| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 理论知识 | 第10-13页 |
| 1.1 肽简介 | 第10-11页 |
| 1.1.1 肽键 | 第10-11页 |
| 1.1.2 肽平面 | 第11页 |
| 1.2 构象简介 | 第11-13页 |
| 2 计算方法和理论模型 | 第13-16页 |
| 2.1 从头算方法 | 第13页 |
| 2.2 ABEEMσπ/MM方法 | 第13-14页 |
| 2.3 拉氏图 | 第14-16页 |
| 3 应用不同的方法基组对天门冬氨酸二肽、三肽稳定构象的搜索 | 第16-38页 |
| 3.1 应用不同方法基组对天门冬氨酸稳定构象搜索对照 | 第16-21页 |
| 3.1.1 天门冬氨酸二肽稳定构象的扫描 | 第16-17页 |
| 3.1.2 天门冬氨酸二肽扫描得到稳定构象优化 | 第17-21页 |
| 3.2 利用不同扫描步长得到的天门冬氨酸二肽稳定构象的结构对比 | 第21-28页 |
| 3.2.1 天门冬氨酸二肽进行不同步长扫描 | 第21-22页 |
| 3.2.2 不同步长的两组天门冬氨酸二肽结构优化 | 第22-24页 |
| 3.2.3 不同步长的两组天门冬氨酸二肽的结构对比 | 第24-28页 |
| 3.3 电中性与负电性天门冬氨酸二肽在气相、液相下的稳定构象的搜索 | 第28-34页 |
| 3.3.1 电中性天门冬氨酸二肽气相下的稳定构象的搜索 | 第28-33页 |
| 3.3.2 天门冬氨酸二肽液相下稳定构象的搜索 | 第33页 |
| 3.3.3 负电性天门冬氨酸二肽液相气相下稳定构象的搜索 | 第33-34页 |
| 3.3.4 对电中性的天门冬氨酸二肽液相气相下稳定构象的搜索 | 第34页 |
| 3.4 天门冬氨酸三肽稳定构象的搜索 | 第34-38页 |
| 3.4.1 天门冬氨酸三肽稳定构象扫描寻找 | 第34-36页 |
| 3.4.2 天门冬氨酸三肽构象的优化 | 第36-38页 |
| 4 应用ABEEMσπ/MM方法，以及OPLS/AA，AMBER 99sb，CHARMM27和AMOEBA力场方法对天门冬氨酸二肽三肽稳定构象的扫描及优化 | 第38-57页 |
| 4.1 应用ABEEMσπ/MM方法对天门冬氨酸稳定构象的搜索 | 第38-42页 |
| 4.1.1 应用ABEEMσπ/MM方法寻找天门冬氨酸二肽稳定构象 | 第38-39页 |
| 4.1.2 应用ABEEMσπ/MM方法寻找天门冬氨酸三肽稳定构象 | 第39-42页 |
| 4.2 应用不同力场搜索天门冬氨酸的稳定构象 | 第42-57页 |
| 4.2.1 应用AMBER99sb方法寻找天门冬的氨酸稳定构象 | 第42-45页 |
| 4.2.2 应用OPLS/AA方法寻找天门冬氨酸稳定构象 | 第45-49页 |
| 4.2.3 应用CHARMM27方法寻找天门冬氨酸稳定构象 | 第49-52页 |
| 4.2.4 应用AMOEBA方法寻找天门冬氨酸的稳定构象 | 第52-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
