| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 HIV-1 整合酶的研究意义 | 第10-14页 |
| 1.1.1 艾滋病的流行现状 | 第10-12页 |
| 1.1.2 整合酶的结构与功能 | 第12-14页 |
| 1.2 HIV-1 整合酶抑制剂的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3 本论文的主要工作 | 第16-18页 |
| 第2章 研究方法 | 第18-24页 |
| 2.1 定量构效关系 | 第18-20页 |
| 2.1.1 基本原理 | 第18-19页 |
| 2.1.2 基本步骤 | 第19-20页 |
| 2.2 分子对接 | 第20-21页 |
| 2.2.1 搜索算法 | 第20-21页 |
| 2.2.2 打分函数 | 第21页 |
| 2.3 动力学模拟 | 第21-24页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第21-23页 |
| 2.3.2 基本步骤 | 第23-24页 |
| 第3章 二酮酸类整合酶抑制剂的定量构效关系研究 | 第24-40页 |
| 3.1 研究背景及意义 | 第24页 |
| 3.2 材料和方法 | 第24-33页 |
| 3.2.1 数据集的准备 | 第24-31页 |
| 3.2.2 分子构建和叠合 | 第31-32页 |
| 3.2.3 模型的建立和验证 | 第32-33页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第33-39页 |
| 3.3.1 模型的统计结果及预测能力 | 第33-37页 |
| 3.3.2 CoMFA模型的等势图分析 | 第37-38页 |
| 3.3.3 CoMSIA模型的等势图分析 | 第38-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 HIV-1 整合酶和二酮酸类抑制剂的结合模式以及作用机理的动力学研究 | 第40-50页 |
| 4.1 研究背景及意义 | 第40页 |
| 4.2 材料和方法 | 第40-42页 |
| 4.2.1 体系准备 | 第40-41页 |
| 4.2.2 动力学模拟 | 第41页 |
| 4.2.3 多分子构象对接 | 第41页 |
| 4.2.4 结合自由能计算 | 第41-42页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第42-48页 |
| 4.3.1 体系的稳定性和结构的柔性 | 第42-44页 |
| 4.3.2 自由能的分析 | 第44页 |
| 4.3.3 关键残基的识别 | 第44-45页 |
| 4.3.4 结合模式的分析 | 第45-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |