| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-42页 |
| ·蛋白质及其结构 | 第14-15页 |
| ·蛋白质结构测定方法 | 第15-17页 |
| ·蛋白质结构的实验测定方法 | 第15页 |
| ·蛋白质结构的理论预测方法 | 第15-17页 |
| ·结构基因组 | 第17-19页 |
| ·分子动力学模拟 | 第19-32页 |
| ·传统分子动力学模拟方法 | 第19-21页 |
| ·蛋白质分子动力学模拟的经验力场 | 第21-22页 |
| ·分子动力学模拟方法的发展 | 第22-32页 |
| ·论文概要 | 第32-34页 |
| 参考文献 | 第34-42页 |
| 第2章 结构基因组的结构和功能数据库 | 第42-68页 |
| ·背景介绍 | 第42-43页 |
| ·SGDHDP数据库系统 | 第43-49页 |
| ·系统需求 | 第43-46页 |
| ·数据库结构 | 第46-48页 |
| ·数据库系统功能 | 第48-49页 |
| ·靶蛋白筛选 | 第49-52页 |
| ·候选靶蛋白获取 | 第49-50页 |
| ·候选靶蛋白筛选 | 第50-52页 |
| ·靶蛋白的结构和功能标注 | 第52-61页 |
| ·常用信息和蛋白质物理性质 | 第54页 |
| ·基因和疾病相关性信息 | 第54-55页 |
| ·同源性信息 | 第55页 |
| ·二级结构 | 第55页 |
| ·保守结构域和功能花样 | 第55-56页 |
| ·结构/折叠类型 | 第56-57页 |
| ·蛋白质家族，超家族 | 第57页 |
| ·功能标注 | 第57-61页 |
| ·靶蛋白的筛选结果统计 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 第3章 基于哈密顿量副本交换方法计算多肽的构象自由能 | 第68-104页 |
| ·背景介绍 | 第68-72页 |
| ·材料与方法 | 第72-75页 |
| ·HREMD模拟中采用的附加伞形势 | 第72-73页 |
| ·参考自由能表面 | 第73页 |
| ·广义加权直方图分析计算副本的轨迹来构建自由能表面 | 第73-74页 |
| ·多肽体系和模拟细节 | 第74-75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-87页 |
| ·收敛性和统计误差 | 第75-79页 |
| ·残基侧链类型效应 | 第79-83页 |
| ·N端近邻效应 | 第83-84页 |
| ·C端近邻效应 | 第84-86页 |
| ·与实验和数据库统计结果的相关性 | 第86-87页 |
| ·结论 | 第87-88页 |
| ·极性残基的侧链和近邻效应及其与非极性残基的比较 | 第88-94页 |
| ·与残基极性无关的侧链效应和近邻效应 | 第89-90页 |
| ·极性残基的侧链效应及其与Ala的比较 | 第90-91页 |
| ·极性残基的近邻效应及其非极性残基的比较 | 第91-93页 |
| ·小结 | 第93-94页 |
| ·附录 | 第94-97页 |
| 参考文献 | 第97-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第106页 |