| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 1 绪论 | 第13-29页 |
| ·转录调控机制 | 第13-17页 |
| ·染色质状态 | 第14-15页 |
| ·细胞核结构 | 第15-17页 |
| ·转录及下游的mRNA成熟过程是连续的 | 第17页 |
| ·内含子 | 第17-22页 |
| ·内含子可以调节转录本可变接切和组织特异性表达 | 第17-18页 |
| ·5’UTR中的内含子和小内含子 | 第18-20页 |
| ·内含子调节发育 | 第20-22页 |
| ·转座元件 | 第22-25页 |
| ·转座元件在脊椎动物中广泛存在 | 第22-23页 |
| ·转座元件可以形成新的遗传元件 | 第23-24页 |
| ·转座元件在基因组中倾向于聚集分布 | 第24-25页 |
| ·核酸组成异质性 | 第25-29页 |
| ·基因组核酸组分的描述和形成机制 | 第25页 |
| ·GC gradient | 第25-26页 |
| ·转录区域的突变趋势 | 第26-27页 |
| ·转录偶联修复 | 第27-29页 |
| 2 长双歧杆菌菌株BBMN68基因组测序和核酸组分分析 | 第29-40页 |
| ·数据 | 第30-31页 |
| ·Bifidobacterium longum subsp.longum BBMN68基因组DNA | 第30页 |
| ·Bifidobacterium longum的基因组和其他细菌的基因组数据 | 第30-31页 |
| ·方法 | 第31-32页 |
| ·基因组测序和组装 | 第31页 |
| ·基因组Finishing | 第31页 |
| ·基因预测 | 第31页 |
| ·GC skew分析 | 第31页 |
| ·GC gradient分析 | 第31-32页 |
| ·其他细菌基因的提取 | 第32页 |
| ·结果 | 第32-37页 |
| ·Bifidobacterium longum subsp.longum BBMN68基因组 | 第32-34页 |
| ·基因组的GC skew | 第34页 |
| ·转录区域的GC gradient分析 | 第34-37页 |
| ·讨论 | 第37-40页 |
| 3 脊椎动物GC gradient的研究和基因演化的AS、AP模型 | 第40-67页 |
| ·数据 | 第41页 |
| ·mRNA数据 | 第41页 |
| ·转录组数据 | 第41页 |
| ·转录起始位点数据 | 第41页 |
| ·方法与结果 | 第41-64页 |
| ·使用非冗余基因集,绘制密码子123位的GC gradient | 第41-42页 |
| ·GC gradient出现于冷血脊椎动物到温血脊椎动物的过渡阶段 | 第42-45页 |
| ·人睾丸中表达基因的GC gradient | 第45-47页 |
| ·表达量和5’UTR长度影响了GC gradient | 第47-50页 |
| ·基因表达的AS AP模型 | 第50-58页 |
| ·WNK1属于AP型基因 | 第58-60页 |
| ·使用Slide Window方法计算WNK1的Ka/Ks | 第60-64页 |
| ·讨论 | 第64-67页 |
| 4 脊椎动物内含子扩张的研究 | 第67-99页 |
| ·数据 | 第68页 |
| ·基因组数据和mRNA数据 | 第68页 |
| ·内含子组份数据 | 第68页 |
| ·方法 | 第68-70页 |
| ·构建非冗余基因集 | 第68-70页 |
| ·获得内含子结构和结构类型 | 第70页 |
| ·对内部组份进行聚类 | 第70页 |
| ·结果 | 第70-94页 |
| ·基因各结构区域内含子的长度分布 | 第70-71页 |
| ·5’UTR区域内intron的特征 | 第71-73页 |
| ·含有UTR5I的基因在进化过程中,其5’UTR具有变长的趋势 | 第73-76页 |
| ·内含子序列组份分析 | 第76-82页 |
| ·内含子中的LINE和SINE在演化史中存在多个拷贝数爆发期 | 第82-85页 |
| ·内含子中LINE和SINE呈现聚集分布 | 第85-87页 |
| ·内含子的GC content受其中扩增的转座子影响 | 第87-90页 |
| ·Nested TE可以用来推测转座子拷贝扩增的历史 | 第90-94页 |
| ·讨论 | 第94-99页 |
| ·5’UTR的长度演化假说 | 第94-95页 |
| ·转座子驱动的内含子演化假说 | 第95-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第111-112页 |
