| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-30页 |
| ·小麦基因组学研究进展 | 第14-18页 |
| ·小麦遗传图谱的构建 | 第14-15页 |
| ·小麦物理图谱构建 | 第15-16页 |
| ·小麦基因组测序进展 | 第16-17页 |
| ·小麦 7D 染色体长臂(7DL)研究进展 | 第17-18页 |
| ·外来植物入侵与基因组学 | 第18-23页 |
| ·外来植物入侵及其危害 | 第18页 |
| ·入侵植物基因组学研究 | 第18-20页 |
| ·紫茎泽兰研究进展 | 第20-23页 |
| ·紫茎泽兰的生物学特性 | 第20-22页 |
| ·紫茎泽兰的危害 | 第22-23页 |
| ·紫茎泽兰的分子生物学研究进展 | 第23页 |
| ·高通量测序技术 | 第23-27页 |
| ·高通量测序技术的类型 | 第24-25页 |
| ·Roche 454 测序技术 | 第24页 |
| ·Illumina/Solexa 测序技术 | 第24页 |
| ·SOLiD 测序技术 | 第24-25页 |
| ·高通量测序技术在植物基因组学研究中的应用 | 第25-27页 |
| ·在植物全基因组测序上的应用 | 第25页 |
| ·在植物基因组重测序上的应用 | 第25-26页 |
| ·在植物转录组测序上的应用 | 第26页 |
| ·在植物小 RNA 测序方面的应用 | 第26-27页 |
| ·在植物降解组测序上的应用 | 第27页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第27-30页 |
| 第二章 小麦 7DL 染色体 DNA 的高通量 Survey 测序 | 第30-52页 |
| ·材料与方法 | 第30-38页 |
| ·材料 | 第30-31页 |
| ·7DL 染色体 DNA 的测序 | 第31-33页 |
| ·基因预测与注释 | 第33页 |
| ·7DL 重复序列的特征分析与特异分子标记开发 | 第33-35页 |
| ·7DL miRNA 的预测与验证 | 第35-38页 |
| ·结果与分析 | 第38-49页 |
| ·测序及序列组装 | 第38页 |
| ·基因预测与注释 | 第38-40页 |
| ·7DL 的重复序列特征分析与标记开发 | 第40-46页 |
| ·miRNA 的预测与验证 | 第46-49页 |
| ·讨论 | 第49-52页 |
| ·小麦 7DL 的 survey 测序 | 第49-50页 |
| ·重复序列的基本特征 | 第50页 |
| ·miRNA 的预测和验证 | 第50-52页 |
| 第三章 入侵植物紫茎泽兰转录组测序与分析 | 第52-70页 |
| ·材料与方法 | 第52-56页 |
| ·材料 | 第52页 |
| ·紫茎泽兰 RNA 的提取 | 第52页 |
| ·转录组测序及序列组装 | 第52-54页 |
| ·GO 注释与代谢途径分析 | 第54-55页 |
| ·转录本表达丰度分析 | 第55页 |
| ·不同样本间差异表达基因分析 | 第55页 |
| ·部分差异表达基因的半定量 RT-PCR 分析 | 第55-56页 |
| ·结果与分析 | 第56-67页 |
| ·紫茎泽兰 RNA 提取及质量检测 | 第56-57页 |
| ·测序及序列拼接 | 第57-59页 |
| ·紫茎泽兰转录组基因功能注释与代谢途径分析 | 第59-62页 |
| ·紫茎泽兰基因表达丰度的分析 | 第62-64页 |
| ·入侵地和原生地差异表达基因的鉴定 | 第64-66页 |
| ·部分差异表达基因的半定量 RT-PCR 分析 | 第66-67页 |
| ·讨论 | 第67-70页 |
| ·紫茎泽兰转录组的高通量 de novo 测序与序列组装 | 第67-68页 |
| ·入侵地和原生地紫茎泽兰差异转录本的鉴定与分析 | 第68-70页 |
| 第四章 紫茎泽兰叶绿体基因组的测序与序列分析 | 第70-93页 |
| ·材料与方法 | 第70-76页 |
| ·材料 | 第70页 |
| ·紫茎泽兰叶绿体 DNA 的提取 | 第70-72页 |
| ·叶绿体 DNA 的高通量测序 | 第72页 |
| ·叶绿体基因组的拼接和补洞 | 第72-74页 |
| ·叶绿体基因组的注释 | 第74-75页 |
| ·重复序列的分析 | 第75页 |
| ·菊科叶绿体基因组的比较分析 | 第75-76页 |
| ·系统发育分析 | 第76页 |
| ·结果与分析 | 第76-90页 |
| ·紫茎泽兰叶绿体 DNA 提取质量 | 第76页 |
| ·叶绿体 DNA 高通量测序及基因组组装 | 第76-78页 |
| ·紫茎泽兰叶绿体基因组的基本特征 | 第78-82页 |
| ·紫茎泽兰叶绿体基因组重复序列的分析 | 第82-83页 |
| ·菊科叶绿体基因组的比较分析 | 第83-88页 |
| ·物种亲缘关系的分析 | 第88-90页 |
| ·讨论 | 第90-93页 |
| ·紫茎泽兰叶绿体基因组的测序 | 第90-91页 |
| ·菊科叶绿体的比较基因组学分析 | 第91-93页 |
| 第五章 紫茎泽兰部分核基因组微卫星序列特征分析与 SSR 分子标记开发 | 第93-103页 |
| ·材料与方法 | 第93-94页 |
| ·材料 | 第93页 |
| ·紫茎泽兰总 DNA 的提取 | 第93页 |
| ·总 DNA 低覆盖度的 Solexa 测序与序列拼装 | 第93页 |
| ·重复序列特征鉴定与 SSR 分子标记的开发 | 第93-94页 |
| ·结果与分析 | 第94-100页 |
| ·紫茎泽兰总 DNA 的测序及序列组装 | 第94-95页 |
| ·紫茎泽兰 TE 原件的查找与分析 | 第95-96页 |
| ·紫茎泽兰基因组微卫星序列特征分析 | 第96-98页 |
| ·紫茎泽兰 SSR 分子标记的开发和验证 | 第98-100页 |
| ·讨论 | 第100-103页 |
| 第六章 结论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-117页 |
| 附录 | 第117-126页 |
| 缩略词 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127-128页 |
| 个人简介 | 第128页 |
