扇贝 BAC 末端 SSR 分型技术 | 第102页 |
| ·栉孔扇贝遗传图谱构建及与物理图谱的初步整合 | 第102-104页 |
| 结论 | 第104-107页 |
| 参考文献 | 第107-123页 |
| 个人简历 | 第123-124页 |
| 硕士期间已发表论文 | 第124页 |
