| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第9-16页 |
| 1.1 池蝶蚌分类学研究进展 | 第9-10页 |
| 1.2 蚌科系统发育学研究进展 | 第10-12页 |
| 1.2.1 全球蚌科系统发育学研究概况 | 第10-11页 |
| 1.2.2 我国蚌科系统发育学的研究 | 第11-12页 |
| 1.3 池蝶蚌优势性状研究概况 | 第12-13页 |
| 1.4 比较转录组学及其应用 | 第13-14页 |
| 1.4.1 比较转录组学简介 | 第13-14页 |
| 1.4.2 比较转录组学在贝类中的应用 | 第14页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第14-16页 |
| 第2章 四种淡水珠蚌转录组的初步分析 | 第16-26页 |
| 2.1 材料与方法 | 第16-18页 |
| 2.1.1 样品收集 | 第16页 |
| 2.1.2 总RNA的提取 | 第16-17页 |
| 2.1.3 RNA质量的检测 | 第17页 |
| 2.1.4 cDNA文库建库及测序 | 第17页 |
| 2.1.5 测序数据质控 | 第17-18页 |
| 2.1.6 转录组的de novo组装和功能注释 | 第18页 |
| 2.1.7 鉴别直系同源基因及基因(蛋白)家族聚类 | 第18页 |
| 2.2 实验结果 | 第18-25页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.2.2 测序数据及其质量控制 | 第19-20页 |
| 2.2.3 转录组的de novo组装 | 第20-21页 |
| 2.2.4 转录组的功能注释 | 第21-23页 |
| 2.2.5 直系同源基因的鉴定及基因家族聚类 | 第23-25页 |
| 2.3 讨论 | 第25-26页 |
| 第3章 池蝶蚌与其它贝类的系统发育分析 | 第26-37页 |
| 3.1 研究方法 | 第26-27页 |
| 3.1.1 四种淡水珠蚌的遗传距离 | 第26页 |
| 3.1.2 通过单拷贝同源基因构建物种进化树 | 第26页 |
| 3.1.3 物种分歧时间的估算 | 第26页 |
| 3.1.4 基因家族收缩和扩张分析 | 第26-27页 |
| 3.2 研究结果 | 第27-34页 |
| 3.2.1 物种遗传距离的计算和进化树的构建 | 第27-28页 |
| 3.2.2 池蝶蚌与其它贝类动物分歧时间的评估 | 第28-29页 |
| 3.2.3 基因家族扩张和收缩情况的分析 | 第29-34页 |
| 3.3 讨论 | 第34-37页 |
| 第4章 池蝶蚌与三角帆蚌的转录组比较研究 | 第37-45页 |
| 4.1 研究方法 | 第37-39页 |
| 4.1.1 池蝶蚌潜在特有基因富集分析 | 第37页 |
| 4.1.2 池蝶蚌潜在特有基因KEGG通路预测 | 第37页 |
| 4.1.3 池蝶蚌部分潜在特有基因的验证 | 第37-39页 |
| 4.2 研究结果 | 第39-43页 |
| 4.2.1 池蝶蚌潜在特有基因的功能富集分析 | 第39-40页 |
| 4.2.2 池蝶蚌部分潜在特有基因的验证 | 第40-41页 |
| 4.2.3 池蝶蚌蛋白消化吸收通路和NF-κB信号通路的预测 | 第41-43页 |
| 4.3 讨论 | 第43-45页 |
| 第5章 结论与展望 | 第45-46页 |
| 5.1 结论 | 第45页 |
| 5.2 展望 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第52页 |