| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| ·什么是分子动力学模拟 | 第11页 |
| ·分子动力学模拟的常见名词 | 第11-15页 |
| ·力场 | 第11-12页 |
| ·系综 | 第12页 |
| ·周期性边界条件 | 第12-13页 |
| ·水模型 | 第13页 |
| ·步长 | 第13页 |
| ·蛙跳算法 | 第13页 |
| ·速度算法 | 第13页 |
| ·温度耦合 | 第13-14页 |
| ·压力耦合 | 第14页 |
| ·群(Group) | 第14页 |
| ·平均力势(Potential of Mean Force) | 第14-15页 |
| ·区域分解(Domain Decomposition) | 第15页 |
| ·颗粒分解(Particle Decomposition) | 第15页 |
| ·能量最小化(Energy Minimization,EM) | 第15页 |
| ·分子动力学模拟的一般流程 | 第15-16页 |
| ·分子动力学模拟在生物学中的应用 | 第16-17页 |
| 第2章 SH3的在不同力场,水模型和组氨酸氢化状态组合下的S2比较 | 第17-42页 |
| ·研究背景 | 第17页 |
| ·研究方案 | 第17-19页 |
| ·研究步骤 | 第19-35页 |
| ·搭建模型 | 第19-22页 |
| ·位置约束下的平衡 | 第22-25页 |
| ·升温耦合 | 第25-28页 |
| ·加压耦合 | 第28-31页 |
| ·放开约束的80ns模拟 | 第31-35页 |
| ·模拟结果分析 | 第35-40页 |
| ·结果总结 | 第40-42页 |
| 第3章 分子动力学模拟在分析MycP1前肽功能研究中的应用 | 第42-59页 |
| ·研究背景 | 第42-43页 |
| ·实验步骤 | 第43-54页 |
| ·搭建体系 | 第43页 |
| ·位置约束下的平衡 | 第43-46页 |
| ·升温耦合 | 第46-49页 |
| ·加压耦合 | 第49-51页 |
| ·放开位置约束的15ns模拟(Production MD) | 第51-54页 |
| ·结果分析 | 第54-58页 |
| ·结论 | 第58-59页 |
| 第4章 分子动力学模拟在生命科学中的应用现状及展望 | 第59-67页 |
| ·分子动力学模拟在蛋白质折叠的预测中的应用 | 第62-63页 |
| ·分子动力学模拟在膜蛋白研究中的应用 | 第63-66页 |
| ·其它 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
