| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-13页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-26页 |
| 1 松材线虫病研究进展 | 第15-17页 |
| ·松材线虫病病原相关研究 | 第15-16页 |
| ·松材线虫病致病机理的相关研究 | 第16-17页 |
| ·松材线虫病的防治 | 第17页 |
| ·强弱毒虫株相关研究 | 第17页 |
| 2 miRNAs的相关研究 | 第17-22页 |
| ·miRNAs的特征与预测方法 | 第18页 |
| ·miRNAs转录与成熟 | 第18-20页 |
| ·miRNAs调控机制 | 第20-21页 |
| ·翻译裂解机制 | 第20-21页 |
| ·翻译抑制机制 | 第21页 |
| ·靶基因识别 | 第21-22页 |
| ·松材线虫miRNAs的研究 | 第22页 |
| 3. 高通量测序应用 | 第22-24页 |
| ·测序技术的升级 | 第22-23页 |
| ·高通量测序在基因组方面的应用 | 第23页 |
| ·高通量测序在转录组方面的应用 | 第23-24页 |
| ·高通量测序在松材线虫中的相关研究 | 第24页 |
| 4. 本研究的目的与意义 | 第24-26页 |
| 第二章 松材线虫侵染松树过程中的miRNAs研究 | 第26-55页 |
| 1 材料与方法 | 第26-30页 |
| ·松材线虫供试虫株 | 第26页 |
| ·松材线虫的接种实验 | 第26-27页 |
| ·miRNA文库的构建以及高通量测序 | 第27页 |
| ·生物信息学分析 | 第27-30页 |
| ·构建松材线虫miRNAs参考数据库 | 第27页 |
| ·保守miRNAs的鉴定 | 第27-28页 |
| ·未知miRNAs以及miRNAs STAR（miRNAs*）的鉴定 | 第28页 |
| ·靶基因预测与GO富集分析 | 第28页 |
| ·起源于内含子的一类miRNAs（mirtrons）的鉴定 | 第28-29页 |
| ·miRNAs前体以及相对表达量验证 | 第29-30页 |
| 2. 结果与分析 | 第30-52页 |
| ·松材线虫miRNAs参考序列的构建 | 第32页 |
| ·松材线虫相对保守miRNAs的注释分析 | 第32-36页 |
| ·metazoan miRNAs的注释 | 第36-38页 |
| ·松材线虫未知miRNAs的鉴定 | 第38-46页 |
| ·松材线虫miRNAs* | 第46-47页 |
| ·保守miRNAs表达图谱分析 | 第47-49页 |
| ·松材线虫mirtron的注释 | 第49-50页 |
| ·靶基因预测与GO富集分析 | 第50-51页 |
| ·试验验证miRNAs对纤维素酶活性的调控作用 | 第51-52页 |
| 3. 结论与讨论 | 第52-55页 |
| 第三章 松材线虫强弱毒虫株的转录组研究 | 第55-74页 |
| 1 材料与方法 | 第55-58页 |
| ·供试线虫虫株与毒力测定 | 第55-56页 |
| ·RNA的提取 | 第56页 |
| ·ITS-PCR-RFLP扩增 | 第56-57页 |
| ·测序结果分析 | 第57-58页 |
| ·松材线虫转录组的组装与注释 | 第57-58页 |
| ·差异表达的转录本以及外显子分析 | 第58页 |
| ·外显子缺失的鉴定 | 第58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-72页 |
| ·转录组的组装与注释结果分析 | 第59-60页 |
| ·不同毒力的松材线虫线虫间差异表达转录本分析 | 第60-63页 |
| ·松材线虫外显子水平表达差异与外显子缺失现象分析 | 第63-72页 |
| 3. 结论与讨论 | 第72-74页 |
| 第四章 松材线虫强弱毒虫株的SNPs分析 | 第74-89页 |
| 1. 材料与方法 | 第74-77页 |
| ·供试线虫虫株与毒力测定 | 第74页 |
| ·DNA的提取与高通量测序 | 第74-75页 |
| ·基于Illumina高通量测序结果的SNPs分析 | 第75-76页 |
| ·SNP位点的PCR扩增与Sanger测序 | 第76-77页 |
| 2. 结果与分析 | 第77-87页 |
| ·松材线虫SNPs位点的初步统计分析 | 第77-78页 |
| ·不同毒力松材线虫SNP位点的差异分析 | 第78-83页 |
| ·SNP位点的试验验证 | 第83-87页 |
| 3. 结论与讨论 | 第87-89页 |
| 第五章 全文总结及研究展望 | 第89-92页 |
| 1 主要结论 | 第89-90页 |
| 2 论文创新点 | 第90页 |
| 3 存在问题与研究展望 | 第90-92页 |
| 附录 交流学习期间发表论文 | 第92-106页 |
| 研究背景 | 第92-93页 |
| 1 材料与方法 | 第93-94页 |
| ·组织细胞培养与 5-Aza-CdR处理 | 第93页 |
| ·Illumina高通量测序 | 第93页 |
| ·数据分析 | 第93-94页 |
| ·Illumina Infinium HM450 DNA甲基化芯片 | 第94页 |
| ·外显子缺失现象的PCR验证 | 第94页 |
| 2 结果与分析 | 第94-104页 |
| ·5-Aza-CdR诱导的基因表达变化 | 第94-98页 |
| ·5-Aza-CdR诱导下外显子水平的差异表达 | 第98-100页 |
| ·5-Aza-CdR诱导的外显子缺失现象 | 第100-103页 |
| ·DNA甲基化与 5-Aza-CdR去甲基化 | 第103-104页 |
| 3 结论与讨论 | 第104-106页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及获奖情况 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-118页 |
