群智能优化算法在多序列比对中的应用
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-15页 |
| ·选题背景和意义 | 第9-10页 |
| ·序列比对的研究现状 | 第10-12页 |
| ·论文主要工作和结构安排 | 第12-15页 |
| ·论文的主要工作 | 第12页 |
| ·论文的结构安排 | 第12-15页 |
| 第2章 序列比对基础知识 | 第15-27页 |
| ·序列比对定义 | 第15-17页 |
| ·序列比对分类 | 第17-18页 |
| ·空位罚分 | 第18-19页 |
| ·相似性替换矩阵 | 第19-20页 |
| ·序列比对的目标函数 | 第20-24页 |
| ·SP日标函数 | 第21-22页 |
| ·COFFEE目标函数 | 第22-24页 |
| ·多序列比对结果的评判 | 第24-27页 |
| ·测试集BAliBASE1.0 | 第24-26页 |
| ·评价比对结果 | 第26-27页 |
| 第3章 常用多序列比对方法简介 | 第27-41页 |
| ·基于动态规划思想的比对算法 | 第27-30页 |
| ·Needleman-Wunsch算法 | 第28-30页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第30页 |
| ·基于图论的比对算法 | 第30-34页 |
| ·渐进比对算法 | 第34-35页 |
| ·迭代比对算法 | 第35-41页 |
| ·模拟退火算法 | 第35-36页 |
| ·遗传算法 | 第36-37页 |
| ·雁群算法 | 第37-41页 |
| 第4章 PSO算法求解多序列比对问题 | 第41-51页 |
| ·基本粒子群算法 | 第41-42页 |
| ·带惯性权重的粒子群算法 | 第42-43页 |
| ·SWGPSO算法求解序列比对问题 | 第43-49页 |
| ·SWGPSO算法的提出 | 第43-46页 |
| ·比对结果的评判标准 | 第46-47页 |
| ·算法流程 | 第47页 |
| ·相关定义 | 第47-48页 |
| ·实验结果分析 | 第48-49页 |
| ·本章小结 | 第49-51页 |
| 第5章 人工蜂群算法求解多序列比对问题 | 第51-69页 |
| ·基本人工蜂群算法 | 第51-55页 |
| ·人工蜂群算法的基本模型 | 第51-54页 |
| ·人工蜂群算法的算法流程 | 第54-55页 |
| ·人工蜂群算法在序列比对中的应用 | 第55-62页 |
| ·相关问题 | 第55-56页 |
| ·基于SPS目标函数的算法设计 | 第56-58页 |
| ·ABC算法求解序列比对问题的流程图 | 第58-59页 |
| ·仿真实验结果 | 第59-62页 |
| ·改进的ABC_SA算法求解序列比对问题 | 第62-68页 |
| ·Metropolis接受准则 | 第63页 |
| ·ABC_SA算法流程 | 第63-64页 |
| ·仿真实验结果 | 第64-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第6章 总结与展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 在校期间科研成果 | 第77页 |
