高阶马尔科夫模型在生物发育树重建和模体发现中的应用
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 生物信息学 | 第12-18页 |
| 1.1 生物信息学的发展和研究内容 | 第12-16页 |
| 1.2 本文的工作 | 第16-18页 |
| 第二章 马尔科夫模型 | 第18-27页 |
| 2.1 马尔科夫链 | 第18-21页 |
| 2.1.1 一阶马尔科夫模型 | 第18-19页 |
| 2.1.2 高阶马尔科夫模型 | 第19-21页 |
| 2.2 马尔科夫模型统计推断问题 | 第21-25页 |
| 2.2.1 转移概率和初始概率估计 | 第21-22页 |
| 2.2.2 皮尔逊卡方检验法 | 第22-23页 |
| 2.2.3 AIC/BIC信息标准定阶法 | 第23-24页 |
| 2.2.4 马尔科夫信息熵最大化定阶法 | 第24-25页 |
| 2.3 马尔科夫模型在生物序列分析中的应用 | 第25-27页 |
| 第三章 混沌游戏表示 | 第27-35页 |
| 3.1 二维混沌游戏表示 | 第27-29页 |
| 3.2 一维混沌游戏表示 | 第29-32页 |
| 3.2.1 一维混沌游戏表示的反演公式 | 第30-31页 |
| 3.2.2 一维混沌游戏表示的结构指数 | 第31-32页 |
| 3.3 一维混沌游戏表示与马尔科夫模型的关系 | 第32-35页 |
| 第四章 系统发育树重建 | 第35-50页 |
| 4.1 系统发育树 | 第35-37页 |
| 4.2 基于非比对的生物发育分析 | 第37-39页 |
| 4.3 高阶马尔科夫模型在生物发育树重建中的应用 | 第39-43页 |
| 4.3.1 参数估计 | 第39-41页 |
| 4.3.2 离矩阵的计算 | 第41页 |
| 4.3.3 发育树重建和树的比较 | 第41-42页 |
| 4.3.4 块自助法 | 第42-43页 |
| 4.4 结果分析 | 第43-50页 |
| 第五章 模体发现 | 第50-58页 |
| 5.1 模体及其表示 | 第50-52页 |
| 5.2 模体发现算法 | 第52-54页 |
| 5.3 高阶马尔科夫模型在模体发现中的应用 | 第54-58页 |
| 5.3.1 基于高阶马尔科夫模型的方法 | 第54-55页 |
| 5.3.2 HT-SELEX试验数据结果 | 第55-58页 |
| 第六章 工作总结和展望 | 第58-61页 |
| 参考文献 | 第61-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-88页 |
