| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 插图和附表清单 | 第12-16页 |
| 第一章 综述 | 第16-21页 |
| ·分子动力学模拟 | 第16-17页 |
| ·分子力场 | 第17-20页 |
| ·静电极化效应 | 第17-18页 |
| ·二面角项的修正 | 第18-20页 |
| ·本文结构 | 第20-21页 |
| 第二章 分子动力学模拟与分子力场 | 第21-46页 |
| ·概论 | 第21-22页 |
| ·计算方法 | 第22-25页 |
| ·生物分子的动力学模拟 | 第25-29页 |
| ·生物分子的动力学模拟的发展 | 第25页 |
| ·生物分子的动力学模拟的重要性 | 第25-26页 |
| ·生物分子的动力学模拟的应用 | 第26-29页 |
| ·小结 | 第29页 |
| ·蛋白动力学模拟的分子力场 | 第29-46页 |
| ·Amber分子力场 | 第30-33页 |
| ·溶剂化模型 | 第33-40页 |
| ·极化效应 | 第40-46页 |
| 第三章 生物大分子结合水的理论研究 | 第46-56页 |
| ·理论背景 | 第46-47页 |
| ·模拟方法 | 第47页 |
| ·极化蛋白专一性电荷(PPC)的原理及计算 | 第47-48页 |
| ·结果和讨论 | 第48-56页 |
| ·蛋白的稳定性研究 | 第48-51页 |
| ·蛋白与第一溶剂化层水分子间氢键的动力学性质 | 第51-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第四章 蛋白质折叠研究 | 第56-71页 |
| ·研究背景 | 第56-57页 |
| ·极化的氢键电荷拟合原理与方法 | 第57-58页 |
| ·对蛋白质折叠的研究 | 第58-71页 |
| ·在隐式溶剂中对短链螺旋体系的热力学稳定性的研究 | 第58-65页 |
| ·在显式溶剂中对长链螺旋体系的热力学稳定性的研究 | 第65-71页 |
| 第五章 利用二维傅里叶展开扭转项能量的分子力场的折叠与验证 | 第71-99页 |
| ·分子力场的发展背景 | 第71页 |
| ·采用含有极化电荷的二维傅里叶展开的分子力场研究α-螺旋和β-sheet蛋白的折叠 | 第71-85页 |
| ·现有分子力场的局限与修正 | 第71-73页 |
| ·发展包含二维耦合的主链二面角势能项的分子力场 | 第73-74页 |
| ·静电极化效应 | 第74-75页 |
| ·α螺旋和β片层蛋白的折叠研究 | 第75-84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-85页 |
| ·采用含有极化电荷的二维傅里叶展开的分子力场的进一步验证 | 第85-97页 |
| ·量子化学计算中溶剂化模型的研究 | 第85-87页 |
| ·隐性溶剂中的模拟结果 | 第87-91页 |
| ·显性溶剂中的模拟结果 | 第91-97页 |
| 小结 | 第97-99页 |
| 第六章 总结与展望 | 第99-101页 |
| ·本论文的意义和创新之处 | 第99-100页 |
| ·极化的氢键模型 | 第99页 |
| ·基于二维耦合的主链二面角势能项的分子力场模型 | 第99-100页 |
| ·未来与展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-117页 |
| 博士期间发表论文 | 第117-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
